Gorzej sytuacja wygląda, jeśli chodzi o liczbę podpisanych umów o dofinansowanie. Zakontraktowano średnio po kilkadziesiąt procent przewidzianych środków, pozostałe wnioski, choć zaakceptowane, nadal czekają na formalne przyznanie dofinansowania. Instytucje odpowiedzialne za zarządzanie funduszami nie nadążają z wypełnianiem biurokratycznych formalności i opóźniają system podpisywania umów. Naprawdę dramatycznie wygląda jednak kwestia płatności na rzecz ostatecznych beneficjentów.

Dla większości programów operacyjnych stan dokonanych płatności sięga zaledwie kilku procent i nic nie wskazuje na to, że sytuacja ulegnie w najbliższym czasie znaczącej poprawie. Dlatego też utworzone pod koniec 2005 roku Ministerstwo Rozwoju Regionalnego postawiło sobie za priorytet zwiększenie poziomu wydatkowania funduszy unijnych przyznanych Polsce na lata 2004-2006. Kierunek, jaki obrało ministerstwo, ma być kontynuacją prac podjętych przez poprzednią instytucję zarządzającą - Ministerstwo Gospodarki i Pracy, które wiele udogodnień w zakresie aplikowania o środki z funduszy dla sektora prywatnego wprowadziło już w połowie ubiegłego roku.