Czy po wystawieniu faktury pro forma konieczne jest wystawienie faktury zaliczkowej dokumentującej otrzymaną zaliczkę

W marcu 2012 r. spółka wystawiła dla kontrahenta fakturę pro forma, na podstawie której kontrahent wpłacił zaliczkę. Niestety, na dokonaną wpłatę nie została wystawiona faktura zaliczkowa. Czy spółka musi jeszcze wystawić taką fakturę (zlecenie nie zostało zamknięte), czy może zaksięgować zobowiązanie wobec urzędu skarbowego na podstawie faktury pro forma?