Porażka w postępowaniu odwoławczym nie musi kończyć naszej sprawy. Nie zmusza nas też do korzystania od razu ze skomplikowanych nadzwyczajnych trybów zaskarżania omówionych w poprzednim rozdziale. Wydana przez izbę skarbową decyzja podatkowa ma co prawda charakter decyzji ostatecznej. Ostatecznej jednak tylko w tym sensie, że nie można od niej odwołać się do wyższej instancji administracyjnej (organy podatkowe też są organami administracji państwowej), bo takiej już nie ma. Decyzje takie można jednak zaskarżyć do sądu. Decyzja ostateczna podlega bowiem nie kontroli administracyjnej, ale kontroli sądowej. W konsekwencji, aby podważyć decyzję podatkową izby, musimy wnieść specjalny środek „odwoławczy” do odpowiedniego sądu. Rolę takiego sądu pełni obecnie Naczelny Sąd Administracyjny (NSA). Rolę zaś wspomnianego specjalnego środka „odwoławczego” pełni tzw. skarga.

Należy jednak pamiętać, że NSA nie pełni w tym przypadku roli kolejnej, trzeciej - licząc po urzędzie i izbie skarbowej - instancji. Postępowanie podatkowe, tak samo jak i inne rodzaje postępowania administracyjnego (np. postępowanie prowadzone w sprawie wydania pozwolenia na budowę) jest postępowaniem dwuinstancyjnym. Rolę pierwszej instancji pełni w nim z reguły urząd skarbowy, a rolę drugiej instancji spełnia zazwyczaj właściwa izba skarbowa. Zadaniem NSA jest natomiast sądowa kontrola legalności rozstrzygnięć organów podatkowych.

NSA działa na podstawie przepisów ustawy z dnia 11 maja 1995 r. o Naczelnym Sądzie Administracyjnym (Dz.U. nr 74, poz. 368 z późn. zm.; ost. zm. Dz.U. z 2001 r. nr 98, poz. 1070), która określa nie tylko jego organizację i skład, ale także kompetencje kontrolne oraz zasady prowadzenia przed tym sądem postępowania.

Stosownie do przepisów ustawy o NSA, sąd administracyjny jest właściwy do rozpatrywania skarg na działanie lub bezczynność organu administrującego z powodu ich niezgodności z prawem. Przepis art. 16 wspomnianej ustawy stanowi, że sąd ten orzeka w sprawach skarg na: