Jak opodatkować czynności wchodzące w skład usługi transportowej

Jesteśmy firmą transportową. Na zlecenie naszych kontrahentów przewozimy towary w Polsce. W podpisywanych przez nas umowach odrębnie określane są koszty paliwa, przestojów, parkingów, noclegów kierowców. Jakimi stawkami powinniśmy opodatkować te czynności? Czy każdą z nich możemy opodatkować odrębną stawką?