Czy sprzedaż budynku będzie zwolniona z VAT

Planuję sprzedać nieruchomość, którą nabyłam w styczniu 1999 r. jako osoba fizyczna i którą również w 1999 r. wciągnęłam na stan środków trwałych mojej jednoosobowej działalności gospodarczej. Prowadzę piekarnię, jestem czynnym podatnikiem VAT i moja sprzedaż jest wyłącznie opodatkowana. W kolejnych latach dokonywałam modernizacji tej nieruchomości, odliczałam VAT i dokonywałam zwiększenia wartości budynku. Ostatnia modernizacja miała miejsce w 2007 r., odliczony został VAT, wartość nakładów stanowiła ok. 39% wartości nieruchomości, jednak nie dokonano rozliczenia inwestycji i podniesienia wartości budynku (księgowa zapomniała). Czy mogę sprzedać budynek, który cały czas użytkuję ze stawką zw? Czy fakt nierozliczenia nakładów inwestycyjnych może być problemem, tym bardziej że minęło pełne 17 lat? Budynek został w pełni zamortyzowany.