Czy przysługuje prawo do odliczenia podatku naliczonego

Spółka z o.o. tankuje paliwo na tzw. "karty paliwowe". Każda karta dotyczy innego pojazdu, na koniec miesiąca sprzedawca wystawia fakturę zbiorczą i dopiero na jej podstawie jest dokonywana płatność. Okazało się, że jedna z kart została zduplikowana przez pracownika i na zestawieniu szczegółowym pojawiły się tankowania dopisane do danego pojazdu, ale co 15 minut i to na różne rodzaje paliwa. Łączna kwota "dodatkowego" paliwa opiewa na kwotę ok. 3000,00 zł. Przedmiotowy samochód jest samochodem osobowym, a więc firmie przysługuje odliczenie 50% VAT. Dodatkowo spółka jest rozliczana tzw. CIT estońskim. Oczywiście sprawa została zgłoszona do prokuratury. Czy spółka ma prawo odliczyć 50% VAT od tego paliwa?