Wyrok WSA w Gdańsku z dnia 12 maja 2026 r., sygn. I SA/Gd 117/26

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Marek Kraus, Sędziowie Sędzia NSA Sławomir Kozik (spr.), Sędzia NSA Alicja Stępień, Protokolant Starszy sekretarz sądowy Agnieszka Szczepkowska, po rozpoznaniu w Wydziale I na rozprawie w dniu 12 maja 2026 r. sprawy ze skargi P. Spółka z o.o. SKA z siedzibą w G. na decyzję Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku z dnia 8 grudnia 2025 r., nr 2201-IOV-1.4103.113.2025/10/06, 2201-IOV-1.4103.114.2025/10/06 w przedmiocie podatku od towarów i usług za kwiecień 2020 r. 1. uchyla zaskarżoną decyzję, 2. zasądza od Dyrektora Izby Administracji Skarbowej w Gdańsku na rzecz strony skarżącej kwotę 7.417 (siedem tysięcy czterysta siedemnaście) złotych tytułem zwrotu kosztów postępowania.

Uzasadnienie

P. Sp. z o.o. S.K.A (dalej: Spółka lub Skarżąca) w deklaracji VAT-7 za kwiecień 2020 r. (korekta złożona 7 grudnia 2021 r.), wykazała nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym do zwrotu na rachunek podatnika 2.057.833 zł.

Po przeprowadzeniu kontroli celno-skarbowej, w której stwierdzono nieprawidłowości w zakresie przestrzegania przepisów prawa podatkowego postanowieniem z 17 września 2024 r. Naczelnik Pomorskiego Urzędu Celno-Skarbowego w Gdyni (dalej: Naczelnik) przekształcił ją w postępowanie podatkowe w zakresie prawidłowości rozliczenia podatku od towarów i usług za kwiecień 2020 r. Następnie 5 czerwca 2025 r. wydał dwie decyzje:

1) nr 328000-CKK2-8.4103.13.1.2024.67, w której dokonał rozliczenia podatku od towarów i usług za kwiecień 2020 r. w sposób odmienny niż to wykazała Spółka w deklaracji VAT-7 za ten miesiąc. Organ pierwszej instancji stwierdził nieprawidłowości występujące po stronie podatku naliczonego. Spółka odliczyła podatek wynikającego z faktury z 19 lutego 2020 r. i korekty z 18 marca 2020 r. wystawionych przez A. Sp. z o.o. (na łączną wartość netto nabycia 2.856.050 zł i podatku naliczonego 656.891,50 zł), które dokumentowały nabycie przez Spółkę działek zakupionych na podstawie aktu notarialnego Rep. [...] z 19 lutego 2020 r., tj.: działki nr [...] obszaru 0,2942 ha i nr [...] obszaru 0,0349 ha, objętej księgą wieczystą nr [...], prawa własności nieruchomości stanowiącej działki nr [...] obszaru 0,1836 ha i nr [...] obszaru 0,0530 ha, objętej księgą wieczystą nr [...], co do których tej umowie sprzedaży stwierdzono, że zgodnie z ustaleniami miejscowego planu zagospodarowania przestrzennego działki [...] położone są na terenie mieszkaniowym zaś działki nr [...] stanowią zieleń. Stanowiło to podstawę do uznania przez Naczelnika, że sprzedaż działek o nr [...] podlegała opodatkowaniu podatkiem VAT, natomiast sprzedaż działek o nr [...] korzystała ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem VAT. Organ I instancji ponadto stwierdził, iż korekta faktury z 18 marca 2020 r. nie odzwierciedla prawidłowego określenia wartości poszczególnych działek, bowiem wskazuje ona nieobiektywne wyliczenie. Wyliczenie podstawy opodatkowania poszczególnych działek, tj. części opodatkowanej oraz części zwolnionej od podatku VAT winno być dokonane według tzw. klucza powierzchniowego, co oznacza, że Spółka zawyżyła podatek naliczony o kwotę 93.532,39 zł (103.640,89 zł - 10.108,50 zł), naruszając art. 88 ust. 3a pkt 2 ustawy o VAT.