Jak postąpić w przypadku zawyżenia przez kontrahenta wartości faktur VAT

Spółka A (pełna księgowość) współpracuje z firmą B, świadczącą jej usługi od kilkudziesięciu lat (jednoosobowa działalność). Okazało się, że faktury VAT na 23%, które wystawiała B były zawyżane (czego kierownik odpowiedzialny za merytoryczne sprawdzanie nie zauważył, podpisując je na zasadzie zaufania). W wyniku analizy wyszło, że trwa to od 3 lat. Wg porozumienia firma B niezwłocznie wystawi faktury korygujące za pełny okres 3 lat. Jakie skutki dla spółki A będzie miało takie ujawnienie nieprawidłowości w VAT?