Jak opodatkować zaliczkę otrzymaną na poczet inwestycji

Jesteśmy Sp. z o.o. X. Zamierzamy podpisać umowę o współpracy na działalność inwestycyjną (jako inwestor zastępczy). Kontrahentem jest Y, także Sp. z o.o. Ma nam ona przelać na rachunek bankowy zaliczkę na wykonanie robót. Byłyby to usługi budowlane (budowa fabryki). Czyli - zaliczka na poczet inwestycji. Firmy te, aby ominąć koszty ubezpieczenia na wykonanie prac, podjęły decyzję, aby w przypadku wypłaty zaliczki dla wykonawców (wykonawcy będą wystawiali faktury dla Spółki X) były potrzebne podpisy obydwóch spółek - X i Y. Jak rozliczyć VAT od tych zaliczek?