Ewidencja księgowa najmu lokali a centralizacja VAT

Jednostka budżetowa do stycznia 2017 r. objęta jest centralizacją VAT. W rejestrze rachunku dochodów własnych widnieje sprzedaż usług (wynajem pomieszczeń) ze stawką 23% (200 zł netto miesięcznie). Pozostała działalność to działalność statutowa zwolniona lub niepodlegająca opodatkowaniu VAT. W tej sytuacji występuje VAT należny. Wszystkie media, które dotyczą tego wynajmu, są płacone z działalności podstawowej, czyli z budżetu (VAT naliczony w budżecie). W tej sytuacji wysyłam dwie deklaracje JPK: na RDW mam VAT należny, a na deklaracji z budżetu VAT naliczony. Czy takie działanie jest prawidłowe? Jakie księgowania należy wykonać w dzienniku RDW, a jakie w dzienniku RBJ?