Wypłata dofinansowania: Spora część przedsiębiorców złożyła już wnioski o dotację z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej (głównie w ramach programu „Wzrost konkurencyjności przedsiębiorstw”). Oceny wniosków i projektów złożonych w ramach pierwszych rund aplikacyjnych właśnie dobiegają końca. Przed tymi, którym się udało przejść przez sito ocen, stoi teraz kolejne, wcale nie łatwiejsze zadanie - zrealizowanie zaakceptowanego projektu i refundacja poniesionych kosztów w formie dofinansowania.

Mogłoby się wydawać, że w momencie gdy beneficjent otrzyma informację, że jego wniosek został zakwalifikowany do dofinansowania z funduszy strukturalnych UE, firma osiągnęła całkowity sukces. Jednak trzeba sobie zdawać sprawę z tego, że to dopiero początek pracy nad projektem i początek długiej drogi prowadzącej do wypłaty dofinansowania.

Główne problemy są związane z tym, że fundusze strukturalne działają na zasadzie tzw. refinansowania. Wypłata pieniędzy następuję dopiero jako refundacja wcześniej poniesionych przez firmę i właściwie udokumentowanych kosztów w pewnej wysokości (np. 50%). Ponadto refundacja nie dotyczy wszystkich wydatków poniesionych na realizację projektu, ale tylko tzw. kosztów kwalifikowanych. Są to z góry zdefiniowane wydatki dokładnie określone w aktach prawnych i dokumentach programowych. Pozostałe koszty związane z projektem przedsiębiorca będzie musiał pokryć z własnej kieszeni w 100%.

Aby otrzymać jakiekolwiek pieniądze, trzeba najpierw wyłonić wykonawcę lub dostawcę produktów i usług zgodnie z przepisami ustawy o zamówieniach publicznych oraz przepisami zawartymi w dokumentach programowych, następnie zrealizować projekt zgodnie z opisami i deklaracjami zawartymi we wniosku i załącznikach do niego. Faktury muszą być na tym etapie zapłacone przez projektodawcę ze środków własnych i ewentualnie zaciągniętego na ten cel kredytu bankowego zapewniającego przejściowe finansowanie (tzw. kredyt pomostowy). Oznacza to dla przedsiębiorcy dodatkowe koszty związane z bieżącą obsługą zaciągniętego kredytu. Im późniejszy termin refundacji, tym koszty związane z kredytem będą większe. Dopiero po opłaceniu faktur można wystąpić z wnioskiem o płatność do instytucji wdrażającej. Wniosek o płatność można składać jednorazowo po zakończeniu projektu lub okresowo (nie częściej niż raz na miesiąc). Po pozytywnym rozpatrzeniu wniosku o płatność pieniądze będą przelane na rachunek bankowy przedsiębiorcy (czy banku), ale z pewnym (czasem nawet kilkumiesięcznym) opóźnieniem.