Jaka cena jest uzgodniona, jeżeli strony w umowie zawartej w trybie zamówień publicznych określiły cenę netto i brutto

Z ustawy - Prawo zamówień publicznych wynika, że ilekroć w tej ustawie jest mowa o cenie, to należy przez to rozumieć cenę w myśl art. 3 ust. 1 pkt 1 ustawy o cenach. Jak w takim razie ocenić sytuację, w której wykonawca wygrał przetarg w trybie zamówień publicznych, ale w zawartej umowie ma określoną cenę netto, stawkę VAT i cenę brutto? Umowy zawarte w trybie zamówień publicznych to umowy cywilnoprawne i ich treść podlega ocenie na podstawie prawa cywilnego, a nie na podstawie Prawa zamówień publicznych. Czy na podstawie takiej umowy wykonawca może wystawić teraz fakturę, licząc VAT od kwoty netto wskazanej w umowie (i uwzględniając podwyżkę VAT)? W sposób oczywisty podwyższy to cenę brutto. Zamawiający twierdzi, że jego obowiązuje cena brutto i wykonawca powinien wystawić fakturę, licząc należność od ceny brutto. Zamawiający uważa też, że może podwyższyć cenę brutto o podwyżkę VAT, ale dopiero po podpisaniu aneksu do umowy. Jak należy postąpić w tej sytuacji?