Zabezpieczenie należytego wykonania umowy a płatność w częściach

Kontrola przeprowadzona w urzędzie miasta wykazała wadliwe potrącanie środków z faktur wykonawcy na zabezpieczenie należytego wykonania umowy na roboty budowlane trwające niespełna 10 miesięcy zamiast jednorazowo przed umową. Czy taki zarzut jest słuszny? Ponadto, zdaniem kontrolujących, wadia były wadliwe, bo przewyższały 3% wartości zamówienia - czy słusznie stosowano posiłkowo przepisy Kodeksu cywilnego jak w zamówieniach poniżej progu?

Analiza wspomnianych w pytaniu kwestii wymaga przede wszystkim odniesienia się do stosownych regulacji ustawy z 29 stycznia 2004 r.