Konsekwencje nieodprowadzenia zaliczki mimo potrącenia podatku

Jednostka budżetowa jako płatnik składek zobowiązana jest do obliczania i odprowadzania zaliczek na podatek dochodowy od osób fizycznych. Może jednak się zdarzyć, że z jakichś powodów zaliczki od części wynagrodzeń wypłacanych zatrudnionym - np. za 1 miesiąc - nie zostaną odprowadzone, a następnie podatnicy w swoich zeznaniach podatkowych za dany rok wykażą całość uzyskanych dochodów i zapłacą od nich podatek. W takiej sytuacji powstaje wątpliwość, czy urząd skarbowy ma prawo prowadzić postępowanie podatkowe dotyczące zaliczek na podatek, gdy sam podatek został już zapłacony?