W 1998 r. Komisja Europejska przygotowała pakiet reform wewnętrznych opublikowany w dokumencie „Agenda 2000”. Jednym z jego elementów były kwestie związane z rozszerzeniem Unii Europejskiej i propozycja zwiększenia pomocy na rzecz krajów kandydujących. Założenia finansowe „Agendy 2000” wskazywały na uruchomienie środków finansowych, przeznaczonych dla krajów kandydujących, w ramach dwóch nowych programów: ISPA (finansującego duże inwestycje z zakresu transportu i ochrony środowiska) oraz SAPARD. Zgodnie z rozporządzeniem Rady UE nr 1268/99 kraje kandydujące zobowiązane były do złożenia programów, określających strategię i sposób wykorzystania przeznaczonych dla nich środków w ramach programu, w terminie 6 miesięcy od daty opublikowania rozporządzenia. Polska przekazała stronie UE odpowiedni dokument w wyznaczonym terminie, tj. 28 grudnia 1999 r.

Po intensywnych konsultacjach i negocjacjach, trwających praktycznie do końca I dekady września 2000 r., uzgodniono treść programu operacyjnego SAPARD. W związku z tym 18 października 2000 r. wydana została Decyzja Komisji w sprawie zatwierdzenia polskiego programu operacyjnego SAPARD.

Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi jest odpowiedzialne za ogólną koordynację i wdrażanie programu SAPARD w Polsce. Podstawowe funkcje Ministerstwa Rolnictwa i Rozwoju Wsi realizowane w związku z programem SAPARD to koordynowanie programowania, zapewnienie odpowiedniej promocji, rozpowszechnianie informacji o programie, jak również akceptacja raportów z Agencji SAPARD dotyczących wydatków oraz wdrożonych projektów. Program SAPARD, w odróżnieniu od pozostałych programów przedakcesyjnych Unii Europejskiej, jest programem, w którym krajowe instytucje podejmują całkowitą odpowiedzialność za zarządzanie funduszami, przyznawanymi w ramach programu. Rozwiązanie to wymagało utworzenia w każdym z krajów kandydujących, w tym również w Polsce, tzw. Agencji SAPARD. W praktyce oznacza to, że za całość wdrożenia SAPARD musi odpowiadać jedna instytucja płatnicza i wdrożeniowa. W Polsce do pełnienia roli Agencji SAPARD, wykonującej funkcje wdrożeniowe i płatnicze, została wyznaczona Agencja Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa. W tym celu ARiMR musiała uzyskać akredytację krajową, zatwierdzoną przez Komisję Europejską. Dokonano w tym celu istotnych zmian organizacyjnych, polegających na wprowadzeniu nowej struktury organizacyjnej Biura Agencji oraz utworzono 16 oddziałów regionalnych. Będą one podstawowymi jednostkami organizacyjnymi Agencji wdrażającymi program SAPARD na szczeblu regionu. W oddziałach regionalnych będą składane wnioski o przyznanie pomocy z programu SAPARD, a beneficjenci, których projekty zostaną zakwalifikowane do realizacji, będą tam również podpisywali umowy, określające terminarz i szczegóły realizacji projektów. Pracownicy oddziałów regionalnych będą dokonywali wizytacji terenowych wszystkich projektów przed podpisaniem umowy oraz po złożeniu przez beneficjenta wniosku o płatność.