Czy należy płacić podatek wykazany w protokole kontroli, gdy podatnik kwestionuje wynik kontroli

Urząd skarbowy przeprowadził u mnie kontrolę podatkową. W protokole po kontroli wykazano nieprawidłowości w podatku VAT. Wniosłem uwagi i zastrzeżenia do protokołu, ale inspektorzy nie uwzględnili moich argumentów. Chciałbym mieć możliwość odwołania, a już dokonałem zapłaty przed decyzją.