Jak rozliczać godziny nadliczbowe pracowników tymczasowych?

Pracownik tymczasowy wykonywał w naszej firmie pracę w okresie od 1 sierpnia do 4 października ub. roku. Pracował w równoważnym systemie czasu pracy, ale zawsze udzielaliśmy mu czasu wolnego w zamian za pracę w przedłużonym dobowym wymiarze. Tymczasem agencja pracy tymczasowej, która go przysłała, zafakturowała nam dodatkowo wynagrodzenie za pracę tego pracownika w godzinach nadliczbowych przekraczających przeciętną tygodniową normę czasu pracy (za 12 godzin). Czy agencja mogła dokonać takiego ustalenia, skoro pracownik tymczasowy nie przepracował okresu rozliczeniowego obowiązującego w naszej firmie (trzy miesiące)?