Główne problemy dotyczące rozliczenia projektu są związane z tym, że fundusze strukturalne działają na zasadzie tzw. refinansowania. Oznacza to, że wypłata pieniędzy następuje jako częściowa (np. 50%) refundacja wcześniej poniesionych i właściwie udokumentowanych kosztów. Poza tym refundacja nie dotyczy wszystkich wydatków poniesionych na realizację projektu, a tylko tzw. kosztów kwalifikowanych. Są to z góry zdefiniowane wydatki, dokładnie określone w aktach prawnych i dokumentach programowych. Pozostałe koszty związane z projektem wnioskodawca musi w całości pokryć z własnej kieszeni.