Jak zaewidencjonować sprzedaż z ujemną marżą

Jak zaewidencjonować ujemną marżę? Prowadzę komis samochodów. Ostatnio sprzedałem auto poniżej ceny zakupu. Zakup nastąpił na podstawie umowy sprzedaży. Wiem, jak postąpić, jeśli chodzi o podatkową księgę przychodów i rozchodów, ale mam wątpliwości co do VAT. Zawsze księguję marżę, ale tym razem wyszła ujemna. Czy pomijam taką fakturę?