Czy wybór opodatkowania sprzedaży budynku po otrzymaniu zaliczki skutkuje obowiązkiem jej opodatkowania

Sprzedajemy firmowy budynek. Umowa przedwstępna została podpisana w listopadzie 2011 r. i klient wpłacił 30% zaliczkę. Ponieważ jest to budynek po pierwszym zasiedleniu i od tego czasu minęły dwa lata, zastosowaliśmy zwolnienie. We wrześniu podpisaliśmy ostateczną umowę, a budynek wydamy do końca października. Jednak zgodziliśmy się z propozycją klienta i wybraliśmy opodatkowanie sprzedaży. Złożyliśmy oświadczenie do urzędu. Co w takim przypadku z zaliczką? Czy ją też powinniśmy opodatkować? Czy możemy stosować przepisy, które mówią o zmianie stawki VAT, gdy wcześniej pobrano zaliczkę?