Jak ustalić wartość początkową zmodernizowanego magazynu

Jako spółka cywilna kupiliśmy magazyn. Zmodernizowaliśmy go. Niestety, duża część prac została wykonana systemem gospodarczym. Na materiały i elementy (np. drzwi, okna) wykorzystane do modernizacji mamy faktury. Natomiast wartość prac wykonanych systemem gospodarczym ze względu na brak udokumentowania fakturami bądź rachunkami na potrzeby amortyzacji ustalono przy pomocy biegłego. Czy jest to prawidłowe postępowanie?