Jak zaksięgować naliczone i potrącone kary za opóźnienie w realizacji inwestycji

Jesteśmy spółką z o.o. Dostaliśmy dofinansowanie ze środków unijnych na budowę silnika gazowego (kogeneracji). Dofinansowanie w formie dotacji i pożyczki. Inwestycja została zakończona z opóźnieniem. Zgodnie z podpisaną umową zostały przez zamawiającego naliczone kary za opóźnienie w realizacji inwestycji wysokości 400 000 zł. Kary naliczyliśmy i potrąciliśmy z ostatniej płatności. Wykonawca nie przyjął noty obciążeniowej (odesłał). Wiemy, że zamierza iść do sądu aby negocjować wysokość kary. Inwestycja została przyjęta na środki trwałe na podstawie faktur i innych dokumentów księgowych. Jak zaksięgować naliczone i potrącone kary (kwota została zatrzymana z ostatniej płatności, nie mamy żadnego wezwania do sądu). Czy przyjęty środek trwały należy zmniejszyć o kwotę naliczonych kar?