Centralizacja VAT a jednostki dotowane z budżetu państwa

Do wprowadzenia obowiązku centralizacji rozliczeń w zakresie podatku od towarów i usług (dalej: VAT) dla jednostek budżetowych i samorządowych zakładów budżetowych przyczynił się wyrok Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej z 29 września 2015 r. w sprawie C-276/14 Gmina Wrocław przeciwko Ministrowi Finansów, uznający, że jednostki budżetowe nie ponoszą ryzyka gospodarczego związanego z działalnością gospodarczą powierzoną im w imieniu i na rachunek gminy oraz nie odpowiadają za szkody spowodowane tą działalnością (odpowiedzialność tę ponosi wyłącznie gmina), ponieważ nie dysponują własnym majątkiem, nie osiągają własnych dochodów i nie ponoszą kosztów dotyczących takiej działalności. Uzyskane dochody są bowiem wpłacane do budżetu gminy, a wydatki pokrywane bezpośrednio z tego budżetu.

Podobne stanowisko zajął Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 26 października 2015 r. w składzie 7 sędziów (sygn. akt I FPS 4/15), w której to NSA uznał, że gmina może odliczyć VAT z faktur zakupowych związanych z realizacją inwestycji, które zostały przekazane do gminnego zakładu budżetowego, pod warunkiem że inwestycje te były wykorzystywane do wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu VAT.

Mając na uwadze wyrok TS UE oraz uchwałę NSA, Ministerstwo Finansów stanęło na stanowisku, że niezbędne jest dokonanie jak najszybciej centralizacji rozliczeń w zakresie VAT w samorządach. Centralizacja VAT będzie musiała objąć utworzone przez jednostki samorządu terytorialnego (dalej: JST) jednostki organizacyjne, którymi są: