Czy rekompensaty otrzymywane przez spółkę z o.o. z tytułu usług transportu publicznego podlegają opodatkowaniu VAT

Podatnik naszego biura jest prezesem zarządu spółki z o.o., która jest czynnym podatnikiem VAT. Głównym przedmiotem działalności spółki jest transport lądowy pasażerski. Spółka nie prowadzi żadnej innej działalności gospodarczej. Spółka (operator) ma podpisane umowy z województwem warmińsko-mazurskim (organizator) o świadczenie usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego na określonych trasach. W umowach jest zapis o rekompensatach poniesionych kosztów w związku ze świadczeniem przez operatora usług w zakresie publicznego transportu zbiorowego. Rekompensata obliczana jest w określony w umowach sposób i rozliczana po upływie danego okresu rozliczeniowego po złożeniu wniosku o rekompensatę z wymaganymi dokumentami tj. nota obciążeniowa. Do obliczenia wysokości rekompensaty brane są pod uwagę przychody oraz koszty w kwotach netto. Przychody spółki pochodzą tylko ze sprzedaży biletów za przejazdy. Koszty spółki to m.in. paliwo oraz płyny i materiały eksploatacyjne do autokarów, wynajem autokarów, wynagrodzenia kierowców i ich składki społeczne, opłaty za wjazdy na dworzec oraz zatrzymywanie się na przystankach, opłaty za publikację informacji o cennikach oraz rozkłady jazdy, opłaty za utrzymanie biura oraz zakup bileterek i innego wyposażenia na potrzeby działalności. Nabywane przez spółkę towary i usługi są wykorzystywane wyłącznie do świadczenia usług publicznego transportu zbiorowego. Otrzymana rekompensata wypłacana jest na konto bankowe spółki przez województwo warmińsko-mazurskie na podstawie wniosku o rekompensatę i opisana jest w przelewie „Dotacja nr umowy”. Osobno spółka otrzymuje przelew również od województwa warmińsko-mazurskiego jako „refundacja kosztów finansowania uprawnień do ulg przejazdów autobusowych nr umowy”. Wpływy z tej refundacji i rekompensaty były traktowane jako kwoty brutto. Czy otrzymane kwoty z wyżej opisanych przelewów od województwa warmińsko-mazurskiego podlegają opodatkowaniu VAT? Czy mamy obowiązek naliczenia VAT od takich wpływów na konto mimo, że zamiast „rekompensata” opisano w przelewie „dotacja”? Czy spółka ma prawo do pełnego odliczenia VAT naliczonego od faktur kosztowych zawartych we wniosku o rekompensatę? W przypadku gdy nie będzie konieczności naliczania VAT od not dotyczących rekompensaty - czy możemy skorygować cały 2025 rok? Od stycznia 2025 r. naliczaliśmy VAT od not dotyczących rekompensaty oraz dotyczących refundacji kosztów finansowania uprawnień do ulg.