Jak ewidencjonować niedobory zawinione w sklepie

Podczas remanentu w sklepie w 2002 r. zostały stwierdzone niedobory na znaczną kwotę, do których przyznał się kierownik sklepu wykonujący tam usługi handlowe na podstawie umowy o współpracy (prowadził własną firmę i wystawiał faktury za usługi handlowe). Po sporządzeniu protokołu z remanentu potwierdził on powstałe braki i zobowiązał się na piśmie do spłacenia ich wartości w ratach w ciągu 6 miesięcy. Niestety, nie wywiązał się z tego zobowiązania. Sprawa została skierowana na drogę postępowania sądowego. W 2004 r. sąd wydał nakaz zapłaty dochodzonego długu, jednak wyrok ten nie jest prawomocny, a dłużnik zapowiedział, że będzie się odwoływał. Proszę o poradę, co należy zrobić z towarem, który jest na stanie magazynowym w księgowości, a faktycznie go nie ma. Towar ten prawdopodobnie został wyniesiony przez tę osobę i sprzedany poza sklepem, a gotówka nigdy nie trafiła do kasy. Kiedy wartość tego towaru można zaliczyć do kosztów uzyskania przychodu w przypadku, gdy dług nie zostanie spłacony, i co należy zrobić z podatkiem VAT, który został odliczony od tych towarów w miesiącu ich zakupu?