Jak rozliczyć sprzedaż urządzenia specjalistycznego montowanego poza UE

Sprzedaliśmy na Ukrainę specjalistyczne urządzenie, które będzie tam montowane. Wystawiliśmy fakturę. Mamy komunikat IE-599 o wywozie za granicę, ale wartość z komunikatu różni się o kwotę jednego urządzenia, które zostało tranzytem wysłane na Ukrainę (z litewskiego urzędu celnego przyjechało na polski tranzytem, nastąpiło dopakowanie pod nadzorem urzędu i wszystko wyjechało na Ukrainę). Jak to rozliczyć?