Stawka VAT od usługi transportowej w imporcie towaru

Firma importuje części zamienne z Niemiec (dostawcą jest nierezydent), które następnie są sprzedawane podmiotom polskim. Sprzedający opłaca koszty transportu do określonej miejscowości w Polsce. Koszty te są wyszczególnione jako oddzielna pozycja na rachunku za części zamienne wystawianym przez firmę niemiecką. Od całej kwoty, włącznie z transportem, w dokumencie celnym naliczany jest VAT. Zdarza się też, że rachunek za transport zostaje wystawiony z datą późniejszą niż odprawa celna. W związku z tym koszty transportu nie zostają uwzględnione w podstawie opodatkowania VAT w dokumencie SAD, czyli VAT zostaje zaniżony. Agencja celna nie wyraża zgody na korektę dokumentu SAD, twierdząc, że musi mieć dowód zapłaty za całą transakcję. Firma nie posiada dowodu zapłaty, gdyż zapłata jest realizowana poprzez kompensatę. W jaki sposób należałoby skorygować VAT od importu towarów (usług transportowych)? Czy w obu przypadkach mamy do czynienia z importem usług i jaką stawką należy opodatkować usługi transportowe w poszczególnych przypadkach?