Interpretacja indywidualna z dnia 27 listopada 2025 r., Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, sygn. 0114-KDIP4-2.4012.726.2025.2.MŻA
Państwowy instytut badawczy, działający jako czynny podatnik VAT, ma prawo do częściowego odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z działalnością opodatkowaną oraz wyłączenia lub zwolnienia. Odliczenie winno być dokonane zgodnie z proporcją określoną w art. 86 ust. 2a oraz art. 90 ustawy VAT.
Interpretacja indywidualna – stanowisko prawidłowe
Szanowni Państwo,
stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe.
Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej
24 września 2025 r. wpłynął Państwa wniosek z 24 września 2025 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy prawa do częściowego odliczenia podatku VAT od wydatków związanych z realizacją Projektu. Uzupełnili Państwo wniosek – w odpowiedzi na wezwanie, pismem z 23 października 2025 r. Treść wniosku jest następująca:
Opis stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego
Wnioskodawca jest państwowym instytutem badawczym prowadzącym działalność na podstawie przepisów ustawy z 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych oraz Statutu uchwalonego przez Radą Naukową i zatwierdzonego przez organ sprawujący nadzór Ministerstwo Rolnictwa i Rozwoju Wsi w dniu (…) r. Przedmiotem działalności Wnioskodawcy jest prowadzenie badań naukowych oraz prac rozwojowych w określonych dziedzinach nauki i technologii związanych m.in. z bioinżynierią, biopreparatami, analizą fizykochemiczną i mikrobiologiczną produktów żywnościowych, opracowywania i rozwoju technologii w dziedzinie produkcji spożywczej, przemysłu fermentacyjnego, browarniczego, piekarskiego itp. Ponadto Wnioskodawca w ramach działalności statutowej zajmuje się wdrażaniem i upowszechnianiem wyników badań naukowych w praktyce rolniczej i przemyśle rolno-spożywczym.
Ponadto w oparciu o posiadane przez Wnioskodawcę zasoby i wyposażenie naukowo-badawcze, a także wysoko wykwalifikowaną kadrę naukową, Wnioskodawca prowadzi działalność komercyjną na rzecz przedsiębiorców i innych podmiotów z sektora rolno-spożywczego, w szczególności polegającą na:
- dostarczaniu szczepów mikroorganizmów, o wysokiej wartości użytkowej, dla przemysłów: gorzelniczego, piwowarskiego i winiarskiego i podobnych;
- świadczeniu usług analitycznych w szerokim zakresie badań związanych z oceną jakości i właściwości produktów przemysłu rolno-spożywczego, jako akredytowane laboratorium badawcze.
Wnioskodawca świadczy także usługi wynajmu i dzierżawy nieruchomości oraz innych składników majątku związanych z nieruchomościami, w obiektach stanowiących własność Wnioskodawcy, które nie są aktualnie wykorzystywane do prowadzenia własnej działalności Wnioskodawcy.
Wnioskodawca finansuje swoją działalność pozyskując środki pieniężne z trzech głównych źródeł:
- subwencji ze środków na finansowanie nauki, zgodnie z przepisami ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (tzw. „Ustawa 2.0);
- dotacji (grantów) przyznanych przez instytucje publiczne zarządzające środkami przeznaczonymi na finansowanie badań naukowych i prac rozwojowych, np. Narodowym Centrum Badań, Narodowym Centrum Badań i Rozwoju Nauki, Agencją Restrukturyzacji i Modernizacji Rolnictwa, w związku z realizacją określonych projektów badawczych i badawczo-rozwojowych, na podstawie umów zawartych z tymi instytucjami;
- dotacji celowych z części budżetowej przeznaczonej na rolnictwo przeznaczonej na realizację zadań szczególnie ważnych dla bezpieczeństwa Państwa;
- prowadzenia odpłatnej działalności produkcyjnej i usługowej, w szczególności w zakresie dostarczania mikroorganizmów oraz świadczenia specjalistycznych usług analitycznych i laboratoryjnych dla przedsiębiorstw sektora rolno-spożywczego, produktów spożywczych, a ponadto świadczenie usług wynajmu i dzierżawy posiadanych składników majątku, ze szczególnym uwzględnieniem nieruchomości.
Instytut (…) podpisał umowę o realizacji projektu partnerskiego „(…)” w ramach Programu Fundusze Europejskie dla (…) współfinansowanego z Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego ze Spółką (…) Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa reprezentowaną przez:
AA – Prokurent Komplementariusza
BB – Prokurent Komplementariusza
Umowa Partnerstwa określa zasady funkcjonowania partnerstwa, zasady współpracy Partnera wiodącego i Partnera. Podmiotem aplikującym o dofinansowanie w ramach Programu Fundusze Europejskie dla (…) była spółka (…) Spółka z ograniczoną odpowiedzialnością Spółka komandytowa jako Partner wiodący, a realizatorem projektu oraz Partnerem w projekcie jest Wnioskodawca.
Założeniem projektu jest przeprowadzenie prac badawczo-rozwojowych mających na celu redukcję strat surowca – (...) w procesie ich przechowywania w cyklu produkcyjnym. Będzie to możliwe do osiągnięcia dzięki opracowaniu kontrolowanych warunków przechowywania przy zastosowaniu technologii opartej na regulowanym przechowywaniu przy użyciu aparatury chłodniczej. Zastosowanie ujednoliconych i kontrolowanych warunków pozwoli na dostosowanie temperatury przechowywania by zredukować zachodzące procesy schnięcia, pleśnienia i gnicia oraz osiągnąć surowiec jakości porównywalnej do surowca świeżego.
Wnioskodawca jest podatnikiem podatku od towarów i usług zarejestrowanym jako czynny podatnik VAT.
Powstałe w ramach projektu prawa majątkowe do wyników prac B+R, w tym wyników badań będących rezultatem Projektu przysługują Partnerowi wiodącemu i Wnioskodawcy w proporcji odpowiadającej faktycznemu ich udziałowi w całkowitej kwocie kosztów kwalifikowalnych prac B+R określonej w Umowie o dofinansowanie Projektu (Paragraf 6 ust. 1 i 6 Umowy Partnerstwa). Komercjalizacja wyników badań jest kluczowym elementem Projektu a przeniesienie autorskich praw majątkowych następuje za wynagrodzeniem odpowiadającym wartości rynkowej tych praw.
Niezależnie od powyższego, Wnioskodawca planuje wykorzystać wyniki badań na potrzeby publikacji naukowych, ale także na potrzeby innych opracowań nie służących działalności gospodarczej.
W konsekwencji dysponowanie autorskimi prawami majątkowymi podlegać będzie także sprzedaży opodatkowanej podatkiem VAT.
Wnioskodawca w związku z realizacją Projektu będzie dokonywał zakupów towarów i usług od podmiotów zewnętrznych, udokumentowanych fakturami zawierającymi podatek VAT. Jak wskazano powyżej, zakupy towarów i usług opodatkowane podatkiem VAT będą stanowiły część kosztów ponoszonych przez Wnioskodawcę w związku z Projektem i będą służyć zarówno wykonywanej działalności gospodarczej, opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, jak i działalności niepodlegającej opodatkowaniu oraz zwolnionej z opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Uzupełnienie i doprecyzowanie opisu stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego
Na pytanie: Na kogo będą wystawione faktury dokumentujące nabycie towarów i usług związanych z realizacją Projektu, odpowiedzieli Państwo: Wnioskodawca oświadcza, że faktury wystawiane będą bezpośrednio na (…) w części związanej z wykonywaniem przez niego zadań określonych w umowie o realizację projektu partnerskiego (załącznik do wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej).
Na pytanie: Czy mają Państwo możliwość jednoznacznego i bezpośredniego przyporządkowania wydatków ponoszonych w ramach realizacji Projektu w całości do celów działalności gospodarczej, odpowiedzieli Państwo: Nie jest to możliwe na etapie realizacji Projektu.
Na pytanie: Czy mają Państwo obiektywną możliwość odrębnego przyporządkowania całości lub części kwot podatku naliczonego od wydatków ponoszonych w ramach realizacji Projektu do czynności opodatkowanych oraz czynności zwolnionych od podatku, odpowiedzieli Państwo: Nie jest to możliwe na obecnym etapie.
Pytanie
Czy w związku z nabywaniem towarów i usług związanych z prowadzeniem badań naukowych w ramach realizacji programu (…) Wnioskodawcy przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego związanego z nabyciem takich towarów i usług?
Państwa stanowisko w sprawie
W ocenie Wnioskodawcy, z uwagi na fakt, że poniesione w ramach Projektu wydatki będą służyć Instytutowi do wykonywania zarówno czynności opodatkowanych, niepodlegających opodatkowaniu, jak i zwolnionych z opodatkowania podatkiem od towarów i usług, to Wnioskodawca będzie mógł odliczyć tylko taką część podatku naliczonego na nabyciu tych towarów i usług, jaka pozostanie do odliczenia po zastosowaniu proporcji określonych w art. 86 ust. 2a i art. 90 ust. 2 ustawy VAT.
Uzasadnienie stanowiska Wnioskodawcy.
Jak wskazano w stanie faktycznym, Wnioskodawca jest zarejestrowanym czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług, który posiada status państwowego instytutu badawczego i prowadzi badania oraz prace badawczo-rozwojowe w zakresie biotechnologii i technologii rolno-spożywczej. W prowadzonej ewidencji księgowej Instytut wyodrębnia co do zasady następujące grupy działalności: opodatkowaną, zwolnioną oraz niepodlegającą opodatkowaniu, natomiast mając na uwadze treść zawartych przez Wnioskodawcę umów, jak również cel Projektu, Wnioskodawca będzie dokonywał nabycia towarów i usług które będzie wykorzystywał zarówno do celów wykonywanej działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza. Jednocześnie przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej Wnioskodawcy nie jest możliwe.
W konsekwencji kwotę podatku naliczonego, oblicza się na podstawie art. 86 ust 2a zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej (sposobem określenia proporcji). Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.
W tym miejscu Wnioskodawca wskazuje także, że nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługiwać będzie Wnioskodawcy prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, dlatego też w ocenie Wnioskodawcy dopuszczalne będzie pomniejszenie podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, tj. zastosowania w tym zakresie art. 90 ust. 2 ustawy o VAT.
Ocena stanowiska
Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest prawidłowe.
Uzasadnienie interpretacji indywidualnej
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:
w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124
Zgodnie z art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:
kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:
a) nabycia towarów i usług,
b) dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.
Prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje gdy:
- odliczenia dokonuje zarejestrowany czynny podatnik podatku od towarów i usług,
- towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych.
Aby skorzystać z prawa do odliczenia podatku naliczonego od towarów i usług zakupionych na potrzeby wykonania określonej czynności, podmiot musi wykonywać tę czynność jako podatnik podatku od towarów i usług, który działa w ramach prowadzonej działalności gospodarczej.
W świetle art. 15 ust. 1 ustawy:
podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.
Zgodnie z art. 15 ust. 2 ustawy:
działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.
Zasada wyrażona w art. 86 ust. 1 ustawy wyklucza możliwość odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających opodatkowaniu.
W każdym przypadku należy dokonać oceny, czy intencją podatnika wykonującego określone czynności, z którymi łączą się skutki podatkowoprawne, było wykonywanie czynności opodatkowanych. Podatnik ma obowiązek dokonania tzw. alokacji podatku, czyli określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu. Obowiązkiem podatnika jest przypisanie konkretnych wydatków do określonego rodzaju sprzedaży, z którymi wydatki te są związane.
Prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje pod warunkiem, że:
- spełnione zostały przesłanki pozytywne, wynikające z art. 86 ust. 1 ustawy oraz
- nie zaistniały przesłanki negatywne, określone w art. 88 ustawy – pozbawiają one podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Jedno z takich ograniczeń zostało wskazane w art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy, zgodnie z którym:
nie stanowią podstawy do obniżenia podatku należnego oraz zwrotu różnicy podatku lub zwrotu podatku naliczonego faktury i dokumenty celne w przypadku gdy transakcja udokumentowana fakturą nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.
Oznacza to, że podatnik nie może skorzystać z prawa do odliczenia w odniesieniu do podatku, który jest należny wyłącznie z tego względu, że został wykazany na fakturze w sytuacji, gdy transakcja nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.
Na podstawie art. 88 ust. 4 ustawy:
obniżenia kwoty lub zwrotu różnicy podatku należnego nie stosuje się również do podatników, którzy nie są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni, zgodnie z art. 96, z wyłączeniem przypadków, o których mowa w art. 86 ust. 2 pkt 7.
Z art. 86 ust. 1 ustawy wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony, są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych. Przy odliczeniu częściowym pomija się tę część podatku, w jakiej zakupione towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT i zwolnionych z podatku.
Generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego uzupełniają regulacje zawarte w art. 86 ust. 2a i następne oraz art. 90 ustawy.
W świetle art. 86 ust. 2a ustawy:
w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, zwanym dalej „sposobem określenia proporcji”. Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.
W myśl art. 86 ust. 2b ustawy:
Sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:
1) zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz
2) obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.
Na podstawie art. 86 ust. 2g ustawy:
proporcję określa się procentowo w stosunku rocznym. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej. Przepisy art. 90 ust. 5, 6, 9a, 10 i 10c-10g stosuje się odpowiednio.
Zgodnie z art. 86 ust. 2h ustawy:
w przypadku gdy podatnik, dla którego sposób określenia proporcji wskazują przepisy wydane na podstawie ust. 22, uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji.
Jak stanowi art. 86 ust. 22 ustawy:
Minister właściwy do spraw finansów publicznych może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników sposób określenia proporcji uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazać dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji, uwzględniając specyfikę prowadzenia działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego.
Na podstawie delegacji ustawowej określonej ww. przepisem wydane zostało rozporządzenie Ministra Finansów z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 999), zwane dalej rozporządzeniem.
Na mocy § 1 rozporządzenia:
rozporządzenie:
1) określa w przypadku niektórych podatników sposób określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć, zwany dalej ,,sposobem określenia proporcji”;
2) wskazuje dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem sposobu określenia proporcji.
W rozporządzeniu tym zostali wskazani podatnicy, do których przepisy w nim zawarte się odnoszą. Są to: jednostki samorządu terytorialnego, samorządowe instytucje kultury, państwowe instytucje kultury, uczelnie publiczne, instytuty badawcze.
W świetle § 7 rozporządzenia:
w przypadku instytutu badawczego, jako sposób określenia proporcji uznaje się sposób ustalony według wzoru:
X = A x 100/A + B
gdzie poszczególne symbole oznaczają:
X - proporcję określoną procentowo, zaokrągloną w górę do najbliższej liczby całkowitej,
A - roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego,
B - sumę wykorzystanych przez instytut badawczy środków obejmującą:
1) subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku przez ten instytut na zadania związane z działalnością naukową lub kształceniem w szkole doktorskiej, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej,
2) dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone na realizację przez ten instytut w danym roku badań naukowych, prac rozwojowych lub innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej
‒ z wyłączeniem środków finansowych przeznaczonych na stypendia dla doktorantów.
Według § 2 pkt 4 rozporządzenia:
ilekroć w rozporządzeniu jest mowa o obrocie – rozumie się przez to podstawę opodatkowania, o której mowa w art. 29a, art. 32, art. 119 oraz art. 120 ust. 4 i 5 ustawy, w zakresie:
a) dokonywanych przez podatników:
‒ odpłatnych dostaw towarów na terytorium kraju,
‒ odpłatnego świadczenia usług na terytorium kraju,
‒ eksportu towarów,
‒ wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów,
b) odpłatnych dostaw towarów lub świadczenia usług poza terytorium kraju, które podlegałyby opodatkowaniu podatkiem gdyby były wykonywane na terytorium kraju.
Stosownie do § 8 rozporządzenia:
w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadkach, o których mowa w § 3-7, mogą być przyjęte dane za rok podatkowy poprzedzający poprzedni rok podatkowy.
Przepis art. 86 ust. 2a ustawy ma zatem zastosowanie wyłącznie do sytuacji, w której nabywane towary i usługi, wykorzystywane są zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, w sytuacji gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe. Ww. przepis wprost określa, co stanowi kwotę podatku naliczonego w przypadku nabycia towarów i usług, wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych.
W przypadku wykonywania w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz zwolnionych od podatku, należy mieć na uwadze uregulowania zawarte w art. 90 ustawy o VAT. Powyższe przepisy stanowią uzupełnienie regulacji art. 86 ustawy o VAT.
Zgodnie z art. 90 ust. 1 ustawy:
w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego.
W myśl art. 90 ust. 2 ustawy:
jeżeli nie jest możliwe wyodrębnienie całości lub części kwot, o których mowa w ust. 1, podatnik może pomniejszyć kwotę podatku należnego o taką część kwoty podatku naliczonego, którą można proporcjonalnie przypisać czynnościom, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, z zastrzeżeniem ust. 10.
Na podstawie art. 90 ust. 3 ustawy:
proporcję, o której mowa w ust. 2, ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.
Przepis art. 90 ust. 4 ustawy stanowi, że:
proporcję, o której mowa w ust. 3, określa się procentowo w stosunku rocznym na podstawie obrotu osiągniętego w roku poprzedzającym rok podatkowy, w odniesieniu do którego jest ustalana proporcja. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej.
Przepisy dotyczące zasad odliczania częściowego, zawarte w art. 90 ustawy, znajdują zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy. Zatem dotyczą czynności podlegających opodatkowaniu (opodatkowanych i zwolnionych).
Aby odliczyć podatek naliczony podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności:
- opodatkowanej podatkiem VAT,
- zwolnionej od podatku,
- niepodlegającej opodatkowaniu.
W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy (tzw. prewspółczynnik), a następnie – w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku – w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy (tzw. współczynnik sprzedaży).
Wskazali Państwo, że są państwowym instytutem badawczym oraz podatnikiem podatku od towarów i usług zarejestrowanym jako czynny podatnik VAT. Przedmiotem Państwa działalności jest prowadzenie badań naukowych oraz prac rozwojowych w określonych dziedzinach nauki i technologii związanych m.in. z bioinżynierią, biopreparatami, analizą fizykochemiczną i mikrobiologiczną produktów żywnościowych, opracowywania i rozwoju technologii w dziedzinie produkcji spożywczej, przemysłu fermentacyjnego, browarniczego, piekarskiego itp. Ponadto w ramach działalności statutowej zajmują się Państwo wdrażaniem i upowszechnianiem wyników badań naukowych w praktyce rolniczej i przemyśle rolno-spożywczym.
Podpisali Państwo umowę o realizacji projektu partnerskiego „(...)”.
Założeniem projektu jest przeprowadzenie prac badawczo-rozwojowych mających na celu redukcję (...) w w procesie ich przechowywania w cyklu produkcyjnym.
Powstałe w ramach projektu prawa majątkowe do wyników prac B+R, w tym wyników badań będących rezultatem Projektu przysługują Partnerowi wiodącemu i Państwu w proporcji odpowiadającej faktycznemu ich udziałowi w całkowitej kwocie kosztów kwalifikowalnych prac B+R określonej w Umowie o dofinansowanie Projektu. Komercjalizacja wyników badań jest kluczowym elementem Projektu a przeniesienie autorskich praw majątkowych następuje za wynagrodzeniem odpowiadającym wartości rynkowej tych praw. Niezależnie od powyższego, planują Państwo wykorzystać wyniki badań na potrzeby publikacji naukowych, ale także na potrzeby innych opracowań nie służących działalności gospodarczej. W konsekwencji dysponowanie autorskimi prawami majątkowymi podlegać będzie także sprzedaży opodatkowanej podatkiem VAT.
W związku z realizacją Projektu będą Państwo dokonywać zakupów towarów i usług od podmiotów zewnętrznych, udokumentowanych fakturami zawierającymi podatek VAT. Zakupy towarów i usług opodatkowane podatkiem VAT będą stanowiły część kosztów ponoszonych przez Państwa w związku z Projektem i będą służyć zarówno wykonywanej działalności gospodarczej, opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, jak i działalności niepodlegającej opodatkowaniu oraz zwolnionej z opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Faktury wystawiane będą bezpośrednio na Państwa w części związanej z wykonywaniem przez Państwa zadań określonych w umowie o realizację projektu partnerskiego.
Nie mają Państwo możliwość jednoznacznego i bezpośredniego przyporządkowania wydatków ponoszonych w ramach realizacji Projektu w całości do celów działalności gospodarczej. Nie mają Państwo obiektywną możliwość odrębnego przyporządkowania całości lub części kwot podatku naliczonego od wydatków ponoszonych w ramach realizacji Projektu do czynności opodatkowanych oraz czynności zwolnionych od podatku, odpowiedzieli Państwo: Nie jest to możliwe na obecnym etapie.
Państwa wątpliwości dotyczą prawa do odliczenia podatku naliczonego z tytułu nabywanych towarów i usług związanych z prowadzeniem badań naukowych w ramach realizacji Programu.
Jak wynika z powołanych powyżej przepisów prawa, rozliczenie podatku naliczonego na zasadach określonych w art. 86 ust. 1 ustawy uwarunkowane jest tym, aby nabywane towary i usługi były wykorzystywane przez zarejestrowanego, czynnego podatnika podatku VAT w ramach działalności gospodarczej do wykonywania czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług.
Odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z czynnościami opodatkowanymi podatnika. Wskazana zasada wyłącza tym samym możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT.
Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności zwolnionych lub niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT.
Z okoliczności sprawy wynika, że zakupy towarów i usług opodatkowane podatkiem VAT będą stanowiły część kosztów ponoszonych przez Państwa w związku z Projektem i będą służyć zarówno wykonywanej działalności gospodarczej, opodatkowanej podatkiem od towarów i usług, jak i działalności niepodlegającej opodatkowaniu oraz zwolnionej z opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Zatem w zakresie wydatków dotyczycących realizacji Projektu przysługuje Państwu prawo do pełnego odliczenia podatku naliczonego od nabyć towarów i usług, które będą Państwo wykorzystywać w całości do czynności opodatkowanych. Od zakupionych towarów i usług które będą wykorzystywane wyłączenia do czynności niepodlegających opodatkowaniu i zwolnionych nie przysługuje Państwu prawo do odliczenia podatku.
Odnośnie nabywanych w ramach realizacji Projektu towarów i usług, dla których nie są Państwo w stanie wyodrębnić kwot podatku naliczonego w zakresie w jakim służą one do wykonywania czynności podlegających opodatkowaniu i niepodlegających opodatkowaniu, przysługuje Państwu prawo do odliczenia podatku naliczonego zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, o którym mowa w art. 86 ust. 2a i nast. ustawy z uwzględnieniem § 7 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r.
Następnie biorąc pod uwagę, że nabywane towary i usługi wykorzystywane będą zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do czynności zwolnionych od podatku, w zakresie w jakim nie będą Państwo w stanie dokonać bezpośredniej alokacji podatku do czynności opodatkowanych i zwolnionych od podatku, powinni Państwo dokonać odliczenia podatku naliczonego w oparciu o zasady wskazane w art. 90 ust. 2, ust. 3 i następne ustawy.
Zaznaczyć jednocześnie należy, że prawo do odliczenia podatku naliczonego przysługuje, pod warunkiem niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy.
Państwa stanowisko jest prawidłowe.
Dodatkowe informacje
Informacja o zakresie rozstrzygnięcia
Interpretacja dotyczy zaistniałego stanu faktycznego, który Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązywał w dacie zaistnienia zdarzenia oraz zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.
Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji
- Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego i zdarzenia przyszłego i zastosują się Państwo do interpretacji.
- Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:
Przepisów art. 14k-14n Ordynacji podatkowej nie stosuje się, jeśli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej jest elementem czynności, które są przedmiotem decyzji wydanej:
1) z zastosowaniem art. 119a;
2) w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;
3) z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.
- Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:
Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.
Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację
Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (…). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej jako „PPSA”).
Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):
- w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo
- w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).
Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).
Podstawa prawna dla wydania interpretacji
Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.
