Jak obciążyć odpowiedzialnego materialnie pracownika za stwierdzone niedobory

Mamy obciążyć pracownika za niedobory materiałów w magazynie po rozliczeniu inwentaryzacji. Takie rozliczenie powstałych niedoborów magazynowych wynika z umowy zawartej z pracownikiem. Czy na fakturze powinniśmy naliczyć VAT i na jakiej podstawie?