Jak opodatkować sprzedaż budynków wraz z gruntem

Spółka z o.o. zakupiła działkę wraz z zabudowaniami: jeden budynek mieszkalny oraz dwa budynki gospodarcze. W akcie notarialnym nie oddzielono ceny gruntu od ceny zabudowań. Budynek mieszkalny był przeznaczony do remontu. W księgach spółki nieruchomość ta została ujęta jako środki trwałe w budowie. W tym czasie poniesiono nakłady na remont (faktury VAT). Remontu nie zakończono, a spółka postanowiła sprzedać całą nieruchomość. Jak należy opodatkować taką sprzedaż? Czy oddzielnie należy wycenić i opodatkować grunt, a oddzielnie budynki? Jakimi stawkami VAT? Czy należy wystawić fakturę VAT czy sporządzić akt notarialny?