Uznanie reklamacji ilościowej towaru w imporcie

Firma importuje z zagranicy towary spożywcze. W kwietniu, po rozpakowaniu towaru w magazynie, stwierdzono braki ilościowe. Zostały one zgłoszone sprzedawcy, który je uznał i wystawił notę kredytową na niedobory towaru. Urząd celny odmówił skorygowania dokumentu SAD na podstawie protokołu reklamacji. Jak należy postąpić z naliczonym VAT, wykazanym w dokumencie SAD?