Niezasadnie wykazane odsetki a VAT

Dom pomocy społecznej nie otrzymał od kontrahenta faktury za usługę, która była świadczona w grudniu (faktura była wysłana za pośrednictwem poczty). Ustaliliśmy z kontrahentem prolongatę terminu płatności i poprosiliśmy o wystawienie duplikatu faktury. Duplikat otrzymaliśmy w styczniu i uregulowaliśmy należność. Mimo tego na fakturze wystawionej za styczeń kontrahent naliczył odsetki za zwłokę. Jak powinniśmy w takiej sytuacji postąpić, skoro uważamy, że faktura została wystawiona nieprawidłowo?

Z punktu widzenia VAT faktura nie jest wystawiona nieprawidłowo. Spór może mieć natomiast charakter cywilnoprawny (w zakresie zasadności odsetek). Jeśli odsetki (nieprawidłowo) też obciążono podatkiem od towarów i usług, to z tego tytułu nie można odliczyć VAT. Jednak brak odliczenia w takiej sytuacji nie dotyczyłby całej faktury, a tylko tej części, w której do odsetek wystawca faktury niezasadnie doliczył VAT.