Jak obciążyć klienta kosztami poniesionymi z jego winy

Nasza spółka kupiła opakowania od kontrahenta spoza UE. Otrzymała SAD-y importowe, w których zostało naliczone cło oraz VAT. Pojemniki te będą wykorzystywane do wysyłki towarów do naszego klienta. W związku z tym, że to z winy klienta spółka musiała sprowadzić pojemniki spoza EU i zapłacić cło, klient zobowiązał się pokryć równowartość zapłaconego cła. Czy spółka powinna zafakturować wartość cła na podstawie noty obciążeniowej bez VAT, czy wystawić fakturę VAT? Jeżeli fakturę VAT, to jakie będą zasady ujęcia jej w rejestrze VAT (chodzi o kurs, moment powstania obowiązku podatkowego itp.).