Czy przedsiębiorca JDG powinien wystawić fakturę za konsultacje i przeniesienie praw autorskich po sprzedaży udziałów w spółce z o.o.

PROBLEM

Przedsiębiorca prowadzący JDG (informatyk/programista) jest również wspólnikiem spółki z o.o. Jako wspólnik spółki z o.o. napisał program, którego właścicielem jest spółka. Ten przedsiębiorca postanowił sprzedać swoje udziały w tej spółce z o.o. za taką sama kwotę jaką kupił. Sporządzono odpowiednią umowę. W odrębnej umowie, w której występuje już jako przedsiębiorca jest zapis, że dodatkowym wynagrodzeniem w kwocie 5000 zł jest przekazanie praw autorskich do tego programu wraz z konsultacją techniczną przez okres pół roku. Po pół roku przedsiębiorca wystawił fakturę ze te konsultacje i przekazanie praw do tego programu. Czy na tę kwotę należy wystawić fakturę z jego JDG na spółkę? A może należy podwyższyć sprzedaż udziałów o kwotę 5000 zł i rozliczyć ten przychód zeznaniem PIT-39? Co zrobić z podatkiem VAT w przypadku rozliczenia PIT-39?