Interpretacja indywidualna z dnia 4 grudnia 2025 r., Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.956.2025.1.MC

Interpretacja indywidualna – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest prawidłowe. 

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

3 października 2025 r. wpłynął Państwa wniosek z 3 października 2025 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy braku prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT w związku z realizacją projektu pn. „…”.

Treść wniosku jest następująca:

Opis zdarzenia przyszłego

Instytut „…” ul. … będący Wnioskodawcą (dalej „Wnioskodawca” lub „Instytut”), utworzony został na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów z dnia (...). Instytut jest państwową jednostką organizacyjną, wyodrębnioną pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym.

Instytut posiada osobowość prawną i działa na podstawie:

• ustawy z dnia 30 kwietnia 2010 r. o instytutach badawczych (t. j. Dz. U. 2016 poz. 371);
• ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. z 2018 r. poz. 1668);
• ustawy z dnia 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (Dz. U. z 2011 r. Nr 112, poz. 654, z późn. zm.);
• ustawy z dnia 29 września 1994 r. o rachunkowości (Dz. U. z 2009 r. Nr 152, poz. 1223, z późn. zm.);
• ustawy z dnia 6 marca 2018 r. Prawo przedsiębiorców (Dz. U. z 2018 r. poz. 646);
• ustawy z dnia 16 grudnia 2016 r. o zasadach zarządzania mieniem państwowym (Dz. U. 2016 poz. 2259 z późn. zm.);
• statutu Instytutu.

Nadzór nad Instytutem sprawuje Minister Zdrowia. Przedmiotem działania Instytutu jest m.in. (...). Instytut jest (...). Do podstawowej działalności Instytutu należy: (...).

W związku z prowadzoną działalnością podstawową Instytut może:

1)upowszechniać wyniki badań naukowych i prac rozwojowych;

2)wykonywać badania i analizy oraz opracowywać opinie i ekspertyzy w zakresie prowadzonych badań naukowych i prac rozwojowych;

3)opracowywać oceny dotyczące stanu i rozwoju poszczególnych dziedzin nauki i techniki oraz sektorów gospodarki, które wykorzystują wyniki badań naukowych i prac rozwojowych oraz w zakresie wykorzystywania w kraju osiągnięć światowej nauki i techniki;

4)prowadzić działalność normalizacyjną, certyfikacyjną i aprobacyjną;

5)prowadzić i rozwijać bazy danych związane z przedmiotem działania Instytutu;

6)prowadzić działalność w zakresie informacji naukowej, technicznej i ekonomicznej, wynalazczości oraz ochrony własności przemysłowej i intelektualnej, a także działalność wspierającą innowacyjność przedsiębiorstw;

7)wytwarzać w związku z prowadzonymi badaniami naukowymi i pracami rozwojowymi aparaturę, urządzenia, materiały i inne wyroby oraz prowadzić walidację metod badawczych, pomiarowych oraz kalibrację aparatury;

8)opracowywać i wydawać opinie o wyrobach;

9)inicjować i współdziałać merytorycznie w przygotowywaniu założeń do aktów prawnych oraz innych dokumentów dotyczących opieki zdrowotnej;

10)prowadzić działalność wydawniczą związaną z prowadzonymi badaniami naukowymi i pracami rozwojowymi.

Instytut, poza wymienionymi wyżej zadaniami, może również prowadzić:

• kształcenie w szkole doktorskiej i na studiach podyplomowych, związane z prowadzonymi przez Instytut badaniami naukowymi i pracami rozwojowymi,
• inne formy kształcenia - na zasadach określonych w ustawie z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. poz. 1668).

Ponadto Instytut może prowadzić działalność taką jak:

• uczestniczenie w systemie ochrony zdrowia poprzez udzielanie świadczeń zdrowotnych, w szczególności świadczeń profilaktycznych, diagnostycznych oraz leczniczych szpitalnych i ambulatoryjnych, a także tworzenie warunków organizacyjnych i technicznych do realizacji zadań leczniczych na potrzeby obronne państwa,
• opiniowanie produktów kosmetycznych, preparatów biologicznych do celów medycznych, odżywczych suplementów diety, żywności dla niemowląt, środków dezynfekcyjnych do celów higienicznych, preparatów bakteriologicznych do celów medycznych i weterynaryjnych, produktów mlecznych i zbożowych zawartych w tej klasie, zabawek dla dzieci, aparatury rehabilitacyjnej do ciała i diagnostycznej do celów medycznych, aparatów i instrumentów medycznych, odzieży specjalnej używanej w salach operacyjnych lub do innych celów medycznych, bielizny osobistej i rajstop, produktów spożywczych i przemysłowych, rekomendowanych pacjentom Instytutu,
• świadczenie usług hotelarskich polegającą w szczególności na:

·zapewnieniu miejsc hotelowych dla pracowników zatrudnionych w Instytucie;

·prowadzeniu działalności hotelarskiej dla gości z zewnątrz oraz dla rodziców i opiekunów dzieci, którym Instytut udziela świadczeń zdrowotnych;

·prowadzeniu innej działalności usługowej i handlowej.

Ponadto Instytut jest podmiotem leczniczym, w rozumieniu art. 4 ust. 1 ustawy z 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej (Dz. U. z 2023 r. poz. 991). Głównym obszarem działalności Instytutu jest świadczenie usług w zakresie ochrony zdrowia. Do podstawowych zadań Instytutu należy organizowanie i udzielanie świadczeń zdrowotnych służących zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia oraz innych działań medycznych, wynikających z procesu leczenia lub przepisów odrębnych regulujących zasady ich wykonywania osobom, których stan zdrowia tego wymaga.

Zakres udzielanych przez Instytut świadczeń zdrowotnych wynika ze statutu oraz wpisu do rejestru podmiotów wykonujących działalność leczniczą.

Instytut świadczy profesjonalną pomoc medyczną zarówno mieszkańcom regionu, jak i pacjentom z całego kraju (ponad 10% pacjentów pochodzi spoza województwa ...). W jednostce funkcjonuje unikalna w skali kraju integracja (...). Rocznie w Instytucie hospitalizowanych jest blisko (...) pacjentów, udziela się także blisko (...) porad ambulatoryjnych. Instytut udziela świadczeń zdrowotnych finansowanych ze środków publicznych ubezpieczonym oraz innym osobom uprawnionym do tych świadczeń w oparciu o kontrakt z Narodowym Funduszem Zdrowia. Instytut należy do sieci szpitali (kategoria: szpitale ogólnopolskie) i posiada kontrakt z NFZ nr (...) obowiązujący do (...) i ma zagwarantowane środki na działalność zarówno w formie ryczałtu szpitalnego, w ramach pakietu onkologicznego a także na świadczenia limitowane np. świadczenia diagnostyki i leczenia onkologicznego poza pakietem onkologicznym.

Instytut jest czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług (dalej „Podatek VAT”), o którym mowa w art. 15 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. z 2023 r. poz. 1570 z późn. zm.) (dalej „Ustawa VAT”). Świadczone przez Instytut usługi w zakresie opieki medycznej, stanowią podstawowy i dominujący zakres prowadzonej działalności. Usługi te podlegają zwolnieniu od podatku VAT na podstawie art. 43. ust. 1 pkt 18 Ustawy o VAT, zgodnie z którym zwolnione od podatku są usługi w zakresie opieki medycznej, służące profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu i poprawie zdrowia, oraz dostawa towarów i świadczenie usług ściśle z tymi usługami związanymi, wykonywane w ramach działalności leczniczej przez podmioty lecznicze.

Instytut świadczy również usługi kształcenia kadr medycznych, które podlegają zwolnieniu na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 29 pkt c) Ustawy o VAT jako usługi kształcenia zawodowego lub przekwalifikowania zawodowego finansowane w całości ze środków publicznych.

Poza działalnością podstawową w zakresie świadczeń zdrowotnych zwolnionych z podatku VAT, Instytut świadczy usługi podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT na zasadach ogólnych, w szczególności wynajmuje powierzchnię użytkową w niektórych należących do Instytutu budynkach na cele związane z działalnością gastronomiczną (bary), a także paczkomaty i automaty do wydawania napojów i przekąsek oraz wynajmuje basen i świadczy usługi parkingowe. Instytut świadczy również usługi w zakresie badań klinicznych oraz usługi krótkotrwałego zakwaterowania.

Udział sprzedaży opodatkowanej w sprzedaży ogółem Szpitala jest marginalny. Instytut prowadzi również działalność badawczo-rozwojową w obszarze badań naukowych i prac rozwojowych, która nie spełnia przesłanek definicji działalności gospodarczej, o której mowa w art. 15 ust. 2 Ustawy VAT oraz która nie podlega opodatkowaniu Podatkiem VAT.

Wniosek dotyczy budynku A (Szpital …) oraz budynku B (Szpital …), w których prowadzona jest zarówno działalność zwolniona z podatku VAT, działalność opodatkowana Podatkiem VAT (m.in. w zakresie najmu) oraz działalność badawczo-rozwojowa, która nie spełnia przesłanek działalności gospodarczej oraz nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT.

Ze względu na prowadzenie przez Instytut badań naukowych i prac rozwojowych, które nie spełniają przesłanek definicji działalności gospodarczej określonej w art. 15 ust. 2 Ustawy VAT, w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 ustawy VAT), Instytut zobowiązany jest do stosowania proporcji o której mowa w art. 86 ust. 2a Ustawy VAT (dalej „Prewspółczynnik”). Prewspółczynnik został obliczony na podstawie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17.12.2015 roku w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (dalej „Rozporządzenie”) i został ustalony na poziomie przekraczającym 99%. Zgodnie z art. 86 ust. 2g Ustawy VAT Prewspółczynnik zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej co oznacza, że Prewspółczynnik wynosi 100%.

Ze względu na strukturę sprzedaży opartej w zdecydowanej większości na świadczeniu usług zwolnionych z Podatku VAT, Instytut stosuje odliczenie częściowe podatku naliczonego na podstawie proporcji sprzedaży, o której mowa w art. 90 ust. 1-6 Ustawy o VAT (dalej „Proporcja”). Proporcja w rozumieniu art. 90 ust. 3 Ustawy VAT nie przekracza 2%. Zgodnie z art. 90 ust. 4 Ustawy VAT, proporcję zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej co oznacza, iż proporcja wynosi 2%. Na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy VAT, w przypadku gdy proporcja nie przekroczyła 2% - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 0%. Instytut korzysta z tego prawa i uznaje, iż Proporcja wynosi 0%. Oznacza to, że Instytut stosuje Proporcję na poziomie 0%. W efekcie Instytut nie ma prawa do obniżenia podatku należnego VAT o podatek naliczony.

W roku 2019 Instytut złożył do Narodowego Funduszu Ochrony Środowiska i Gospodarki Wodnej (dalej NFOŚiGW) wniosek o dotację na realizację projektu „…” w ramach programu (...) (dalej „Projekt”). Dnia (...) została podpisana umowa na dofinansowanie Projektu. Celem Projektu jest (...). W związku z faktem, iż od momentu złożenia wniosku o dofinansowanie do podpisania umowy dofinansowania minęły 3 lata zaś potrzeby Instytutu w zakresie inwestycji zmieniły się, Instytut wystąpił do NFOŚiGW o zmianę zakresu rzeczowego. Dnia (...) r. został podpisany aneks do umowy dofinansowania, zgodnie z którym Projekt obejmie dwa budynki Instytutu – budynek A (Szpital …) i budynek B (Szpital …).

W ramach Projektu planowane jest przeprowadzenie następujących zadań:

• instalacja pomp ciepła,
• modernizacja węzłów cieplnych,
• montaż instalacji fotowoltaicznej,
• modernizacja oświetlenia – wymiana na LED,
• instalacja ciepłociągów od jednostek zewnętrznych pomp ciepła do węzłów w budynkach A i B,
• instalacja magazynów energii,
• instalacja systemu BMS,
• montaż agregatów chłodniczych z montażem rurociągów (tylko budynek B).

Towary i usługi zakupione w ramach Projektu będą dotyczyły realizacji Projektu w budynkach A i B tj. budynkach wykorzystywanych do czynności zwolnionych z Podatku VAT i w nieznacznym zakresie do czynności opodatkowanych Podatkiem VAT (tj. wynajem pomieszczeń w większości na działalność pomocniczą np. dostawca cateringu, apteka, kiermasze, paczkomaty i automaty z żywnością, bary, badania kliniczne, basen, sterylizacja, krótkotrwałe zakwaterowanie, kserokopie dokumentacji medycznej).

Ze względu na ustalenia Proporcji na poziomie 0%, Instytutowi nie będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur dokumentujących zakup towarów i usług.

Reasumując:

1) Instytut będzie wskazany jako nabywca na fakturach dokumentujących zakupy związane z realizacją Projektu.

2) W związku z faktem, że Proporcja nie przekracza 2%, Instytut na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy VAT uznaje, że Proporcja wynosi 0%.

3) Instytut nie będzie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT na podstawie faktur dokumentujących zakup towarów i usług związanych z realizacją Projektu.

W związku z koniecznością ustalenia czy koszt Podatku VAT związany z realizacją Projektu, stanowi tzw. koszt kwalifikowany, konieczne jest ustalenie czy Instytut będzie miał możliwość odliczenia w jakiejkolwiek części, podatku naliczonego VAT na podstawie faktur dokumentujących zakup towarów i usług wykorzystywanych w realizacji Projektu zakładając, iż Instytut rezygnuje z prawa do odliczenia uznając na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy VAT, że proporcja wynosi 0%.

Pytanie

Czy w opisanym zdarzeniu przyszłym Instytut będzie miał możliwość odliczenia (w tym w części) Podatku naliczonego VAT na podstawie faktur dokumentujących zakup towarów i usług związanych z realizacją Projektu przy założeniu, że w obu budynkach tj. budynku A i budynku B będzie prowadzona działalność zwolniona z Podatku VAT, działalność opodatkowana Podatkiem VAT oraz działalność badawczo-rozwojowa niepodlegająca opodatkowaniu Podatkiem VAT, Prewspołczynnik po zaokrągleniu wyniesie 100%, a wyliczona Proporcja o której mowa w art. 90 ust. 3 Ustawy o VAT, wyniesie mniej niż 2% i Instytut uzna na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy o VAT, że Proporcja wynosi 0%?

Państwa stanowisko w sprawie

Instytut nie będzie miał możliwości odliczenia (w tym w części) podatku naliczonego VAT, zapłaconego na podstawie faktur dokumentujących zakup towarów i usług wykorzystywanych w realizacji Projektu zarówno w budynku A jak i w budynku B, jeżeli wyliczona Proporcja nie przekroczy 2% i Instytut na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy VAT uzna, iż Proporcja wynosi 0%.

Uzasadnienie

Zgodnie z art. 86 ust. 1 Ustawy VAT w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Z kolei na podstawie art. 86 ust. 2 pkt 1 lit a) Ustawy VAT kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu nabycia towarów i usług. W myśl art. 15 ust. 1 Ustawy VAT podatnikami są m.in. osoby prawne (Instytut) wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności. W ust. 2 tego samego artykułu zawarta została definicja działalności gospodarczej zgodnie z którą, działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.

Zgodnie z art. 87 ust. 1 Ustawy VAT w przypadku gdy kwota podatku naliczonego, o której mowa w art. 86 ust. 2, jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do obniżenia o tę różnicę kwoty podatku należnego za następne okresy lub do zwrotu różnicy na rachunek bankowy.

Zasady dokonywania zwrotu różnicy podatku na rachunek bankowy podatnika określone zostały w art. 87 ust. 2-6 Ustawy o VAT. Z cytowanych wyżej przepisów wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego.

Ponadto prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części przysługuje pod warunkiem spełnienia przez podatnika zarówno przesłanek pozytywnych, wynikających z art. 86 ust. 1 Ustawy VAT oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 Ustawy VAT, który określa listę wyjątków pozbawiających podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego. Podstawowym warunkiem odliczenia podatku naliczonego VAT jest związek jaki musi zaistnieć pomiędzy zakupionymi towarami i usługami, a wykorzystywaniem tych towarów i usług do czynności opodatkowanych Podatkiem VAT, gdyż zgodnie z art. 86 ust. 1 Ustawy VAT odliczenie przysługuje tylko w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych. Tak więc dla wystąpienia prawa do odliczenia podatku naliczonego konieczne jest, aby zakup towarów i usług miał związek z wykonywaniem czynności opodatkowanych Podatkiem VAT. Musi to być niewątpliwy i bezsporny związek z wykonywaniem czynności opodatkowanych. Ustawa VAT wyłącza zatem możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego VAT związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku gdy są wykorzystywane do czynności zwolnionych z podatku oraz czynności niepodlegających opodatkowaniu, a także w przypadkach gdy ustawodawca wyłączył prawo do odliczenia tj. w przypadkach określonych w art. 88 Ustawy VAT. Wykluczona jest więc możliwość dokonania obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które są wykorzystywane wyłącznie do wykonywania czynności zwolnionych od Podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi.

Zgodnie z art. 90 ust. 1 Ustawy o VAT, w stosunku do towarów i usług, które są wykorzystywane przez podatnika do wykonywania czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, jak i czynności, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje, podatnik jest obowiązany do odrębnego określenia kwot podatku naliczonego związanych z czynnościami, w stosunku do których podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Z regulacji tej wynika, że w celu odliczenia podatku naliczonego, w pierwszej kolejności podatnik winien przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej z opodatkowania, niepodlegającej opodatkowaniu). W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 Ustawy o VAT, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości, natomiast w przypadku wydatków związanych wyłącznie z czynnościami zwolnionymi od podatku VAT lub niepodlegającymi opodatkowaniu, prawo do odliczenia podatku naliczonego nie przysługuje.

Gdy wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej opodatkowanej Podatkiem VAT, jak i działalności nie podlegającej opodatkowaniu Podatkiem VAT, a przyporządkowanie ich wyłącznie i w całości do działalności opodatkowanej nie jest możliwe, podatnik winien ustalić wartość przysługującego mu prawa do odliczenia Podatku VAT z zastosowaniem Prewspółczynnika. Jeżeli, tak jak w analizowanym zdarzeniu przyszłym, Prewspółczynnik wynosi 100% oznacza to, że dla celów Podatku VAT uznaje się, iż podatnik prowadzi działalność opodatkowaną.

Gdy wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej opodatkowanej Podatkiem VAT, jak i działalności zwolnionej z Podatku VAT, a przyporządkowanie ich wyłącznie i w całości do działalności opodatkowanej nie jest możliwe, podatnik winien ustalić wartość przysługującego mu prawa do odliczenia Podatku VAT z zastosowaniem Proporcji, o której mowa w art. 90 ust. 3 Ustawy o VAT. Proporcję ustala się jako udział rocznego obrotu z tytułu czynności, w związku z którymi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, w całkowitym obrocie uzyskanym z tytułu czynności, w związku z którymi podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego, oraz czynności, w związku z którymi podatnikowi nie przysługuje takie prawo.

Zgodnie z art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy o VAT, w przypadku, gdy Proporcja nie przekroczył 2% - podatnik ma prawo uznać, że Proporcja wynosi ona 0%. Oznacza to brak prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT. W budynku A i B Instytut prowadzi i będzie prowadził działalność zwolnioną z Podatku VAT oraz w nieznacznym zakresie działalność opodatkowaną Podatkiem VAT m.in. usługi najmu powierzchni użytkowych oraz działalność badawczo-rozwojową niepodlegającą opodatkowaniu Podatkiem VAT. Ponieważ nie będzie możliwe przyporządkowanie zakupionych w ramach realizacji Projektu towarów i usług odrębnie do działalności zwolnionej i odrębnie do działalności opodatkowanej Podatkiem VAT oraz działalności badawczo-rozwojowej, zastosowanie będzie miał Prewspółczynnik oraz Proporcja określona zgodnie z art. 90 ust. 3 Ustawy VAT. W związku z realizacją Projektu w przypadku budynku A i B Instytut nie będzie miał możliwości odliczenia podatku naliczonego VAT (nawet w części) przy założeniu, że Prewspółczynnik wynosi 100%, a Proporcja nie przekracza 2% i Instytut na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy VAT uzna, że Proporcja wynosi 0%.

Zgodnie z art. 90 ust. 10 pkt 2 Ustawy VAT w przypadku gdy Proporcja nie przekracza 2% podatnik ma prawo odliczyć podatek naliczony w wysokości wynikającej z wyliczonej Proporcji (po uprzednim zaokrągleniu w górę do najbliższej liczby całkowitej na podstawie art. 90 ust. 4 Ustawy VAT) albo uznać, że Proporcja wynosi 0% i w takim przypadku podatnik traci prawo do odliczenia podatku naliczonego. Jeżeli Instytut korzystając z przysługującego mu na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2) Ustawy VAT prawa uzna, że Proporcja wynosi 0% to nie będzie miał prawa do odliczenia podatku naliczonego VAT (nawet w części) z faktur dokumentujących zakup towarów i usług wykorzystywanych w realizacji Projektu w budynku A i B.

Stanowisko to potwierdził Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej (dalej „Dyrektor KIS”) m.in. w interpretacji indywidualnej z dnia 05.05.2022 roku sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.96.2022.1.AG, która dotyczyła analogicznego przypadku tj. wydatków na realizację projektu termomodernizacji budynku, w którym szpital prowadził działalność zwolnioną (opieka medyczna) oraz opodatkowaną Podatkiem VAT (najem powierzchni). W interpretacji tej czytamy „Należy zatem stwierdzić, że jeżeli skorzystają Państwo z przysługującego uprawnienia określonego przez ustawodawcę w art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy, i uznają Państwo, że proporcja obliczona na podstawie art. 90 ust. 2-8 ustawy wynosi 0%, to nie będzie przysługiwać Państwu prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego zawartego w cenie towarów i usług związanych z działalnością zwolnioną i opodatkowaną”.

Analogiczne stanowisko w podobnym przypadku wyraził Dyrektor KIS w interpretacji z dnia 01.03.2021 roku, sygn. 0113-KDIPT1-1.4012.5.2021.2.ŻR, wskazując, że: „Przenosząc powyższe rozważania na grunt rozpatrywanej sprawy należy stwierdzić, że skoro Wnioskodawca skorzystał z przysługującego mu uprawnienia określonego przez ustawodawcę w art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy i uznał, że proporcja obliczona na podstawie art. 90 ust. 2-8 ustawy wynosi 0%, to Wnioskodawcy nie przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w związku z realizowanym projektem”.

Również w piśmie z dnia 10.06.2025 r. sygn. 0113-KDIPT1-1.4012.397.2025.1.JK w którym Dyrektor KIS w odpowiedzi na pytanie podatnika „Czy Powiatowi będzie przysługiwało prawo do odliczenia VAT naliczonego od wydatków związanych z Inwestycją, przy założeniu, że wyliczony prewspółczynnik (dla jednostki administrującej majątkiem Inwestycji), o którym mowa w art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, wyniesie mniej niż 2% i Powiat uzna na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 w zw. z art. 86 ust. 2g ustawy o VAT, że wynosi on 0%?”, uznając stanowisko podatnika za prawidłowe stwierdził, że „Jak wynika z okoliczności rozpatrywanej sprawy, wyliczona dla Państwa Starostwa proporcja nie przekracza 2%, na skutek czego możecie Państwo uznać na podstawie art. 86 ust. 2g w zw. z art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy, że proporcja ta wynosi 0%. Zatem w takiej sytuacji nie będą mieli Państwo prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków związanych z przedmiotowym projektem.”

Mimo, iż sprawa dotyczyła tzw. prewspółczynnika to stanowisko Dyrektora KIS ma zastosowanie również do proporcji, ponieważ dotyczy tego samego przepisu tj. art. 90 ust. 10 pkt 2) Ustawy VAT, który na podstawie art. 86 ust. 2g Ustawy VAT ma odpowiednie zastosowanie do tzw. Prewspółczynnika.

Dodatkowo należy również zauważyć, że zakupione w ramach Projektu towary i usługi zostaną wykorzystane do modernizacji i wykonania instalacji poprawiających efektywność energetyczną budynku, co ma wpływ na świadczenie usług zwolnionych tj. efekty tej modernizacji wpływają na działalność podstawową Instytutu jaką jest świadczenie usług w zakresie opieki medycznej, ale nie mają żadnego wpływu na świadczenie usług opodatkowanych Podatkiem VAT np. usług wynajmu pomieszczeń w budynku A i B pod automaty wydające napoje i przekąski. Oznacza to, że zakupione w ramach Projektu towaru i usługi zostaną wykorzystane wyłączenie do działalności zwolnionej, co skutkuje brakiem prawa odliczenia podatku naliczonego z tych faktur. Potwierdza to stanowisko Dyrektor KIS.

W interpretacji indywidualnej z dnia 6.06.2023 roku (nr 0111-KDIB3-1.4012.271.2023.2.MG), dotyczącej analogicznego stanu faktycznego czytamy „W omawianej sprawie warunki uprawniające do odliczenia podatku naliczonego wynikające z art. 86 ust. 1 ustawy nie będą spełnione, ponieważ nabyte przez Państwa towary i usługi w ramach realizowanego projektu nie będą wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, bowiem - jak wynika z Państwa wniosku - będą one wykorzystywane do czynności zwolnionych z opodatkowania podatkiem od towarów i usług, a efekty projektu będą służyć tylko i wyłącznie działalności zwolnionej z VAT. Zatem, zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy nie będą Państwo mieli prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w związku realizacją przedmiotowego projektu. Podobne stanowisko zajął Dyrektor KIS w interpretacji indywidualnej z dnia 27.09.2023 roku (nr 0114-KDIP4-3.4012.366.2023.1.KŁ).

Reasumując, należy stwierdzić , że w opisanym zdarzeniu przyszłym Instytut nie będzie miał możliwości odliczenia podatku naliczonego VAT z tytułu zakupu towarów i usług w ramach Projektu, ponieważ towary i usługi nabywane w ramach realizacji Projektu, a także jego efekty nie będą służyły do działalności opodatkowanej Podatkiem VAT, a Proporcja określona zostanie na poziomie 0%.

Ocena stanowiska

Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), – zwanej dalej „ustawą”:

Stosownie do art. 86 ust. 2 pkt 1 lit. a ustawy:

Z przywołanych wyżej przepisów wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).

Przedstawiona wyżej zasada wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

Ponadto należy zauważyć, że ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno tzw. przesłanek pozytywnych oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy o VAT. Ten ostatni przepis określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.

Jeden z nich wskazany został w art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy, zgodnie z którym:

Oznacza to, że podatnik nie może skorzystać z prawa do odliczenia w odniesieniu do podatku, który jest należny wyłącznie z tego względu, że został wykazany na fakturze w sytuacji, gdy transakcja nie podlega opodatkowaniu albo jest zwolniona od podatku.

Natomiast, na podstawie przepisu art. 88 ust. 4 ustawy:

Zgodnie z powyższą regulacją, z prawa do odliczenia podatku skorzystać mogą wyłącznie podatnicy, którzy są zarejestrowani jako podatnicy VAT czynni.

Na zakres prawa do odliczeń w sposób bezpośredni wpływa również pojmowanie statusu danego podmiotu jako podatnika podatku od towarów i usług wykonującego czynności opodatkowane. Tylko podatnik w rozumieniu art. 15 ustawy, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego. Co do zasady status podatnika związany jest z prowadzeniem przez dany podmiot działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy.

W myśl art. 15 ust. 1 ustawy:

Na podstawie art. 15 ust. 2 ustawy:

Cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji działalności gospodarczej, określonej w art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy. Mieszczą się tutaj również działania, czy sytuacje występujące w ramach działalności gospodarczej, jednakże niegenerujące opodatkowania podatkiem. Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy – przykładowo działalność podmiotu w charakterze organu władzy, czy nieodpłatna działalność statutowa. W celach działalności gospodarczej mieścić się będą również działania czy sytuacje występujące w ramach działalności gospodarczej („towarzyszące” tej działalności), niezależnie od tego czy ostatecznie bezpośrednio generują opodatkowanie VAT.

Wyrażoną w cytowanym powyżej art. 86 ust. 1 ustawy generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego, uzupełniają regulacje zawarte w art. 86 ust. 2a i następne ustawy.

Na mocy art. 86 ust. 2a ustawy:

Według art. 86 ust. 2b ustawy:

Natomiast według art. 86 ust. 2c ustawy:

Zgodnie z art. 86 ust. 2d ustawy:

Na podstawie art. 86 ust. 2g ustawy:

W myśl art. 86 ust. 2h ustawy:

Jak stanowi art. 86 ust. 22 ustawy:

Na podstawie delegacji ustawowej określonej ww. przepisem wydane zostało rozporządzenie Ministra Finansów z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 999), zwane dalej rozporządzeniem.

Na mocy § 1 rozporządzenia:

W rozporządzeniu tym zostali wskazani podatnicy, do których przepisy w nim zawarte się odnoszą. Są to: jednostki samorządu terytorialnego, samorządowe instytucje kultury, państwowe instytucje kultury, uczelnie publiczne, instytuty badawcze.

W świetle § 7 rozporządzenia:

Według § 2 pkt 4 rozporządzenia:

Stosownie do § 8 rozporządzenia:

Należy zauważyć, że powołany wyżej przepis art. 86 ust. 2a ustawy, wprost określa, co stanowi kwotę podatku naliczonego w przypadku nabycia towarów i usług, wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych. Zgodnie z tą normą, w przypadku nabycia towarów i usług, wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (z wyjątkiem wykorzystania na cele osobiste, do których może mieć zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy), w sytuacji gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej.

Z powołanych powyżej przepisów wynika, że w celu odliczenia podatku naliczonego, w pierwszej kolejności podatnik winien przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności, tj. działalności gospodarczej (opodatkowanej podatkiem VAT i zwolnionej od podatku) oraz działalności innej niż gospodarcza.

W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości, natomiast w przypadku wydatków związanych z działalnością inną niż gospodarcza lub zwolnionymi od podatku VAT prawo do odliczenia podatku naliczonego nie przysługuje w ogóle. Natomiast w przypadku, gdy wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, a przyporządkowanie ich do działalności gospodarczej nie jest możliwe podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy.

Ponadto należy zauważyć, że w przypadku wykonywania w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz zwolnionych od podatku, należy mieć na uwadze uregulowania zawarte w art. 90 ustawy. Powyższe przepisy stanowią uzupełnienie regulacji art. 86 ustawy.

Zgodnie z art. 90 ust. 1 ustawy:

Na mocy art. 90 ust. 2 ustawy:

Na podstawie art. 90 ust. 3 ustawy:

W myśl art. 90 ust. 4 ustawy:

Stosownie do art. 90 ust. 5 ustawy:

Według art. 90 ust. 6 ustawy:

Zgodnie z art. 90 ust. 8 ustawy:

W świetle art. 90 ust. 9 ustawy:

Jak stanowi art. 90 ust. 9a ustawy:

Na mocy art. 90 ust. 10 ustawy:

Analiza powołanych wyżej przepisów wskazuje, że na podstawie art. 90 ust. 1 ustawy, występuje obowiązek wyodrębnienia podatku naliczonego związanego z czynnościami, w stosunku do których przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego oraz kwot podatku naliczonego związanego z czynnościami, w związku z którymi takie prawo nie przysługuje.

Należy podkreślić, że przepisy dotyczące zasad odliczania częściowego, zawarte w art. 90 ustawy, znajdują zastosowanie wyłącznie w odniesieniu do czynności wykonywanych w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy. Zatem dotyczą czynności podlegających opodatkowaniu (opodatkowanych i zwolnionych).

Na zakres prawa do odliczeń w sposób bezpośredni wpływa również pojmowanie statusu danego podmiotu jako podatnika podatku od towarów i usług wykonującego czynności opodatkowane. Tylko podatnik w rozumieniu art. 15 ustawy, ma prawo do odliczenia podatku naliczonego. Co do zasady status podatnika związany jest z prowadzeniem przez dany podmiot działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy.

Z okoliczności sprawy wynika, że jesteście Państwo Instytutem utworzonym na podstawie rozporządzenia Rady Ministrów z dnia (...). Instytut „…” jest państwową jednostką organizacyjną, wyodrębnioną pod względem prawnym, organizacyjnym i ekonomiczno-finansowym.

Przedmiotem Państwa działania jest m.in. prowadzenie badań naukowych i prac rozwojowych, wdrożeniowych, szkoleń podyplomowych, uczestniczenie w systemie ochrony zdrowia ukierunkowanym na potrzeby opieki zdrowotnej. Mogą Państwo również prowadzić:

• kształcenie w szkole doktorskiej i na studiach podyplomowych, związane z prowadzonymi przez Instytut badaniami naukowymi i pracami rozwojowymi,
• inne formy kształcenia - na zasadach określonych w ustawie z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce (Dz. U. poz. 1668).

Jesteście Państwo podmiotem leczniczym, w rozumieniu art. 4 ust. 1 ustawy z 15 kwietnia 2011 r. o działalności leczniczej. Głównym obszarem Państwa działalności jest świadczenie usług w zakresie ochrony zdrowia. Jesteście Państwo czynnym podatnikiem podatku od towarów i usług (dalej „Podatek VAT”), o którym mowa w art. 15 ustawy. Świadczone przez Państwa usługi w zakresie opieki medycznej, stanowią podstawowy i dominujący zakres prowadzonej działalności. Usługi te podlegają zwolnieniu od podatku VAT na podstawie art. 43. ust. 1 pkt 18 ustawy.

Poza działalnością podstawową w zakresie świadczeń zdrowotnych zwolnionych z podatku VAT, świadczą Państwo usługi podlegające opodatkowaniu podatkiem VAT na zasadach ogólnych, w szczególności wynajmują powierzchnię użytkową w niektórych należących do Państwa budynkach na cele związane z działalnością gastronomiczną (bary), a także paczkomaty i automaty do wydawania napojów i przekąsek oraz wynajmuje basen i świadczy usługi parkingowe. Świadczą Państwo również usługi w zakresie badań klinicznych oraz usługi krótkotrwałego zakwaterowania. Udział sprzedaży opodatkowanej w sprzedaży ogółem jest marginalny. Prowadzą Państwo również działalność badawczo-rozwojową w obszarze badań naukowych i prac rozwojowych, która nie spełnia przesłanek definicji działalności gospodarczej, o której mowa w art. 15 ust. 2 ustawy oraz która nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT.

Podali Państwo, że w budynku A (Szpital …) oraz budynku B (Szpital …) objętych wnioskiem, w których realizowany jest projekt pn. „…” prowadzona jest zarówno działalność zwolniona z podatku VAT, działalność opodatkowana podatkiem VAT (m.in. w zakresie najmu) oraz działalność badawczo-rozwojowa, która nie spełnia przesłanek działalności gospodarczej oraz nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT. Ze względu na prowadzenie przez Państwa badań naukowych i prac rozwojowych, które nie spełniają przesłanek definicji działalności gospodarczej określonej w art. 15 ust. 2 ustawy, w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, są Państwo zobowiązani do stosowania proporcji o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy (dalej „Prewspółczynnik”). Prewspółczynnik został obliczony na podstawie rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17.12.2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (dalej „Rozporządzenie”) i został ustalony na poziomie przekraczającym 99%. Zgodnie z art. 86 ust. 2g ustawy prewspółczynnik zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej co oznacza, że prewspółczynnik wynosi 100%.

Ze względu na strukturę sprzedaży opartej w zdecydowanej większości na świadczeniu usług zwolnionych z podatku VAT, stosują Państwo odliczenie częściowe podatku naliczonego na podstawie proporcji sprzedaży, o której mowa w art. 90 ust. 1-6 ustawy (dalej „Proporcja”). Proporcja w rozumieniu art. 90 ust. 3 ustawy nie przekracza 2%. Zgodnie z art. 90 ust. 4 ustawy, proporcję zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej co oznacza, iż proporcja wynosi 2%. Na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy, w przypadku gdy proporcja nie przekroczyła 2% - podatnik ma prawo uznać, że proporcja ta wynosi 0%. Korzystają Państwo z tego prawa i uznają, że Proporcja wynosi 0%. Oznacza to, że stosują Państwo Proporcję na poziomie 0% i w efekcie nie mają Państwo prawa do obniżenia podatku należnego VAT o podatek naliczony.

W ramach Projektu planowane jest przeprowadzenie następujących zadań:

• instalacja pomp ciepła,
• modernizacja węzłów cieplnych,
• montaż instalacji fotowoltaicznej,
• modernizacja oświetlenia – wymiana na LED,
• instalacja ciepłociągów od jednostek zewnętrznych pomp ciepła do węzłów w budynkach A i B,
• instalacja magazynów energii,
• instalacja systemu BMS,
• montaż agregatów chłodniczych z montażem rurociągów (tylko budynek B).

Będą Państwo wskazani jako nabywca na fakturach dokumentujących zakupy związane z realizacją Projektu.

Państwa wątpliwości dotyczą możliwości odliczenia (w tym w części) podatku naliczonego VAT w związku z realizacją Projektu przy założeniu, że w obu budynkach tj. budynku A i budynku B będzie prowadzona działalność zwolniona z podatku VAT, działalność opodatkowana podatkiem VAT oraz działalność badawczo-rozwojowa niepodlegająca opodatkowaniu podatkiem VAT, Prewspołczynnik po zaokrągleniu wyniesie 100%, a wyliczona Proporcja, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy, wyniesie mniej niż 2% i uznają Państwo, na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy, że Proporcja wynosi 0%.

Jak wyżej wskazano, odliczyć można w całości podatek naliczony, który jest związany z czynnościami opodatkowanymi podatnika. Wskazana zasada wyłącza tym samym możliwość dokonywania odliczeń podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są w ogóle wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystywania do czynności zwolnionych od podatku lub niepodlegających opodatkowaniu VAT. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.

Podatnik w celu odliczenia podatku naliczonego, w pierwszej kolejności ma obowiązek odrębnego określenia, z jakim rodzajem działalności będzie związany podatek wynikający z otrzymanych faktur zakupu, czyli dokonania tzw. bezpośredniej alokacji.

Jeżeli takie wyodrębnienie jest możliwe, podatnikowi, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy przysługuje pełne prawo do odliczenia podatku naliczonego przy nabyciu towarów i usług związanych wyłącznie z czynnościami opodatkowanymi wykonywanymi w ramach działalności gospodarczej, brak jest natomiast takiego prawa w stosunku do podatku naliczonego związanego z zakupem towarów i usług wykorzystywanych wyłącznie do wykonywania czynności zwolnionych z opodatkowania oraz niepodlegających temu podatkowi.

Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy. W przypadku wykonywania w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowanych podatkiem od towarów i usług oraz zwolnionych od podatku, należy mieć na uwadze uregulowania zawarte w art. 90 ustawy. Powyższe przepisy stanowią uzupełnienie regulacji art. 86 ustawy.

Odnosząc się do Państwa wątpliwości i nabywanych w ramach realizacji Projektu towarów i usług, dla których nie są Państwo w stanie wyodrębnić kwot podatku naliczonego w zakresie, w jakim służą one do wykonywania w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowanych podatkiem VAT i zwolnionych od podatku VAT jak również co celów innych niż działalność gospodarcza (czynności niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT), przysługuje Państwu prawo do odliczenia podatku naliczonego zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, o którym mowa w art. 86 ust. 2a i nast. ustawy z uwzględnieniem § 7 rozporządzenia.

Następnie biorąc pod uwagę, że nabywane towary i usługi wykorzystywane będą w ramach działalności zarówno do czynności opodatkowanych, jak i do czynności zwolnionych od podatku, w zakresie, w jakim nie będą Państwo w stanie dokonać bezpośredniej alokacji podatku do czynności opodatkowanych i zwolnionych od podatku, powinni Państwo dokonać odliczenia podatku naliczonego w oparciu o zasady wskazane w art. 90 ust. 2 i następne ustawy. Prawo to będzie przysługiwało pod warunkiem niewystąpienia przesłanek negatywnych wymienionych w art. 88 ustawy.

Zauważyć jednocześnie należy, że w sytuacji, gdy proporcja wyliczona przez Państwa zgodnie z art. 90 ust. 2-8 ustawy nie przekroczy 2%, to na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy, będą mieli Państwo prawo uznać, że proporcja ta wynosi 0% i nie dokonywać odliczeń podatku naliczonego.

Nie oznacza to jednak, że wskaźnik poniżej 2% pozbawia Państwa prawa do odliczenia podatku naliczonego z zastosowaniem wyliczonej proporcji – w takiej sytuacji będą mieli Państwo prawo wyboru, czy będą Państwo dokonywać odliczenia w oparciu o wyliczoną proporcję, czy też zrezygnują z tego prawa i nie będą odliczać podatku naliczonego.

Jak podano w opisie sprawy – skoro proporcja nie przekroczyła 2%, to uznają Państwo, że proporcja ta wynosi 0% zgodnie z art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy i rezygnują Państwo z odliczenia podatku naliczonego z zastosowaniem wyliczonej proporcji.

W związku z powyższym, w sytuacji gdy w obu budynkach objętych realizowanym projektem tj. budynku A i budynku B będzie prowadzona działalność zwolniona z podatku VAT, działalność opodatkowana podatkiem VAT oraz działalność badawczo-rozwojowa niepodlegająca opodatkowaniu podatkiem VAT i jak Państwo wskazali - Prewspołczynnik po zaokrągleniu wyniesie 100%, a wyliczona Proporcja, o której mowa w art. 90 ust. 3 ustawy, wyniesie mniej niż 2% i uznają Państwo, na podstawie art. 90 ust. 10 pkt 2 ustawy, że Proporcja wynosi 0% to uznać należy, że nie będą mieli Państwo prawa do odliczenia podatku naliczonego od wydatków poniesionych na realizację Projektu pn. „…”.

W związku z powyższym Państwa stanowisko jest prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.

Informuję, że wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem wniosku (zapytania). Inne kwestie przedstawione we wniosku, które nie zostały objęte pytaniem nie mogą być – zgodnie z art. 14b § 1 ustawy Ordynacja podatkowa – rozpatrzone.

Zgodnie z art. 14b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego. Organ jest ściśle związany przedstawionym we wniosku stanem faktycznym (opisem zdarzenia przyszłego). Ponoszą Państwo ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu sprawy. Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, o ile rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem zdarzenia przyszłego podanym przez Państwa w złożonym wniosku. Zatem okoliczność, że towary i usługi zakupione w ramach Projektu dotyczące budynku A (Szpital …) oraz budynku B (Szpital …), w których prowadzona jest zarówno działalność zwolniona z podatku VAT, działalność opodatkowana Podatkiem VAT (m.in. w zakresie najmu) oraz działalność badawczo-rozwojowa, która nie spełnia przesłanek działalności gospodarczej oraz nie podlega opodatkowaniu podatkiem VAT, przyjęto jako element opisu sprawy. Przy czym Organ nie dokonywał oceny przyporządkowania wykonywanych przez Państwa czynności, w tym wytwarzania energii elektrycznej, do poszczególnych kategorii czynności, tj. opodatkowanych podatkiem VAT, zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających opodatkowaniu podatkiem VAT. Także okoliczność, że podana przez Państwa Proporcja nie przekracza 2%, przyjęto jako element opisu sprawy i nie dokonywano oceny prawidłowości tych wyliczeń. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, wydana interpretacja traci swoją aktualność. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, wydana interpretacja traci swoją aktualność.

Jednocześnie podkreślam, że niniejsza interpretacja została wydana na podstawie przedstawionego we wniosku opisu sprawy co oznacza, że w przypadku gdy w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej zostanie określony odmienny stan sprawy, interpretacja nie wywoła w tym zakresie skutków prawnych.

Zaznaczam, że pojęcie „kosztu kwalifikowalnego” nie jest pojęciem podatkowym i organy podatkowe nie są właściwe do rozstrzygania wątpliwości podatników w zakresie możliwości zaliczania wartości podatku od towarów i usług do kosztów kwalifikowalnych. Kwestię tę rozstrzygają przepisy regulujące zasady korzystania ze środków pomocowych. Zasady i przepisy podatkowe przywołane w uzasadnieniu interpretacji mogą jedynie pomóc Państwu ocenić, czy podatek VAT w tej sytuacji powinien być kosztem kwalifikowalnym. W związku z powyższym nie zajęto stanowiska w tej sprawie.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

• Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 111 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem sprawy i zastosują się Państwo do interpretacji.
• Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

• Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w … . Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2024 r. poz. 935 ze zm.; dalej jako „PPSA”).

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

• w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo
• w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.