Wyrok WSA w Warszawie z dnia 25 września 2009 r., sygn. III SA/Wa 193/09
Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie w składzie następującym: Przewodniczący Sędzia WSA Jarosław Trelka, Sędziowie Sędzia WSA Jerzy Płusa (sprawozdawca), Sędzia WSA Anna Wesołowska, Protokolant Ewa Chojnacka, po rozpoznaniu na rozprawie w dniu 25 września 2009 r. sprawy ze skargi B. sp. z o.o. z siedzibą w W. na decyzję Dyrektora Izby Celnej w W. z dnia [...] listopada 2008 r. nr [...] w przedmiocie określenia prawidłowej wysokości zobowiązania w podatku od towarów i usług oddala skargę
Uzasadnienie
Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. decyzją z dnia [...] grudnia 2005 r. określił B. sp. z o.o. w W. - zwanej dalej "Skarżącą", podatek od towarów i usług z tytułu importu towarów (farmaceutyków), ujętego w zgłoszeniu celnym z dnia [...] października 2000 r. Określona kwota zobowiązania była niższa niż zadeklarowana przez Skarżącą w zgłoszeniu celnym.
Organ wyjaśnił, że w toku kontroli przeprowadzonej w siedzibie Skarżącej ujawniono wystawiane przez eksporterów noty kredytowe zmniejszające wartość sprowadzanych farmaceutyków. W związku z tym, Naczelnik Urzędu Celnego [...] w W. decyzją z dnia [...] maja 2003 r. zakwestionował wartość celną dopuszczonych do obrotu towarów, wykazaną przez Skarżącą w ww. zgłoszeniu celnym. Decyzja ta została utrzymana w mocy przez Dyrektora Izby Celnej w W., a wniesiona przez Skarżącą skarga prawomocnie oddalona przez Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie oraz Naczelny Sąd Administracyjny.
Naczelnik Urzędu Celnego stwierdził, że od dnia 1 września 2003 r., w związku ze zmianami ustawy z dnia 8 stycznia 1993 r. o podatku od towarów i usług oraz o podatku akcyzowym (Dz. U. Nr 11, poz. 50, z poźn. zm.), powoływanej dalej jako "u.p.t.u. z 1993 r.", wprowadzonymi ustawą z dnia 27 czerwca 2003 r. o utworzeniu Wojewódzkich Kolegiów Skarbowych oraz o zmianie niektórych ustaw regulujących zadania i kompetencje organów oraz organizację jednostek organizacyjnych podległych ministrowi właściwemu do spraw finansów publicznych (Dz. U. Nr 137, poz. 1302), organ celny uzyskał uprawnienie do określania kwoty podatku od towarów i usług z tytułu importu.

