Opodatkowanie wynagrodzenia osób zatrudnionych przy realizacji programu finansowanego ze środków UE

Gmina realizuje program finansowany z funduszy europejskich. Bezpośrednio realizują go zatrudnieni przez gminę specjaliści. Część z nich to etatowi pracownicy urzędu, a część została dodatkowo zatrudniona na podstawie umów cywilnoprawnych (zlecenia i o dzieło). Ich wynagrodzenia zostały ujęte w kosztach projektu i jako takie były w znacznej części refundowane. Czy w związku z tym pensje tych osób powinny korzystać ze zwolnienia, o którym mowa w art. 21 ust. 1 pkt 46 ustawy o podatku dochodowym od osób fizycznych?