Zwrot nadwyżki podatku naliczonego nad należnym i oprocentowanie zaległości podatkowej

W wyroku z 19 października 2011 r. Naczelny Sąd Administracyjny w Warszawie (sygn. akt I FSK 1095/10) orzekł, że przedmiotem oceny organu podatkowego co do zasadności zwrotu nadwyżki podatku naliczonego nad należnym jest zbiorcza kwota wykazana w deklaracji, a nie jej poszczególne składniki. Zatem gdy podatnik, w efekcie składanych korekt deklaracji, wykazuje zwrot podatku za okres wcześniejszy, a jednocześnie za następny okres rozliczeniowy wykazuje zaległość podatkową i od niej naliczane są odsetki za zwłokę, mimo że faktycznie Skarb Państwa dysponuje kwotą zwrotu (w całości bądź w części), należy ocenić tę w istocie sankcję jako naruszającą zasadę proporcjonalności. Sankcja ta, w postaci odsetek od zaległości podatkowych naliczonych na podstawie art. 53 § 1 Ordynacji podatkowej, nie chroni żadnego uzasadnionego interesu państwa. Gwarantuje jedynie nieuzasadniony w tym przypadku wpływ do budżetu państwa.