Czy urząd skarbowy może odmówić zwrotu VAT w związku z przekroczeniem limitu zwolnienia podmiotowego

Firma 20 kwietnia 2004 r. zarejestrowała się jako podatnik VAT. Wcześniej była zwolniona ze względu na nieprzekroczenie kwoty uprawniającej do zwolnienia. Remanent złożony ze wszystkimi dokumentami w urzędzie skarbowym był sporządzony 27 kwietnia 2004 r. po zakończeniu sprzedaży. Wobec tego urząd skarbowy odmówił w całości zwrotu VAT od remanentu. Do dzisiaj nie mam decyzji na piśmie. Czy w tej sytuacji można coś zrobić? Na co powołać się w odwołaniu od decyzji, gdy ją otrzymam?