Interpretacja indywidualna z dnia 3 czerwca 2026 r., Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, sygn. 0113-KDIPT1-1.4012.202.2026.2.AK
Świadczenie odpłatne usług w zakresie infrastruktury instytutu stanowi działalność gospodarczą podlegającą VAT, niemniej prawo do częściowego odliczenia VAT od wydatków inwestycyjnych powinno być naliczane według proporcji wskazanej w Rozporządzeniu Ministra Finansów, obejmującej obroty oraz subwencje, a nie według prewspółczynnika godzinowego.
Interpretacja indywidualna –
stanowisko w części prawidłowe i w części nieprawidłowe
Szanowni Państwo,
stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zdarzenia przyszłego w podatku od towarów i usług jest:
- prawidłowe - w zakresie uznania czynności udostępniania Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych za działalność gospodarczą instytutu i uznania ww. czynności za czynności podlegające opodatkowaniu VAT, niekorzystające ze zwolnienia z VAT,
- nieprawidłowe - w zakresie prawa do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą w związku z wykorzystaniem przez …. Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury/w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana będzie do wykonywania działalności gospodarczej i zastosowania klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem (na rzecz odbiorców zewnętrznych oraz odbiorców wewnętrznych).
Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej
25 lutego 2026 r. wpłynął Państwa wniosek z 18 lutego 2026 r. o wydanie interpretacji indywidualnej, który dotyczy podatku od towarów i usług w zakresie:
- uznania czynności udostępniania Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych za działalność gospodarczą instytutu i uznania ww. czynności za czynności podlegające opodatkowaniu VAT, niekorzystające ze zwolnienia z VAT,
- prawa do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą w związku z wykorzystaniem przez … Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury/w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana będzie do wykonywania działalności gospodarczej i zastosowania klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzinwykorzystywania Infrastruktury ogółem (na rzecz odbiorców zewnętrznych oraz odbiorców wewnętrznych).
Uzupełnili go Państwo – w odpowiedzi na wezwanie – pismem z 2 kwietnia 2026 r. (data wpływu 9 kwietnia 2026 r.).
Treść wniosku jest następująca:
Opis zdarzenia przyszłego
Instytut … (dalej jako Instytut lub … lub Wnioskodawca) jest zarejestrowanym czynnym podatnikiem podatku VAT. Na podstawie decyzji Prezesa … nr 4 z dnia 27 lutego 2008 r. Instytut został wpisany do rejestru instytutów … decyzja nr …. z dnia 29 kwietnia 2008 r. jako następca prawny zlikwidowanego ….. Instytut posiada osobowość prawną i posiada zdolność do czynności cywilnoprawnych. Uchwałą …. z dnia 16 września 2004 r. (Dz. U. Nr 10, poz. 65) Ministerstwo Nauki i Informatyzacji nadało Instytutowi … status Centrum ….
Przedmiotem działalności Instytutu jest prowadzenie badań naukowych w zakresie nauk biomedycznych skupionych na wyjaśnieniu podstawowych mechanizmów molekularnych procesów fizjologicznych i patofizjologicznych oraz biotechnologii medycznej. Placówka działa na rzecz rozwoju ww. dziedzin nauki, zajmuje się prowadzeniem nowoczesnych badań podstawowych i aplikacyjnych, w szczególności prac badawczych w zakresie: biologii i biotechnologii medycznej badań relacji organizm-środowisko oraz badań na styku patogen-gospodarz na poziomie molekularnym, komórkowym i na poziomie organizmu, w dziedzinach: nauk medycznych, nauk biologicznych, nauk chemicznych i nauk farmaceutycznych. Przedmiotem działalności Instytutu jest prowadzenie badań naukowych w zakresie nauk biomedycznych skupionych na wyjaśnieniu podstawowych mechanizmów molekularnych procesów fizjologicznych i patofizjologicznych oraz biotechnologii medycznej.
Instytut w dniu 24 stycznia 2025 r. zawarł umowę z Ośrodkiem …. w ramach 2 Priorytetu Programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021-2027 (FENG) umowę o dofinansowanie nr …. (dalej Umowa lub FENG) P…. na mocy której Instytut ma stworzyć i uruchomić m.in. 3 jednostki organizacyjne, tj. laboratoria identyfikacji i skriningu białek bioaktywnych, tj.:
1)Laboratorium … (IBM-1);
2)Laboratorium … (IBM-2);
3)Laboratorium … (IBM-3);
(dalej jako Projekt).
Realizowana w ramach FENG infrastruktura badawcza będzie wykorzystywana przez Instytut do prowadzenia zarówno działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej, stąd Umowa zobowiązuje do rozliczania osobno finansowania, kosztów i dochodów z każdego rodzaju działalności, konsekwentnie stosując obiektywnie uzasadnione zasady rachunku kosztów. Wartość całego dofinansowania Projektu uzyskanego dla … na mocy Umowy wynosi łącznie … zł (całkowita wartość realizacji projektu dla całego Konsorcjum to … zł, zaś dofinansowanie dla całego Konsorcjum … zł) z czego maksymalna kwota dofinansowania części niezwiązanej z działalności badawczą i naukową wynosi … zł. Umowa nakłada również obowiązek udzielenia dostępu do infrastruktury badawczej szeregowi użytkowników na przejrzystych i niedyskryminacyjnych zasadach, w tym na cele związane z działalnością gospodarczą, jak również niegospodarczą. Proporcja w ramach Umowy oraz harmonogramu rzeczowo-finansowego została określona na poziomie 28,51% do 71,49% (w Zadaniu 1 realizowanym przez …).
Na etapie realizacji Projektu rozliczanie wydatków przez Wnioskodawcę będzie następowało na podstawie zaplanowanego w ramach Projektu podziału. Jednocześnie Wnioskodawca zobowiązany jest do prowadzenia wyodrębnionej ewidencji księgowej wydatków Projektu w sposób przejrzysty i rzetelny, tak aby możliwa była identyfikacja poszczególnych operacji związanych z Projektem.
Zgodnie z art. 26 Rozporządzenia KE nr 651/2014, jeżeli infrastrukturę badawczą wykorzystuje się do prowadzenia zarówno działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej, finansowanie, koszty i dochody z każdego rodzaju działalności należy rozliczać osobno, konsekwentnie stosując obiektywnie uzasadnione zasady rachunku kosztów.
Przy czym na potrzeby realizacji Projektu części gospodarcza i niegospodarcza Projektu określone zostały w następujący sposób:
1)Część gospodarcza - to część Projektu, w ramach której infrastruktura jest wykorzystywana na rzecz użytkowników do ich działalności gospodarczej (np. do wynajmu, świadczenia usług oraz realizacji badań kontraktowych, które odbywają się na zasadach rynkowych) i sfinansowana zgodnie z przepisami o pomocy publicznej, a także część Projektu dotycząca szkoleń związanych z utworzeniem lub unowocześnieniem infrastruktury badawczej wykorzystywanej do prowadzenia działalności gospodarczej i sfinansowana zgodnie z przepisami o pomocy publicznej, oraz część Projektu służąca wspieraniu działań związanych z realizacją przedsięwzięcia i sfinansowana zgodnie z przepisami o pomocy de minimis;
2)Część niegospodarcza - to zaś część Projektu sfinansowana w 100% ze środków publicznych, w ramach której infrastruktura jest wykorzystywana przez użytkowników do ich działalności niegospodarczej, do której zaliczają Państwo zasadniczą działalność, a w szczególności:
a)kształcenie mające na celu zwiększanie coraz lepiej wyszkolonych zasobów ludzkich, tj. edukacja publiczna organizowana w ramach krajowego systemu edukacji, finansowana głównie lub wyłącznie przez państwo i nadzorowana przez państwo;
b)niezależna działalność badawczo-rozwojowa mająca na celu powiększanie zasobów wiedzy i lepsze zrozumienie, w tym badania i rozwój w ramach współpracy, kiedy to organizacja prowadząca badania lub infrastruktura badawcza podejmuje skuteczną współpracę;
c)szerokie rozpowszechnianie wyników badań na zasadzie niedyskryminacji i braku wyłączności, np. przez nauczanie, dostępne bazy danych, otwarte publikacje i otwarte oprogramowanie;
d)działania związane z transferem wiedzy, jeżeli są one prowadzone przez lidera konsorcjum i konsorcjanta (w tym przez jego działy lub jednostki zależne) albo wspólnie z innymi podmiotami tego typu lub w imieniu innych podmiotów tego typu, a wszelkie zyski z tych działań są reinwestowane w zasadniczą działalność. Zlecenie wykonania odpowiednich usług stronom trzecim w drodze procedury otwartej pozostaje bez uszczerbku dla niegospodarczego charakteru takiej działalności; a także część Projektu dotyczącą szkoleń związanych z utworzeniem lub unowocześnieniem infrastruktury badawczej oraz służącą wpieraniu działań związanych z realizacją Projektu, sfinansowane w 100% ze środków publicznych.
Innymi słowy niegospodarcza działalność w ramach Projektu oznacza: kształcenie, niezależne B+R, szerokie upowszechnianie wyników, transfer wiedzy (gdy zyski są reinwestowane w zasadniczą działalność), zaś działalność gospodarczą stanowią: badania na zlecenie (contract research/research services) oraz inne usługi świadczone na warunkach rynkowych. Wprost wskazano, że research on behalf of undertakings (contract research) to aktywność gospodarcza.
W tym miejscu zaznaczyć należy, że pojęcia działalności gospodarczej i niegospodarczej na potrzeby realizacji Projektu różnią się od rozumienia pojęcia działalności gospodarczej na gruncie ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz.U.2025.775 t.j. z dnia 2025.06.16 ze zm., dalej jako ustawa o VAT).
Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o VAT: „Podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, o której mowa w ust. 2, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności”.
Z kolei z art. 15 ust. 2 ustawy o VAT wynika, że „Działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców [...] a także działalność osób wykonujących wolne zawody.”
Na gruncie ustawy o VAT działalność gospodarcza charakteryzuje się trzema następującymi elementami:
1)odpowiednim nasileniem i ciągłością,
2)samodzielnością (na własne ryzyko i we własnym imieniu) oraz
3)celem zarobkowym (celem ma być uzyskanie przychodu lub przynajmniej pokrycia kosztów).
Tym samym na gruncie ustawy o VAT odpłatne świadczenie usług nawet po cenie niższej niż rynkowa (nawet w zakresie pokrywającym koszty) spełnia wszystkie te warunki i będzie stanowić działalność gospodarczą.
Ustawa o VAT (jak wynika z art. 15 ust. ust. 3-3b ustawy o VAT) za działalność niegospodarczą uznaje m.in. czynności pracownicze, umowy o dzieło, zlecenia w warunkach podporządkowania, (z wyjątkami) czynności nieodpłatne (gdzie nie występuje cel przychodowy), jak również realizację zadań mających charakter rządowy/publiczny, bez udziału w działalności rynkowej.
Z powyższego rozumienia obu pojęć na gruncie realizacji Projektu oraz ustawy o VAT wyraźnie wynika, że definicje te nie pokrywają się, bowiem:
1)na gruncie ustawy o VAT: działalność gospodarcza oznacza każdą odpłatną, samodzielną czynność (np. usługa, wynajem) wykonywaną w sposób ciągły;
2)z kolei na gruncie realizacji FENG: działalność niegospodarcza stanowi przejaw każdej aktywności realizowanej w celach publicznych, edukacyjnych, badawczych, bez komercyjnego nastawienia, finansowana ze środków publicznych, z szerokim upowszechnianiem wyników.
Różnica ta oznacza, że ustalona w Umowie proporcja 28,51% do 71,49% na cele gospodarcze i niegospodarcze nie znajduje zastosowania na gruncie ustawy o VAT, bowiem na potrzeby realizacji FENG działalność niegospodarcza może stanowić działalność gospodarczą na gruncie ustawy o VAT.
I tak przykładowo:
1)odpłatne szkolenie dla studentów w ramach programu edukacyjnego:
a)na gruncie VAT: będzie traktowane jako działalność gospodarcza (z uwagi na odpłatność);
b)na potrzeby FENG: uznane za niegospodarcze, bo szkolenie będzie częścią systemu edukacji publicznej i cena za szkolenie będzie symboliczna (nierynkowa), bo celem jest upowszechnianie wiedzy;
2)realizacja projektu badawczego z partnerami, gdzie wyniki są publikowane w open access:
a) na gruncie VAT: przy pobieraniu opłaty od partnera → działalność gospodarcza.
b) na potrzeby FENG: działalność niegospodarcza, nawet przy odpłatności projektu, gdy projekt jest finansowany w 100% ze środków publicznych, a wyniki są udostępniane bez ograniczeń i bez komercjalizacji;
1)udostępnienie infrastruktury za koszt własny (bez marży) w ramach współpracy naukowej:
a)na gruncie VAT: odpłatne świadczenie usług stanowi działalność gospodarczą;
b)na potrzeby FENG: działalność niegospodarcza, jeśli cena nie jest rynkowa, a celem jest wspólne badania i publikacja wyników, nie zarobek.
O ile zatem na gruncie FENG Wnioskodawca zakłada utrzymanie proporcji z Umowy, tj. 28,51% do 71,49% w stosunku działalność gospodarcza do działalności niegospodarczej, to na gruncie VAT przewiduje i projektuje odmienny stosunek - działalność gospodarcza 70%, zaś niegospodarcza - 30%.
Ponieważ Wnioskodawca na potrzeby realizacji Projektu będzie ponosić wydatki na realizację infrastruktury 3 wyodrębnionych w ramach FENG laboratoriów (dalej jako „Wydatki inwestycyjne”) i w ramach tych Wydatków inwestycyjnych … będzie posiadać obiektywną możliwość bezpośredniego i wyłącznego przyporządkowania poniesionych wydatków pomiędzy zrealizowane w ramach FENG poszczególne jednostki laboratoriów, tj. … jest i będzie w stanie wydzielić wydatki przypadające na infrastrukturę danego laboratorium, będące przedmiotem niniejszego wniosku. Realizacja danej (spośród trzech) jednostki laboratorium jest/będzie finansowana zarówno ze środków własnych, jak i ze środków pozyskanych z Umowy. Wydatki inwestycyjne związane z daną infrastrukturą jednostki laboratorium, są/będą każdorazowo dokumentowane wystawianymi przez dostawców/wykonawców na Wnioskodawcę fakturami VAT, na których … oznaczona jest/będzie jako nabywca przedmiotowych towarów i usług.
Przy pomocy infrastruktury poszczególnych laboratoriów … po ich realizacji będzie świadczył głównie odpłatne (choć nie zawsze z marżą i nie zawsze po cenie rynkowej) usługi dostępu do szkoleń lub infrastruktury laboratorium albo też będzie świadczył w ramach danego laboratorium odpłatnie na zasadzie podwykonawstwa albo wspólnej kolaboracji usługi badawcze na rzecz odbiorców zewnętrznych (podmiotów gospodarczych, ale również jednostek o charakterze zbliżonym do charakteru i statusu …). Przedmiotowa infrastruktura jest/będzie również w niewielkim zakresie wykorzystywana przez … na własne potrzeby, tj. do realizacji zadań własnych - prowadzenia prac badawczo-rozwojowych przez jej pracowników (odbiorcy wewnętrzni).
Dla potrzeb niniejszego wniosku dalej cała infrastruktura laboratoriów w ramach FENG wykorzystywana przez … zarówno dla potrzeb odbiorców zewnętrznych, jak i odbiorców wewnętrznych, włączając w to przywołany Projekt, określana będzie jako: "Infrastruktura". Określenie to nie dotyczy zatem infrastruktury badawczej już występującej w …, która jest/ będzie wykorzystywana w inny sposób i która nie jest przedmiotem niniejszego wniosku o interpretację (dzierżawa, wykorzystanie wyłącznie dla potrzeb Odbiorców zewnętrznych bądź wyłącznie dla Odbiorców wewnętrznych).
Na etapie ponoszenia Wydatków inwestycyjnych … nie potrafi dokonać ich jednoznacznego przyporządkowania do poszczególnych rodzajów prowadzonej działalności, tj. do świadczenia usług odpłatnych w ramach działalności gospodarczej na gruncie VAT na rzecz odbiorców zewnętrznych lub do wykorzystywania Infrastruktury na cele własne w ramach prac badawczych i naukowych. Zdaniem Wnioskodawcy, przyporządkowania tego dokonać można wyłącznie przy zastosowaniu odpowiedniej proporcji odliczenia.
… wskazuje, że wydatki, o których mowa we wniosku, są/będą bezpośrednio i wyłącznie związane z Infrastrukturą.
Wnioskodawca podaje przy tym, że po realizacji Infrastruktury będzie ją wykorzystywał wyłącznie na potrzeby szkoleń i prowadzenia prac bladawych/laboratoryjnych czy to na potrzeby własne, czy na potrzeby podmiotów zewnętrznych w ramach udostępnienia albo podwykonawstwa, względnie wspólnego przedsięwzięcia. Infrastruktura ta nie jest/nie będzie wykorzystywana w żaden inny sposób. Zważywszy na charakter wykorzystania, jest ono w pełni mierzalne, tj. … będzie rozliczać je wyłącznie według liczby czasu wykorzystania danego laboratorium lub jego zasobów. Dotyczy to zarówno świadczeń na rzecz Odbiorców zewnętrznych, jak i Odbiorców wewnętrznych. W obu tych przypadkach … jest w stanie precyzyjnie wskazać, ile czasu wykorzystywano jednostkowo dane laboratorium lub jego cześć na potrzeby odbiorców zewnętrznych, a ile na potrzeby odbiorców wewnętrznych. Stosowny pomiar opierać się będzie na jednoznacznych i obiektywnych wskazaniach wynikających z zastosowania dokładnej aparatury pomiarowej, tj. czytników czasu podczas wejścia do danego laboratorium oraz pomiaru czasu pracy przy realizacji danego zadania przez odbiorcę zewnętrznego lub odbiorcę wewnętrznego spełniających wszelkie wymagania prawne dla tego typu urządzeń.
… poniżej przedstawia wzory, które zamierza stosować dla obliczenia udziału procentowego, w jakim Infrastruktura będzie wykorzystywana do odpłatnego świadczenia usług przez …, które według Wnioskodawcy stanowią czynności opodatkowane VAT wykonywane w ramach działalności gospodarczej, odpowiednio w zakresie: liczba godzin wykorzystywania Infrastruktury przez odbiorców zewnętrznych lub na ich potrzeby (liczba godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych + liczba godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców wewnętrznych) x 100% = wartość pre-współczynnika (przed zaokrągleniem).
Sposób obliczenia proporcji zostanie skalkulowany jako udział (stosunek) liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby Odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystania Infrastruktury ogółem (tj. sumy godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych i odbiorców wewnętrznych).
Mając na względzie powyższe, … równocześnie wskazuje, że:
- do pozycji "potrzeby odbiorców zewnętrznych" zalicza on ilość godzin wykorzystywania Infrastruktury na rzecz instytutów, jednostek badawczych lub przedsiębiorców na zasadach odpłatności (rynkowej lub przychodowej, bez marży w celu pokrycia kosztów uruchomienia i wykorzystywania Infrastruktury, przy uwzględnieniu jej amortyzacji), bez względu na to czy Infrastruktura jest najmowana/udostępniania/ czy też wykorzystywana przez pracowników ... jako kontraktora/podwykonawcy, tudzież w ramach odpłatnej wspólnej kolaboracji, w tym szkolenia w tym zakresie;
- do pozycji "potrzeby odbiorców wewnętrznych" zalicza on ilość godzin wykorzystywania Infrastruktury na własne cele badawcze i rozwojowe oraz naukowe, w tym szkolenia własne.
Wskazany we wniosku prewspółczynnik godzinowy zaproponowany przez … oparty na kryterium liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem, w ocenie … będzie zapewniał obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane na podstawie umów cywilnoprawnych odpłatne czynności realizowane przez … na rzecz odbiorców zewnętrznych, które stanowią według … czynności opodatkowane VAT, wykonywane w ramach działalności gospodarczej.
Zgodnie z proporcją opartą o realne zużycie (tj. proporcją opartą na ilości godzin wykorzystywania Infrastruktury), Wnioskodawca jest w stanie określić:
- zużycie Infrastruktury przypisane wyłącznie do czynności opodatkowanych VAT oraz
- zużycie łączne, a zatem … jest w stanie precyzyjnie wskazać (w sposób procentowy) nie tylko jaka część wydatków przypada wyłącznie na czynności opodatkowane VAT (dające prawo do odliczenia), ale także jaka część przypada na czynności niepodlegające VAT niestanowiące działalności gospodarczej (tj. niedające prawa do odliczenia).
Ww. sposób obliczenia proporcji za pomocą pre-współczynnika godzinowego obiektywnie odzwierciadla/będzie odzwierciedlał część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.
W ocenie ... sposób określenia proporcji wskazany w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (tekst jedn.: Dz. U. z 2021 r. poz. 999, dalej: "Rozporządzenie") obliczany jest jako udział obrotu z działalności gospodarczej jednostki w całości przychodów wykonanych danej jednostki. Oznacza to, że proporcja ta uwzględnia wszystkie przychody zrealizowane przez jednostkę ze wszystkich segmentów z działalności tej jednostki, podczas gdy rodzajowo część z nich może nie mieć żadnego związku z Infrastrukturą. Innymi słowy, przychody te nie są generowane przez wykorzystanie Infrastruktury, ale w drodze zupełnie innych czynności (np. wpływy z subwencji, wpływy z dotacji, wpływy z grantów niezwiązanych z Infrastrukturą).
Mając na uwadze powyższe, przewidziany w Rozporządzeniu sposób określenia proporcji uwzględniający wszystkie wskazane powyżej segmenty działalności …, w przypadku wydatków w obszarze działalności związanych z realizacją i następnie wykorzystaniem Infrastruktury (tutaj: Wydatków inwestycyjnych) będzie istotnie zniekształcał (tutaj: zaniżał) wartość wydatków przypadającą na działalność gospodarczą, a tym samym uniemożliwiał całkowicie realizację wymogów stawianych przez art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Zastosowanie proporcji z Rozporządzenia może być uzasadnione w stosunku do wydatków ogólnych, takich jak oświetlenie, ogrzewanie, zakup środków czystości, które zwykle służą całokształtowi działalności … (wszystkim realizowanym przez .. czynnościom). Wydatków takich nie da się przyporządkować do wybranych czynności realizowanych przez … i w konsekwencji oparcie zakresu prawa do odliczenia VAT na udziale obrotu z działalności gospodarczej w ogólnych przychodach jest uzasadnione. Zupełnie inaczej jest w przypadku wydatków związanych z realizacją Infrastruktury, gdzie uwzględniając specyfikę tej działalności i nabyć z nią związanych (vide art. 86 ustawy o VAT) należy oprzeć się na realnym wykorzystaniu Infrastruktury, które jest w pełni mierzalne i pozwala na obiektywne ustalenie wartości wydatków przypadających wyłącznie na czynności odpłatne świadczone na rzecz odbiorców zewnętrznych. Proporcja z Rozporządzenia takich możliwości nie daje, gdyż opiera się na niewłaściwych danych, tj. takich, które nie uwzględniają specyfiki realizacji Projektu FENG i w ramach niej wykonania komercyjnego Infrastruktury i specyfiki związanych z nią nabyć.
W uzupełnieniu wniosku, na pytana Organu:
1)Czy infrastruktura objęta zakresem pytania nr 2 i nr 3 realizowana w ramach FENG będzie wykorzystywana przez Państwa Instytutdo celów prowadzonej działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r., poz. 775 ze zm.), jak i do celów innych niż działalność gospodarcza w rozumieniu art. 15 ust. 2 ww. ustawy o podatku od towarów i usług?
2)W sytuacji, gdy ww. infrastruktura będzie przez Państwa Instytut wykorzystywana zarówno do działalności gospodarczej, w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza w rozumieniu art. 15 ust. 2 ww. ustawy o podatku od towarów i usług, to czy będzie istniała możliwość przyporządkowania ponoszonych wydatków w całości do celów działalności gospodarczej, w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o podatku od towarów i usług?
3)W odniesieniu do jakich konkretnie wydatków zamierzają Państwo stosować opisany we wniosku prewspółczynnik czasowy, tj. czy wyłącznie do zakupu w ramach projektu infrastruktury badawczej, czy również do wydatków związanych z robotami w zakresie budowy pomieszczeń laboratoryjnych?
4)Jeżeli zamierzają Państwo stosować opisany we wniosku prewspółczynnik czasowy również do wydatków związanych z robotami w zakresie budowy pomieszczeń laboratoryjnych, to proszę wskazać:
a)Na czym konkretnie polegało stworzenie i uruchomienie pomieszczeń laboratoryjnych?
b)Czy poszczególne pomieszczenia laboratoryjne wybudowane w ramach ww. projektu są/będą wykorzystywane wyłącznie do działalności związanej z zakupioną w ramach ww. projektu infrastrukturą badawczą, czy również do innej działalności (jeżeli tak, to proszę wskazać na czym polega/będzie polegała ta działalność i czy jest/będzie wykonywana w ramach działalności gospodarczej (opodatkowanej podatkiem VAT i/lub zwolnionej od tego podatku) czy w ramach działalności innej niż gospodarcza (niepodlegającej opodatkowaniu VAT))?
c)Czy w tym samym czasie pracy w tym samym pomieszczeniu laboratoryjnym możliwe jest/będzie prowadzenie zarówno działalności gospodarczej, jak i działalności innej niż gospodarcza?
5)Jakimi przesłankami kierowali się Państwo uznając, że wskazany we wniosku prewspółczynnik czasowy jest najbardziej reprezentatywny – najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez Państwa działalności oraz dokonywanych przez Państwa nabyć?
6)Czy prewspółczynnik czasowy obiektywnie odzwierciedla/będzie odzwierciedlał część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza?
7)Jaka jest wysokość prewspółczynnika wyliczonego przez Państwa zgodnie ze wzorem z rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 999) określonym dla instytutu badawczego?
8)Jakie przesłanki potwierdzają Państwa ocenę, że prewspółczynnik wyliczony zgodnie ze wzorem z rozporządzenia jest/będzie mniej reprezentatywny od zaproponowanego we wniosku prewspółczynnika czasowego?
9)W związku ze sfomułowaniem w pytaniu nr 2 i nr 3, tj.:
2. Czy w związku z wykorzystaniem przez … Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury (…)”,
3. Czy w związku z wykorzystaniem przez … Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury (…)”,
należy jednoznacznie wskazać, jaki rodzaj usług (jaki rodzaj wykorzystania infrastruktury) objęty jest zwrotem „świadczenia usług w ramach Infrastruktury”?
wskazali Państwo:
1. Sposób wykorzystania infrastruktury:
Infrastruktura realizowana przez .. w ramach projektu … obejmuje:
1)stworzenie i uruchomienie trzech laboratoriów:
a)Laboratorium … (IBM-1),
b)Laboratorium .. (IBM-2),
c)Laboratorium … (IBM-3),
2)zakup aparatury naukowo-badawczej, obejmującej m.in. systemy skriningowe, aparaturę do oczyszczania i charakterystyki białek, urządzenia do analiz biofizycznych i molekularnych,
3)adaptację pomieszczeń laboratoryjnych w zakresie niezbędnym do instalacji i użytkowania tej aparatury,
4)zatrudnienie personelu technicznego i badawczego wyłącznie na potrzeby uruchomienia i obsługi infrastruktury,
5)szkolenia pracowników Instytutu związane z obsługą aparatury oraz funkcjonowaniem infrastruktury badawczej.
W ramach projektu infrastruktura ta będzie wykorzystywana:
1)do działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT - w zakresie odpłatnego udostępniania infrastruktury badawczej oraz świadczenia odpłatnych usług badawczo-analitycznych i skriningowych, zgodnie z zasadami określonymi w Umowie,
2)do działalności innej niż gospodarcza - wyłącznie w zakresie nieodpłatnego wykorzystania infrastruktury na własne potrzeby badawcze …, związane z realizacją statutowej, niekomercyjnej działalności naukowej finansowanej ze środków publicznych.
W projekcie nie są przewidziane inne sposoby wykorzystania infrastruktury (np. komercjalizacja IP w formie sprzedaży praw). Tym samym ww. infrastruktura będzie wykorzystywana przez … zarówno do celów działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza w rozumieniu tego przepisu.
Ad 2. Brak możliwości pełnej alokacji wydatków:
Wydatki inwestycyjne ponoszone w ramach projektu (zakup aparatury, roboty budowlane - adaptacja 195 m2, wyposażenie laboratoriów) nie mogą zostać przypisane w całości do działalności gospodarczej, ponieważ:
1)każda z jednostek infrastruktury (IBM-1, IBM-2, IBM-3) została zaprojektowana jako wspólna infrastruktura badawcza, która musi być dostępna zarówno dla użytkowników korzystających w ramach działalności gospodarczej, jak i dla niegospodarczej działalności badawczej,
2)funkcjonalnie i technicznie w ramach IBM-1, IBM-2 i IBM-3 infrastruktura ta stanowi jednolity zasób, którego nie można „wydzielić" na potrzeby jednego rodzaju działalności na etapie ponoszenia wydatków,
3)możliwość rozróżnienia dotyczy wyłącznie etapu użytkowania (czas wykorzystania), a nie etapu inwestycyjnego.
Ad 3. Zakres wydatków objętych prewspółczynnikiem:
Prewspółczynnik czasowy (godzinowy) ma być stosowany wyłącznie do wydatków bezpośrednio związanych z infrastrukturą projektu, tj.:
1)zakup aparatury naukowo-badawczej przewidzianej w: IBM-1, IBM-2, IBM-3,
2)wydatki na adaptację pomieszczeń laboratoryjnych,
3)wydatki na personel techniczny i badawczy niezbędny do wytworzenia i uruchomienia infrastruktury.
Prewspółczynnik nie będzie stosowany do:
- kosztów pośrednich rozliczanych ryczałtem,
- działań informacyjno-promocyjnych,
- szkoleń niezwiązanych z bezpośrednią eksploatacją infrastruktury.
Ad 4. Roboty budowlane:
a)Roboty budowlane w projekcie ograniczają się do adaptacji istniejących pomieszczeń .. .. w zakresie niezbędnym do instalacji aparatury (instalacje techniczne, bezpieczeństwo, media). Nie powstają odrębne/nowe obiekty, lecz te istniejące zostaną dostosowane do stworzenia i uruchomienia pomieszczeń.
b)Pomieszczenia adaptowane w ramach projektu będą przeznaczone wyłącznie na potrzeby laboratoriów IBM-1, IBM-2 i IBM-3 i będą wykorzystywane wyłącznie do czynności przewidzianych w zadaniu projektu (badania skriningowe, analityczne, biofizyczne, syntezy).
c)W danym czasie w danym laboratorium możliwe jest przypisanie sposobu wykorzystania jednoznacznie:
- albo do działalności gospodarczej (konkretny odpłatny użytkownik),
- albo do działalności niegospodarczej (wewnętrzna aktywność badawcza ...).
Ad 5. Przyczyny wyboru prewspółczynnika
W ramach projektu:
1)infrastruktura badawcza (laboratoria IBM-1, IBM-2 i IBM-3) będzie wykorzystywana jedynie do czynności badawczych, skriningowych i analitycznych,
2)stopień jej eksploatacji nie przekłada się wprost na poziom osiąganych obrotów, gdyż:
- część usług będzie świadczona po cenach kosztowych lub quasi-kosztowych,
- wysokość wynagrodzenia nie zależy od intensywności lub czasu pracy aparatury,
- ta sama aparatura może być wykorzystywana przez wiele godzin przy niskiej wartości świadczenia (niższej marży) albo krócej przy wyższej wartości usługi.
Obrót nie jest zatem miarą nakładów infrastrukturalnych ani stopnia zużycia aparatury, a tym samym nie odzwierciedla rzeczywistego zakresu wykorzystania zakupionych towarów i usług.
Co więcej, prewspółczynnik obrotowy przewidziany w Rozporządzeniu odnosi się do całokształtu działalności ... i uwzględnia przychody z: dotacji i subwencji statutowych, grantów badawczych niezwiązanych z projektem … oraz działalności niemającej żadnego związku funkcjonalnego z Infrastrukturą.
Tymczasem wydatki objęte wnioskiem dotyczą konkretnej, wyodrębnionej infrastruktury badawczej i nie są wykorzystywane w innych segmentach działalności Instytutu.
Do tego wydatki inwestycyjne (aparatura, adaptacja pomieszczeń) są ponoszone po to, aby infrastruktura była dostępna w czasie, zużycie infrastruktury następuje wyłącznie poprzez czas jej pracy. Brak jest przy tym innych mierzalnych parametrów (powierzchnia, liczba użytkowników, obrót przypisany do aparatury).
Innymi słowy zastosowanie prewspółczynnika obrotowego prowadziłoby więc do sztucznego i systemowego zaniżenia części wydatków przypadających na działalność gospodarczą, co pozostawałoby w sprzeczności z art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Ad. 6. Uzasadnienie obiektywnego odzwierciedlenia części wydatków przypadających odpowiednio na działalność gospodarczą oraz inne cele prewspółczynnik czasowy:
W ramach projektu każde wykorzystanie infrastruktury można przypisać albo do odpłatnego użytkownika zewnętrznego albo do nieodpłatnych badań własnych …. Przypisanie to następuje na podstawie harmonogramów, rezerwacji i ewidencji czasu pracy aparatury. Nie występują więc sytuacje „wspólnego" lub nieokreślonego wykorzystania.
Do tego, skoro w projekcie …. jedynym parametrem, który pozostaje w bezpośrednim związku z ponoszonymi wydatkami inwestycyjnymi, jest czas pracy aparatury, laboratoriów lub zasobów infrastrukturalnych i to czas wykorzystania determinuje zużycie infrastruktury, odzwierciedla intensywność wykorzystania zakupionych środków trwałych i jest miernikiem neutralnym względem ceny usługi i źródeł finansowania (bo nie zależy od dotacji ani innych źródła finansowania uzyskiwanych przez Wnioskodawcę na cele niezwiązane z realizacją projektu), to jego zastosowanie eliminuje wpływ polityki cenowej, finansowania publicznego i czynników zewnętrznych niezwiązanych z aparaturą.
Dzięki temu odliczenie VAT odpowiada rzeczywistemu zużyciu infrastruktury, a nie strukturze finansowania Instytutu.
Innymi słowy wybór prewspółczynnika czasowego wynika nie z preferencji Wnioskodawcy, lecz z obiektywnych cech projektu …, w szczególności:
- braku związku obrotów z wykorzystaniem infrastruktury,
- braku możliwości przypisania obrotów do aparatury,
- wyłącznego związku wydatków inwestycyjnych z czasem pracy infrastruktury.
Dlatego prewspółczynnik oparty na czasie wykorzystania infrastruktury jest jedynym miernikiem spełniającym przesłanki art. 86 ust. 2b ustawy o VAT. I z tego względu prewspółczynnik czasowy spełnia kryterium „najbardziej odpowiadającego specyfice działalności i nabyć", o którym mowa w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Dodatkowo zastosowanie prewspółczynnika opartego na czasie wykorzystania jest spójne z mechanizmem monitorowania wykorzystania infrastruktury badawczej wynikającym z umowy o dofinansowanie i jest zgodne z założeniem, że monitorowanie infrastruktury nie może być oparte na przychodach, lecz na wskaźnikach fizycznych (takich jak czas, roboczogodziny, dostępność).
Zastosowanie obrotów jako miernika dla celów VAT byłoby zatem nie tylko niereprezentatywne, lecz także niespójne z konstrukcją projektu.
Ad. 7. Wysokość prewspółczynnika - wyliczonego zgodnie z wzorem Rozporządzenia:
W przypadku zastosowania sposobu określenia proporcji, o którym mowa w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r., prewspółczynnik dla …. - obliczony według wzoru właściwego dla instytutów badawczych, tj. jako relacja rocznego obrotu z działalności gospodarczej do sumy obrotu z działalności gospodarczej oraz otrzymanych dotacji, subwencji i innych środków o podobnym charakterze - wyniósłby 3%.
Ad. 8. Przesłanki potwierdzające ocenę, że prewspółczynnik wyliczony zgodnie z wzorem z Rozporządzenia jest mniej reprezentatywny, wobec tego zaproponowanego:
Taka wartość prewspółczynnika wyliczona zgodnie z wzorem z Rozporządzenia jest w przeważającym stopniu rezultatem struktury finansowania … jako instytutu badawczego, w której zasadniczą część stanowią środki publiczne przeznaczone na działalność statutową oraz badania niekomercyjne, a nie efektem faktycznego sposobu wykorzystania infrastruktury badawczej utworzonej w ramach projektu …. Prewspółczynnik ten uwzględnia bowiem w mianowniku całość finansowania działalności niegospodarczej Instytutu, niezależnie od tego, że infrastruktura laboratoriów IBM-1, IBM-2 i IBM-3 nie jest wykorzystywana w tej działalności poza projektowym zakresem badań własnych, ani nie służy realizacji innych zadań statutowych ... niezwiązanych z projektem.
Z matematycznego punktu widzenia oznacza to, że nawet przy znacznym faktycznym wykorzystaniu infrastruktury do działalności odpłatnej, wartość prewspółczynnika z rozporządzenia pozostaje trwale niska, ponieważ w jego mianowniku znajdują się środki finansowe, które w żaden sposób nie determinują ani stopnia eksploatacji aparatury, ani zakresu wykorzystania nabytych towarów i usług objętych projektem.
Innymi słowy, współczynnik ten mierzy relację obrotów do całkowitego finansowania działalności ..., a nie relację działalności gospodarczej do rzeczywistego użycia konkretnej infrastruktury.
W realiach projektu … prowadzi to do sytuacji, w której przy założeniu przykładowo, że infrastruktura laboratoryjna jest wykorzystywana w 71,49% czasu do świadczenia odpłatnych usług badawczych, a w 28,51% do badań własnych …, prewspółczynnik z rozporządzenia – na poziomie 3% - skutkowałby odliczeniem podatku naliczonego wyłącznie w tej zaniżonej części, mimo że ponad połowa faktycznego czasu pracy aparatury przypadałaby na działalność gospodarczą. Różnica ta nie wynikałaby z rzeczywistej struktury wykorzystania infrastruktury, lecz wyłącznie z uwzględnienia w kalkulacji finansowania działalności niezwiązanej z projektem ani z eksploatacją infrastruktury.
Tymczasem prewspółczynnik oparty na czasie faktycznego wykorzystania infrastruktury pozostaje w bezpośrednim i przyczynowym związku z ponoszonymi wydatkami inwestycyjnymi, gdyż to czas pracy aparatury i laboratoriów determinuje ich zużycie techniczne, konieczność ponoszenia kosztów utrzymania oraz faktyczne wykorzystanie nabytych towarów i usług. W przeciwieństwie do obrotu, czas wykorzystania nie jest zależny od polityki cenowej, sposobu finansowania użytkownika ani charakteru badań, lecz od faktycznej eksploatacji infrastruktury, która stanowi jedyny wspólny mianownik zarówno dla działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej realizowanej w ramach projektu.
Zastosowanie prewspółczynnika czasowego prowadzi zatem do sytuacji, w której część podatku naliczonego przypadająca na działalność gospodarczą odpowiada rzeczywistemu zakresowi wykorzystania infrastruktury do czynności opodatkowanych, podczas gdy prewspółczynnik z rozporządzenia prowadziłby do systemowego i trwałego zaniżenia tego prawa, nieproporcjonalnego do faktycznego udziału działalności gospodarczej w użytkowaniu infrastruktury ….. W konsekwencji to właśnie prewspółczynnik czasowy, a nie prewspółczynnik oparty na obrotach i dotacjach, spełnia przesłankę „najbardziej odpowiadającego specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć", o której mowa w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT, oraz zapewnia realizację zasady neutralności podatku od towarów i usług.
Ad. 9. Rozumienie pojęcia „usług w ramach infrastruktury" i zakres świadczonych usług:
W ramach projektu … przez „świadczenie usług w ramach Infrastruktury" rozumie się wyłącznie:
1)odpłatne udostępnianie aparatury i laboratoriów IBM-1, IBM-2, IBM-3,
2)odpłatne usługi skriningowe, analityczne i biofizyczne realizowane z użyciem tej aparatury, zgodnie z zakresem rzeczowym projektu i bez rozszerzania na inne rodzaje aktywności.
Pytania
1.Czy świadczenie na rzecz odbiorców zewnętrznych odpłatnych usług w zakresie udostępnienia Infrastruktury albo wykonania odpłatnych (choć niekiedy po cenie kosztowej, przychodowej, bez marży) stanowi działalność gospodarczą oraz czynności podlegają opodatkowaniu VAT, nie korzystając ze zwolnienia z tego podatku?
2.Czy w związku z wykorzystaniem przez .. Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych, Wnioskodawcy przysługuje/będzie przysługiwało prawo do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana jest/będzie do wykonywania działalności gospodarczej i czy w takim przypadku prawidłowym będzie zastosowanie klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem (tj. na rzecz odbiorców zewnętrznych i odbiorców wewnętrznych)?
3.Czy w związku z wykorzystaniem przez … Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i odbiorców wewnętrznych, Wnioskodawcy przysługuje/będzie przysługiwało prawo do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana jest/będzie do wykonywania działalności gospodarczej i czy w takim przypadku prawidłowym będzie zastosowanie klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych do godzinowego wykorzystywania Infrastruktury ogółem (na rzecz odbiorców zewnętrznych oraz odbiorców wewnętrznych)?
Państwa stanowisko w sprawie
Ad. 1
Świadczenie odpłatnych usług w zakresie udostępnienia Infrastruktury albo wykorzystania Infrastruktury przez pracowników … w ramach odpłatnego świadczenia usługi podwykonawstwa na rzecz odbiorcy zewnętrznego - usługi z zakresu badań naukowych lub prac badawczych i rozwojowych albo odpłatnej współpracy między jednostkami naukowymi lub przedsiębiorstwem - na rzecz odbiorców zewnętrznych stanowi / będzie stanowić działalność gospodarczą oraz czynności podlegające opodatkowaniu VAT, niekorzystające ze zwolnienia z tego podatku.
Ad. 2
W związku z wykorzystaniem przez … Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych, Wnioskodawcy przysługuje/będzie przysługiwało prawo do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana będzie do wykonywania działalności gospodarczej i w takim przypadku prawidłowym będzie zastosowanie klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem (tj. na potrzeby odbiorców zewnętrznych i na rzecz odbiorców wewnętrznych).
Ad. 3
W związku z wykorzystaniem przez … Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i jej wykorzystywania na potrzeby własne przez pracowników - odbiorców wewnętrznych, Wnioskodawcy przysługuje/będzie przysługiwało prawo do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana jest/będzie do wykonywania działalności gospodarczej i w takim przypadku prawidłowym będzie zastosowanie klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem (tj. na potrzeby odbiorców zewnętrznych i na rzecz odbiorców wewnętrznych).
UZASADNIENIE
Ad.1
Zgodnie z art. 15 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą, bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.
Z kolei podstawowym zadaniem .. jest rozwój, promocja, integracja i upowszechnianie nauki oraz przyczynienie się do rozwoju edukacji i wzbogacania kultury narodowej. Zasadnicza część działalności Wnioskodawcy są nieodpłatne lub finansowane ze środków publicznych, przez co nie mieści się to w pojęciu działalności gospodarczej i znajduje się poza zakresem VAT. Ponieważ .. jest wyposażony w osobowość prawną i w określonym zakresie wykonuje samodzielnie działalność gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy o VAT, należy uznać, iż spełnia wówczas zawartą w tym przepisie definicję podatnika VAT. Oznacza to, że w zakresie czynności cywilnoprawnych dokonywanych przez jednostki naukowe jaką jest …, nawet gdy dotyczą one zadań własnych, podmioty te powinny być uznawane za podatników VAT.
Zatem w przypadku, gdy .. realizuje należące do niej zadania na podstawie umów cywilnoprawnych, tj. na warunkach i w okolicznościach właściwych również dla podmiotów prowadzących działalność gospodarczą - powinna być ona traktowana jako podatnik VAT, gdyż w przedmiotowym zakresie działa ona de facto w sposób analogiczny do tych podmiotów.
Zgodnie z art. 15 ust. 2 ustawy o VAT, działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody.
W świetle tego zapisu działalność … polegająca na realizacji odpłatnych usług udostępnienia Infrastruktury odbiorcy zewnętrznemu albo odpłatnego podwykonawstwa badań naukowych lub prac wdrożeniowych przy wykorzystywaniu Infrastruktury lub odpłatnej współpracy (nawet gdy odpłatność ta nie jest oparta o ceny rynkowe, lecz o kryterium przychodowe w celu pokrycia kosztów związanych ze zużyciem Infrastruktury) jest działalnością gospodarczą ("wszelka działalność usługodawców").
Stosownie do treści art. 5 ust. 1 ustawy o VAT, opodatkowaniu VAT podlegają m.in. odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.
Jednocześnie, w myśl art. 7 ust. 1 ww. ustawy, przez dostawę towarów rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel.
Z kolei zgodnie z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT, przez świadczenie usług rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów.
Z brzmienia powołanych przepisów wynika, iż pojęcia dostawy towarów i świadczenia usług na gruncie ustawy o VAT uzupełniają się w tym sensie, iż co do zasady, czynności podejmowane przez podatników należy uznać za świadczenie usług, o ile nie stanowią one dostawy towarów.
W konsekwencji, należy uznać, iż świadczenie na rzecz odbiorców zewnętrznych odpłatnych usług w zakresie wykorzystania Infrastruktury stanowi/stanowić będzie czynności podlegające opodatkowaniu VAT wykonywane w ramach prowadzonej przez … działalności gospodarczej.
Zważywszy natomiast, że ani ustawa o VAT ani też wydane na jej podstawie rozporządzenia nie przewidują zwolnienia z VAT dla czynności udostępnienia Infrastruktury, względnie świadczenia usług badawczych lub wdrożeniowych czynności powyższe nie podlegają/nie będą podlegać takiemu zwolnieniu.
Stanowisko … znajduje potwierdzenie w szeregu interpretacji indywidualnych, przykładowo w interpretacji indywidualnej Dyrektor Izby Skarbowej w Bydgoszczy w interpretacji sygn. ITPP2/443-253B/07/JK.
Mając na uwadze powyższe, zdaniem Wnioskodawcy, opisane usługi związane z wykorzystywaniem Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych stanowią/będą stanowić działalność gospodarczą oraz że czynności te są/będą usługami opodatkowanymi VAT po stronie …, niekorzystającymi ze zwolnienia z tego podatku.
Ad 2. oraz Ad. 3
Zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, w zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych VAT, podatnikowi, o którym mowa w art. 15 ustawy o VAT, przysługuje prawo do obniżenia podatku należnego o kwotę podatku naliczonego z pewnymi zastrzeżeniami niemającymi zastosowania w przedmiotowej sytuacji.
Dla oceny możliwości skorzystania z prawa do odliczenia, w każdym przypadku istotne jest ustalenie czy towary i usługi, przy zakupie których naliczono VAT:
- zostały nabyte przez podatnika tego podatku oraz
- pozostają w bezspornym związku z wykonywanymi przez niego czynnościami opodatkowanymi.
Z powyższego wynika, iż prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje tylko wówczas, gdy powyższe warunki są spełnione łącznie, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do czynności opodatkowanych VAT. Warunkiem umożliwiającym podatnikowi skorzystanie z prawa do odliczenia podatku naliczonego jest związek zakupów z wykonywanymi czynnościami opodatkowanymi, tj. z czynnościami, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).
Jak wskazano powyżej, odpłatne świadczenie usług przy wykorzystaniu Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych stanowi/stanowić będzie czynność podlegającą opodatkowaniu VAT, stosownie do art. 5 ust. 1 pkt 1 w zw. z art. 8 ust. 1 ustawy o VAT. Natomiast w przypadku wykorzystywania Infrastruktury na rzecz odbiorców wewnętrznych, czynność ta nie jest/nie będzie objęta regulacjami ustawy o VAT.
W konsekwencji, zdaniem ..., Infrastruktura jest/będzie przez nią wykorzystywana zarówno do czynności, które podlegają opodatkowaniu VAT, jak i czynności pozostających poza zakresem regulacji ustawy VAT.
Jednocześnie, ... nie jest/nie będzie w stanie dokonać tzw. alokacji bezpośredniej, tj. bezpośredniego przyporządkowania ponoszonych wydatków do poszczególnych rodzajów wykonywanej działalności, tj. do czynności, jej zdaniem, opodatkowanych VAT lub niepodlegających ustawie o VAT.
W konsekwencji, zastosowanie powinien znaleźć art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, zgodnie z którym w przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, kwotę podatku naliczonego oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej - tzw. "sposobem określenia proporcji". Jednocześnie sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.
Podstawową kwestią dla poprawnego zastosowania art. 86 ust. 2a ustawy o VAT jest właściwe obliczenie sposobu określenia proporcji. ... zauważa, iż w ustawie o VAT nie przewidziano jednego ściśle określonego sposobu kalkulacji proporcji. Równocześnie w art. 86 ust. 2c ustawy o VAT wymieniono jedynie przykładowe dane, które można wykorzystać przy wyborze sposobu określenia proporcji. Należy jednak podkreślić, iż przepis ten wskazuje na dane, które podatnik może wykorzystać, nie wskazując jednocześnie na samą metodę obliczenia sposobu określenia proporcji.
Zgodnie z art. 86 ust. 2c ustawy o VAT, danymi służącymi do obliczenia sposobu określenia proporcji mogą być w szczególności:
- średnioroczna liczba osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;
- średnioroczna liczba godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;
- roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;
- średnioroczna powierzchnia wykorzystywana do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.
Wskazane dane nie mają charakteru wiążącego i stanowią jedynie wskazówki dla podatników, w oparciu o jakie metody możliwe jest obliczenie sposobu określenia proporcji.
W tym zakresie stanowisko doktryny jednolicie prezentuje pogląd tożsamy ze stanowiskiem Wnioskodawcy (por. przykładowo: T. Michalik – „Lista ujęta w ust. 2c ma charakter jedynie przykładowy i może być wykorzystywana przez podatnika jako pomoc. Podatnik może wybrać wszystkie dane z tych ujętych w ust. 2c albo też pominąć je, jeżeli uzna, że inna metoda w lepszym stopniu odnosi się do jego rodzaju działalności i dokonywanych nabyć towarów i usług.” - T. Michalik, VAT. Komentarz, wyd. 13 Warszawa 2017, komentarz do art. 86; A. Bartosiewicz – „Jeśli wziąć pod uwagę, że określone wyżej sposoby liczenia prestruktury są jedynie przykładowe (zgodnie z ustawą), podatnik może przyjmować inne sposoby, w tym oparte na sui generis mutacji powyższych czy też ich połączeniu (na podstawie działań na macierzach, np. macierzy łączącej średnioroczne zatrudnienie ze sposobem wykorzystania powierzchni)" - A. Bartosiewicz, VAT. Komentarz, wyd. 11, komentarz do art. 86).
W tym miejscu należy zaznaczyć, iż niezależnie od tego, według jakiej metody sposób określenia proporcji został obliczony, w każdym przypadku musi on realizować kryteria wskazane w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT, zgodnie z którym sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:
- zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane; oraz
- obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza.
... wskazuje, iż zgodnie z wykładnią językową powyższego przepisu, wskazane w nim przesłanki muszą zostać spełnione łącznie, aby uznać, że dany sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Łączne ich spełnienie warunkuje zatem możliwość zastosowania przyjętego sposobu określenia proporcji. Dlatego też każdorazowo przyjmowany sposób określenia proporcji winien być przeanalizowany pod kątem zgodności z art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Obligatoryjne cechy prewspółczynnika w świetle Dyrektywy VAT i orzecznictwa TSUE
Podkreślić należy, iż głównym celem wprowadzenia do ustawy o VAT przepisów art. 86 ust. 2a-2h dotyczących metody wyliczenia prewspółczynnika, jest zobowiązanie podatników do dokonywania odliczenia podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do czynności opodatkowanych - wykonywanych w ramach działalności gospodarczej. Ma to pozwolić na pełniejsze dostosowanie przepisów ustawy o VAT do prawa unijnego i orzecznictwa Trybunału. TSUE w wydanych wyrokach, przedstawia konieczność obliczania podatku naliczonego stosując prewspółczynnik, ale przy poszanowaniu prawa unijnego. Przykładowo w wyroku w sprawie C-437/06 Securenta Göttinger Immobilienanlagen und Vermögensmanagement AG przeciwko Finanzamt Göttingen przedstawił następujące stanowisko:"(...) przepisy szóstej dyrektywy nie obejmują zasad, których przedmiotem są metody lub kryteria jakie państwa członkowskie są zobowiązane stosować, gdy przyjmują przepisy pozwalające na podział kwot podatku naliczonego - według których odpowiednie wydatki mają związek z działalnością gospodarczą lub działalnością niemającą charakteru gospodarczego. (...) W tych okolicznościach, aby podatnicy mogli dokonywać koniecznych obliczeń, do państw członkowskich należy ustalenie metod i kryteriów właściwych dla tego celu, z poszanowaniem zasad, które stanowią podstawę wspólnego systemu podatku VAT".
W tym zakresie TSUE orzekł, że skoro szósta dyrektywa nie zawiera niezbędnych wskazówek dla takich liczbowych ustaleń, państwa członkowskie są zobowiązane do wykonywania swoich kompetencji z uwzględnieniem celu i struktury tej dyrektywy (zob. podobnie wyrok z dnia 14 września 2006 r. w sprawie C-72/05 Wollny).
W szczególności, jak stwierdził rzecznik generalny w pkt 47 swojej opinii, „instrumenty, które państwa członkowskie mają przyjąć w tym zakresie, powinny szanować zasadę neutralności podatkowej, na której opiera się wspólny system podatku VAT (...) ustalenie metod i kryteriów podziału kwot podatku naliczonego pomiędzy działalność gospodarczą i działalność niemającą charakteru gospodarczego w rozumieniu szóstej dyrektywy należy do swobodnego uznania państw członkowskich, które korzystając z tego uprawnienia powinny uwzględniać cel i strukturę tej dyrektywy i na tej podstawie określić sposób obliczania obiektywnie odzwierciedlający część wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z tych rodzajów działalności”.
TSUE w wydanych wyrokach także wskazuje na możliwość stosowania wielu metod wyliczania pre-współczynników. W cytowanym powyżej wyroku w sprawie C-437/06 TSUE w następujący sposób wypowiedział się odnośnie do różnych metod ustalenia pre-współczynnika: "Zatem państwa członkowskie powinny korzystać z przysługującego im swobodnego uznania w taki sposób, aby zapewnić, że odliczenie będzie dokonywane wyłącznie w odniesieniu do tej części podatku VAT, która jest proporcjonalna do kwoty przypadającej na czynności uprawniające do odliczenia. (...) Należy dodać, że w ramach korzystania z tego uprawnienia państwa członkowskie są upoważnione do stosowania w danym przypadku klucza inwestycyjnego, bądź klucza transakcyjnego, bądź też jeszcze innego właściwego klucza, nie będąc przy tym zobowiązane do ograniczania się do jednej z tych metod".
Powyższe uwagi należy rozpatrywać w kontekście zasady neutralności VAT, która stanowiła niejednokrotnie przedmiot rozważań TSUE. W cytowanym wcześniej wyroku Trybunał w sprawie C-437/06 Securenta, wskazano, iż: „System odliczeń ustanowiony przez szóstą dyrektywę ma na celu całkowite uwolnienie przedsiębiorcy od ciężaru podatku VAT należnego lub zapłaconego w ramach jego całej działalności gospodarczej. Wspólny system podatku VAT gwarantuje w ten sposób w zakresie ciężaru podatkowego neutralność każdej działalności gospodarczej - niezależnie od jej celu lub wyników (zob. wyroki: z dnia 14 lutego 1985 r. w sprawie 268/83 Rompelman, Rec. S. 655, pkt 19; z dnia 15 stycznia 1998 r. w sprawie C-37/95 Ghent Coal Terminal, Rec. S. I-1, pkt 15; i z dnia 21 lutego 2006 r. w sprawie C-223/03 University of Huddersfield, Zb.Orz.s. I-1751, pkt 47".
Należy podkreślić, iż zasada neutralności wymaga, aby sposób obliczenia odzwierciedlał obiektywnie rzeczywistą część wydatków na nabycie towarów i usług o mieszanym wykorzystaniu, które dają prawo do odliczenia.
Podsumowując, w świetle orzecznictwa TSUE sposób określenia proporcji musi po pierwsze realizować zasadę neutralności VAT, po drugie ustalenie metod i kryteriów podziału kwot podatku naliczonego pomiędzy działalność gospodarczą i działalność niemającą charakteru gospodarczego, musi uwzględniać cel i strukturę Dyrektywy VAT, a więc musi być to sposób obiektywnie odzwierciedlający część wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z tych rodzajów działalności, po trzecie możliwe jest stosowanie wielu metod wyliczania sposobu określenia proporcji.
Możliwość odejścia od prewspółczynnika z Rozporządzenia jako jego podstawowe założenie
Artykuł 86 ust. 22 ustawy o VAT wskazuje, iż Minister właściwy do spraw finansów publicznych może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników sposób określenia proporcji uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazać dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji, uwzględniając specyfikę prowadzonej działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego.
Dla jednostek instytutu badawczego sposób ten określony został w Rozporządzeniu. Niemniej, w świetle art. 86 ust. 2h ustawy o VAT w przypadku, gdy podatnik, dla którego sposób określenia proporcji wskazują przepisy wydane na podstawie art. 86 ust. 22 (tj.m.in. w przypadku ...), uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji.
Powyższe potwierdza również uzasadnienie do projektu rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, w którym wskazano, iż: „Wskazanie dla podmiotów wymienionych w projektowanym rozporządzeniu sposobu określenia proporcji uznanego w ich przypadku za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć ułatwi im określenie najwłaściwszego, biorąc pod uwagę specyfikę ich działalności i dokonywanych nabyć, sposobu obliczenia podatku podlegającego odliczeniu. Celem ww. sposobu zaproponowanego w projektowanym rozporządzeniu jest przede wszystkim zagwarantowanie pewności prawa tym podmiotom. Pozwoli to także zminimalizować ewentualne przyszłe spory z organami podatkowymi na gruncie rozliczania podatku naliczonego. Podkreślenia jednak wymaga, że zgodnie z zapisem ustawowym (art. 86 ust. 2h ustawy o VAT), podatnicy, którym dedykowane jest to rozporządzenie nie muszą stosować zawartych w nim zapisów i mogą stosować inny - bardziej w ich ocenie - reprezentatywny sposób określenia proporcji, przy czym rezygnując ze stosowania przepisów rozporządzenia nie skorzystają z pewności prawa gwarantowanej tym aktem”.
Wnioskodawca również wskazuje, że w broszurze informacyjnej Ministra Finansów z dnia 17 lutego 2016 r. w sprawie zasad odliczania podatku od towarów i usług przez podatników prowadzących działalność o charakterze mieszanym, z uwzględnieniem zmian wprowadzonych od 1 stycznia 2016 r. (str. 7), Minister Finansów zaznaczył, iż jednostki samorządu terytorialnego, samorządowe instytucje kultury i państwowe instytucje kultury oraz uczelnie publiczne i instytuty badawcze mogą stosować inną metodę określenia pre-współczynnika, aniżeli ta przedstawiona w Rozporządzeniu "pod warunkiem, że metoda ta zapewnia bardziej dokładne niż metoda wskazana w Rozporządzeniu przyporządkowanie podatku naliczonego do czynności dających prawo do odliczenia oraz obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadających na działalność gospodarczą". Minister Finansów wyraźnie zaznaczył więc, iż sposób określenia proporcji wskazany w Rozporządzeniu ma na celu zagwarantowanie pewności prawa oraz minimalizację liczby sporów z organami podatkowymi, jednakże podkreślił, iż rezygnacja ze sposobu określenia proporcji określanego zgodnie z Rozporządzeniem jest jak najbardziej uzasadniona, co wprost potwierdzają uregulowania aktu prawnego wyższego rzędu niż Rozporządzenie, a więc art. 86 ust. 2h ustawy o VAT.
W konsekwencji, należy wskazać, iż Minister Finansów przyjmuje, że przepisy Rozporządzenia stanowią rozwiązanie mające na celu uproszczenie i wprowadzenie jednolitej, domyślnej metodologii ustalenia sposobu określenia proporcji, jednakże wobec skomplikowania i znacznej złożoności działalności instytutu badawczego, przepisy Rozporządzenia są w oczywisty sposób niedoskonałe i nie odnoszą się do wszelkich rodzajów działalności wykonywanych przez jednostki samorządu terytorialnego, a przez to nie mają charakteru uniwersalnego, lecz stanowią jedynie uproszczenie dla jednostek samorządu terytorialnego, przez co nie zawsze będą one najpełniej realizowały kryteria wskazane w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
W odniesieniu do sposobu określenia proporcji konieczność każdorazowego spełnienia kryteriów wymienionych w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT wynika również z hierarchii źródeł prawa powszechnie obowiązującego, zgodnie z którą rozporządzenia mają charakter wykonawczy (podrzędny) w odniesieniu do aktów prawnych rangi ustawowej. Oznacza to, iż określenie metodologii kalkulacji sposobu określenia proporcji w oparciu o przepisy Rozporządzenia jest dopuszczalne o ile metodologia ta spełnia wymogi przewidziane w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT. Jeżeli metodologia kalkulacji sposobu określenia proporcji na podstawie Rozporządzenia w zestawieniu ze sposobem wykorzystania konkretnego wydatku nie pozwoli na spełnienie ww. warunków, taka proporcja nie powinna być stosowana jako sprzeczna z przepisami ustawy oraz zasadą neutralności VAT. Stanowisko przedstawione przez ... zostało potwierdzone m.in. w wyroku Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego (dalej: "WSA") w Warszawie z dnia 19 lipca 2018 r., sygn. akt: VIII SA/Wa 319/18, wydanym w podobnej sprawie.
Podobne wnioski płyną także z prawomocnego wyroku WSA w Poznaniu z dnia 6 grudnia 2016 r., sygn. I SA/Po 872/16, w którym Sąd orzekł, iż: "podatnicy wymienieni w rozporządzeniu mają prawo zastosować inny sposób określenia proporcji, o ile wykażą, że ten inny sposób jest bardziej reprezentatywny do całej działalności gospodarczej, a zaproponowana metoda będzie odpowiadała najbardziej specyfice prowadzonej przez podatnika działalności gospodarczej. Należy zwrócić również uwagę na regulacje zawarte w art. 86 ust. 2e i 2f u.p.t.u., na mocy, których podatnik, który uzna, że w odniesieniu do wykonywania przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć dane za poprzedni rok podatkowy byłyby niereprezentatywne, w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego przyjmuje dane wyliczone szacunkowo, według prognozy uzgodnionej z naczelnikiem urzędu skarbowego w formie protokołu. Ten przepis ma zastosowanie również w stosunku do podmiotów wymienionych w rozporządzeniu. Zatem mając na uwadze wymienione wyżej przepisy; art. 86 ust. 2h oraz 2e i 2f u.p.t.u. należy jednoznacznie stwierdzić, że ustawodawca wskazane w ustawie i rozporządzeniu sposoby określenia proporcji nie uznaje za obligatoryjne".
Nieadekwatność prewspółczynnika z Rozporządzenia w przedmiotowej sprawie
Zdaniem Wnioskodawcy, sposób określenia proporcji wskazany w Rozporządzeniu jest zupełnie nieodpowiedni dla ustalenia udziału działalności gospodarczej wykonywanej z wykorzystaniem Infrastruktury w całości działalności ... wykonywanej z użyciem Infrastruktury, bowiem nie odpowiada specyfice realizowanej przez ... w ramach FENG Projektu realizacji 3 niezależnych komercyjnych laboratoriów, ani specyfice nabyć z nią związanych.
Sposób określenia proporcji wskazany w Rozporządzeniu obliczany jest najogólniej jako udział obrotu z działalności gospodarczej instytutu badawczego w całości przychodów uzyskiwanych przez instytut badawczych, a co ujmuje poniższy wzór i szczegółowy opis:
Oznacza to, że proporcja ta uwzględnia wszystkie przychody zrealizowane przez zakład budżetowy ze wszystkich segmentów działalności tej jednostki organizacyjnej, podczas gdy rodzajowo część z nich może nie mieć żadnego związku z Infrastrukturą. Innymi słowy, przychody te - poza przychodami z tytułu usług udostępnienia Infrastruktury odbiorcom zewnętrznym lub świadczenia usług z wykorzystaniem Infrastruktury albo prowadzenia badań na cele odbiorców wewnętrznych w ramach Infrastruktury - nie są generowane poprzez wykorzystanie Infrastruktury.
... przy tym zaznacza, iż na wartość prewspółczynnika obliczonego według metodologii zawartej w Rozporządzeniu mają wpływ otrzymywane przez instytuty badawcze subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze. Dotacje te są ujmowane wyłącznie w mianowniku proporcji jako czynności niepodlegające opodatkowaniu VAT, pomimo, iż ... otrzymuje dotacje w przeważającym zakresie w związku z wykonywaniem działalności niegospodarczej. W takim przypadku, pomimo związania środków otrzymanych w formie dotacji z wykorzystaniem Infrastruktury w ramach działalności gospodarczej, wartość sposobu określenia proporcji ulega obniżeniu (dotacja na potrzeby Rozporządzenia jest uznawana za przychody zakładu niezwiązane z działalnością gospodarczą, co nie zawsze ma miejsce). Konkludując, metodologia kalkulacji sposobu określenia proporcji zgodnie z Rozporządzeniem zawiera istotne wady konstrukcyjne, co zostało potwierdzone m.in. w wyroku NSA z dnia 26 czerwca 2018 r. sygn. akt: I FSK 219/18. Analizując opisaną w stanie faktycznym / zdarzeniu przyszłym strukturę obrotu z działalności Infrastruktury ..., a więc licznika ułamka stosowanego w celu obliczenia pre-współczynnika z Rozporządzenia, należy wskazać na pozycje, które nie mając związku z wykorzystaniem Infrastruktury zniekształcają (tu: zaniżają) przysługujące ... prawo do odliczenia VAT z wydatków na Infrastrukturę, a tym samym przekreślają całkowicie wymogi stawiane przez art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Analogiczna sytuacja ma miejsce w przypadku mianownika ww. ułamka, gdzie szereg pozycji przychodowych zupełnie nie ma związku z wykorzystaniem Infrastruktury, a zaniża przysługujące ... prawo do odliczenia VAT w związku z wydatkami na Infrastrukturę.
Zastosowanie proporcji z Rozporządzenia może być uzasadnione w stosunku do wydatków ogólnych, takich jak oświetlenie, ogrzewanie, zakup środków czystości, które zwykle służą całokształtowi działalności ... (wszystkim realizowanym przez …. czynnościom). Wydatków takich nie da się przyporządkować do wybranych czynności realizowanych przez ... i w konsekwencji oparcie zakresu prawa do odliczenia VAT na udziale obrotu z działalności gospodarczej w ogólnych przychodach jest uzasadnione.
Zupełnie inaczej jednak wygląda sytuacja w przypadku wydatków związanych z Infrastrukturą, gdzie możliwe jest precyzyjne obliczenie stopnia wykorzystania Infrastruktury do czynności opodatkowanych VAT i do czynności pozostałych za pomocą ilości godzin wykorzystywana Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych i odbiorców wewnętrznych.
W takiej sytuacji zastosowanie proporcji opartej na udziale obrotu z działalności gospodarczej w ogólnych przychodach byłoby całkowitym zaprzeczeniem wymogów określonych w art. 86 ust. 2a i 2b ustawy o VAT - podejście takie nie uwzględniałoby ani specyfiki działalności ani dokonywanych przez ... nabyć (zakupy związane bezpośrednio z Infrastrukturą i niezwiązane bezpośrednio z żadnymi innymi obszarami). Co więcej, podejście takie byłoby ewidentnie krzywdzące dla Wnioskodawcy, bowiem doprowadziłoby do znaczącego obniżenia zakresu prawa do odliczenia VAT.
Mając na uwadze powyższe, zdaniem Wnioskodawcy, metoda kalkulacji sposobu określenia proporcji wskazana w Rozporządzeniu nie może być zastosowana względem zakupów dotyczących realizacji Infrastruktury, gdyż w omawianym zakresie nie spełni ona wskazanych wyżej przesłanek zawartych w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT. Sposób wyliczenia pre-współczynnika wskazany w Rozporządzeniu w sposób ewidentny nie odpowiada najbardziej specyfice działalności ... i dokonywanych nabyć w zakresie Infrastruktury. Opiera się on na udziale obrotu z działalności gospodarczej w całości przychodów wykonywanych ..., z których część może nie wykazywać żadnego związku z wykorzystaniem Infrastruktury. Oznacza to, że nie odzwierciedla on właściwie wykorzystania do celów działalności gospodarczej ... zakupów dotyczących Infrastruktury. Zastosowanie pre-współczynnika obliczonego na podstawie Rozporządzenia względem wskazanych powyżej zakupów stanowiłoby zatem nieuzasadnione naruszenie zasady neutralności podatku VAT.
W konsekwencji powyższego, ... jest/będzie obowiązana do odstąpienia od sposobu dokonywania odliczeń podatku VAT z wykorzystaniem przepisów Rozporządzenia, gdyż sposób ten jest/będzie niereprezentatywny dla danych Wydatków inwestycyjnych związanych z Infrastrukturą.
W konsekwencji, ... jest/będzie uprawniona do zastosowania bardziej reprezentatywnej metody odliczenia VAT dla każdego nabywanego dobra inwestycyjnego, zaś w przypadku Infrastruktury taką metodą będzie prewspółczynnik godzinowy, gdyż w niniejszej sprawie klucz odliczenia wynikający z Rozporządzenia nie odpowiada najbardziej specyfice działalności PAN i dokonywanych przez niego nabyć.
Możliwość stosowania wielu prewspółczynników
Wnioskodawca jednocześnie podkreśla, że na gruncie obowiązujących przepisów nie ma żadnych przeszkód, aby do różnych sektorów działalności jednego podatnika stosować różne pre-współczynniki. Możliwość tę potwierdza już literalne brzmienie art. 86 ust. 2a ustawy o VAT, zgodnie z którym, gdy przypisanie nabywanych " (...) towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego (...) oblicza się zgodnie ze (...) "sposobem określenia proporcji". Sposób ten "powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć".
Z treści przytoczonego przepisu nie wynika obowiązek stosowania wyłącznie jednej proporcji.
Przeciwnie, przepis ten zobowiązuje podatnika, aby każdy zakup weryfikował pod kątem jego wykorzystania i jeśli w danym przypadku stwierdzi związek z działalnością gospodarczą i inną działalnością, to ma obowiązek zastosować proporcję uwzględniającą zarówno działalność, do której wykorzystuje ten zakup (specyfika działalności), jak i rodzaj tego zakupu (specyfika nabycia). A zatem respektując nałożony przez ten przepis obowiązek uwzględniania specyfiki działalności i nabyć, każde nabycie towarów i usług podatnik powinien rozpatrywać oddzielnie, co ewidentnie wymaga stosowania odrębnych prewspółczynników dla różnych rodzajów prowadzonej działalności i różnych nabyć.
Oczywiście nie jest wykluczone, że określona grupa nabyć wykorzystywanych w danym sektorze działalności będzie mogła być odliczana tym samym prewspółczynnikiem, ale przepis w żadnym wypadku nie wymaga, aby do wszystkich nabyć stosować ten sam prewspółczynnik.
Również ratio legis powyższej normy jednoznacznie przemawia za odrzuceniem takiej tezy, bowiem dokonywanie odliczeń VAT naliczonego z faktur VAT dokumentujących wszystkie ponoszone przez Wnioskodawcę wydatki przy zastosowaniu wyłącznie jednej proporcji byłoby daleko idącym uproszczeniem, które z założenia nie uwzględniałoby specyfiki prowadzonej przez ... działalności i dokonywanych przez nią nabyć, a więc byłoby rozwiązaniem dokładnie odwrotnym od tego wymaganego przez art. 86 ust. 2a ustawy o VAT.
W konsekwencji, sam fakt ustalenia przez Ministra Finansów w Rozporządzeniu określonej metody liczenia prewspółczynnika dla instytucji badawczych nie przesądza, że prewspółczynnik taki jest obligatoryjny we wszystkich przypadkach. W odniesieniu do nabyć i rodzajów działalności, dla których metoda ta nie jest adekwatna, stosować należy inne metody, które są bardziej reprezentatywne.
Powyższe potwierdza w całej rozciągłości wspomniany wyżej wyrok NSA z dnia 26 czerwca 2018 r. o sygn. I FSK 219/18, w którym Sąd wskazał, że „Niezależnie od sposobu sformułowania samych wymogów stawianych proporcji odliczenia, nie można tracić z pola widzenia, że interpretacja analizowanych unormowań musi odbywać się w świetle całej regulacji zawartej w art. 86, która formułuje prawo do odliczenia jako element konstrukcji podatku urzeczywistniający zasadę neutralności VAT. Cechy konstrukcyjne systemu VAT uzasadniają więc wykładnię ww. przepisów dopuszczającą możliwość określenia proporcji odliczenia w odniesieniu do konkretnego rodzaju działalności wykonywanej przez Gminę. Podejście takie uwzględnia złożoną strukturę działań realizowanych przez jednostkę samorządu terytorialnego i urzeczywistnia uprawnienie podatnika do wyboru metody najbardziej reprezentatywnej, pozwalając na poszukiwanie klucza odpowiadającego specyfice realizowanej działalności i dokonywanych nabyć, a w rezultacie na odliczenie podatku w proporcji możliwie najbardziej odpowiadającej związkowi zakupów z działalnością opodatkowaną”.
Pre-współczynnik godzinowy jako metoda bardziej reprezentatywna
Jak już zostało wskazane ... nie jest / nie będzie w stanie dokonać tzw. alokacji bezpośredniej, tj. przyporządkowania ponoszonych Wydatków inwestycyjnych do poszczególnych rodzajów wykonywanej działalności, tj. do czynności, jej zdaniem, opodatkowanych VAT lub niepodlegających ustawie o VAT.
Niemniej, ... jest/będzie w stanie określić udział liczby godzin:
- wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych (czynności opodatkowane VAT) w liczbie ilości godzin wykorzystywania danego laboratorium lub jego części poprzez usługę udostępnienia Infrastruktury albo odpłatną usługę podwykonawstwa badań naukowych lub prac wdrożeniowych albo też jako odpłatne wykorzystanie Infrastruktury w ramach wspólnego przedsięwzięcia, co następuje na rzecz odbiorców wewnętrznych;
- wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych - własnych pracowników na cele badawcze i naukowe w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem od jej wykorzystania na potrzeby odbiorców zewnętrznych i odbiorców wewnętrznych.
Obliczona w ten sposób proporcja najpełniej realizuje wymogi art. 86 ust. 2a i 2b ustawy o VAT. Przede wszystkim najbardziej odpowiada ona na specyfice wykonywanej przez ... działalności w zakresie realizacji 3 niezależnych jednostek wewnętrznych - komercyjnych laboratoriów, bowiem odnosi się wyłącznie do tej działalności i opiera się na metodzie pomiaru tej działalności wykorzystywanej dla określenia wysokości związanego z nią obrotu opodatkowanego VAT. Ponadto odpowiada ona w pełni specyfice realizowanych przez ... nabyć związanych z działalnością Infrastruktury, gdyż przyjęta metoda obliczeń opiera się właśnie na wykorzystaniu tych nabyć (wykorzystanie to polega na obliczeniu godzin wykorzystywania Infrastruktury na cele gospodarcze, co mierzy się w godzinach).
Proporcja obliczona na podstawie ilości godzin wykorzystywania Infrastruktury stanowi obiektywny miernik realnego wykorzystania Infrastruktury do poszczególnych rodzajów czynności.
Na podstawie dokonanych obliczeń, opartych na sprawdzalnych danych, w pełni mierzalnych i określonych, ... jest/będzie w stanie podać, w jakim stopniu wykorzystuje Infrastrukturę do czynności opodatkowanych VAT, a w jakim stopniu do czynności pozostałych. Przyjęta więc przez Wnioskodawcę metoda zapewnia zgodnie z wymogiem art. 86 ust. 2b ustawy o VAT dokonanie obniżenia VAT wyłącznie w części przypadającej na czynności opodatkowane VAT i obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą na oba realizowane przez ... z wykorzystaniem Infrastruktury rodzaje działalności.
Metoda zaproponowana przez Wnioskodawcę, daje możliwość obiektywnego i najbardziej rzetelnego wyodrębnienia części wydatków faktycznie przypadających odpowiednio na każdy z rodzajów czynności, do wykonywania których jest wykorzystywana Infrastruktura, w przeciwieństwie do sposobu określenia proporcji wskazanego w Rozporządzeniu.
W opinii Wnioskodawcy, odniesieniu do Infrastruktury metody obliczania sposobu określenia proporcji określone w Rozporządzeniu nie realizują przesłanek wynikających z art. 86 ust. 2b ustawy o VAT. Zdaniem ..., w sprawie objętej zakresem niniejszego wniosku, dane służące do obliczenia sposobu określenia proporcji wskazane w Rozporządzeniu nie będą spełniały wskazanych przesłanek Ustawodawcy do uznania sposobu określenia proporcji obliczonego na ich podstawie za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej działalności ze względu na specyficzny sposób wykorzystywania Infrastruktury przez ....
Skoro Infrastruktura jest/będzie wykorzystywana przez ... do ściśle określonej działalności, to przy obliczaniu sposobu określenia proporcji należy posłużyć się danymi odnoszącymi się ściśle do Infrastruktury, gdyż w żadnym razie nie można uznać, iż dane odnoszące się ogólnie do całej działalności ... będą obiektywnie odzwierciedlały część wydatków przypadającą na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza w odniesieniu do Infrastruktury.
W szczególności Wnioskodawca wskazuje, iż działalność ... może być bardzo szeroka, a działalność związana z Infrastrukturą będzie tylko jednym z wielu jej segmentów. Mając na uwadze powyższe, nie jest możliwe twierdzenie, iż przewidziany w Rozporządzeniu sposób określenia proporcji uwzględniający wszystkie wskazane powyżej segmenty działalności ..., w przypadku wydatków w obszarze Infrastruktury realizowanej w ramach FENG będzie zapewniał dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz będzie obiektywnie odzwierciedlał część wydatków w tym zakresie przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza. Przeciwnie, sposób ten znacząco zaniży wartość wydatków przypadającą na działalność gospodarczą.
W tej sytuacji, aby zapewnić w opisanej sytuacji zachowanie neutralności podatku VAT, a także zgodność z celem wprowadzenia przepisów zawartych w art. 86 ust. 2a-2 h ustawy o VAT stanowiących o sposobie określania proporcji, konieczne jest stosowanie przez ... w odniesieniu do wydatków związanych z Infrastrukturą sposobu określenia proporcji obliczonego na podstawie klucza godzinowego.
Zastosowanie sposobu określenia proporcji w odniesieniu do wydatków związanych z Infrastrukturą, wyliczonego w opisany powyżej sposób, zdaniem Wnioskodawcy, najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez ... działalności w ramach Infrastruktury i dokonywanych przez ... nabyć związanych z jej tworzeniem i późniejszym wykorzystaniem, a także najlepiej uwzględnia cel przepisów o proporcjonalnym odliczaniu podatku naliczonego.
Pre-współczynnik godzinowy uwzględnia w pełni to, jak ... będzie wykorzystywał Infrastrukturę i co to za Infrastruktura. W szczególności uwzględnia fakt, iż w przypadku urządzeń tego typu możliwy jest precyzyjny pomiar wykorzystania za pomocą elektroniczny system kontrolujący dostęp do aparatury i jej wykorzystywania (z uwzględnieniem wykorzystywania urządzeń do działań związanych ze sprawdzeniem poprawności działania albo przeszkolenia nowego użytkownika w jego obsłudze) oraz rozpisania przez pracowników realizacji zadań lub udostępnień Infrastruktury podmiotom trzecim. Znając liczbę godzin wykorzystywania Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych oraz ogólną liczbę godzin wykorzystywania Infrastruktury można bez żadnego błędu, dokładnie i w sposób możliwy do zweryfikowania określić stopień wykorzystania Infrastruktury. Trudno jednocześnie o bardziej miarodajne i obiektywne kryterium. Jego zastosowanie wyklucza nieprawidłowości, które mogłyby pojawić się przy innych metodach, jak np. wpływ zmiennych stawek za usługi czy brak odpłatności za usługi na rzecz określonych odbiorców.
Metodologia zaprezentowana przez Wnioskodawcę uwzględnia również fakt, iż ... nie wykorzystuje/nie będzie wykorzystywać Infrastruktury do czynności innych niż funkcjonowanie komercyjnych niezależnych 3 jednostek laboratorium naukowo-badawczego, co jest kluczowe dla stwierdzenia jego większej reprezentatywności w porównaniu do sposobu określenia proporcji na podstawie Rozporządzenia, który uwzględnia dochody z czynności zupełnie niezwiązanych z Infrastrukturą.
Należy bowiem wskazać, iż obliczenie sposobu określenia proporcji na podstawie Rozporządzenia w oparciu o ogólną działalność danej jednostki może istotnie zakłócić realizację wymogu ustawowego przewidzianego w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT. Metodologia określona w Rozporządzeniu została bowiem oparta na założeniu wykonywania przez instytut badawczy w zasadniczym stopniu działalności innej niż gospodarcza, zaś tworzone jednostki laboratorium z założenia mają być w głównej mierze wykorzystywane w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu ustawy o VAT. W odniesieniu do prowadzonej przez ... działalności w ramach Infrastruktury, odmiennie niż zakłada Rozporządzenie to właśnie działalność inna niż gospodarcza ma charakter marginalny, nieistotny i sporadyczny. Wykorzystanie Infrastruktury przez ... służy w przeważającym stopniu realizacji działalności gospodarczej. Zatem w przypadku przyjęcia metodologii określonej w Rozporządzeniu na potrzeby określenia zakresu wykorzystania Infrastruktury do działalności gospodarczej, może dojść do ustalenia sposobu określenia proporcji na poziomie odbiegającym od faktycznego wykorzystania Infrastruktury.
Tymczasem prewspółczynnik godzinowy jest metodą odwołującą się do najbardziej obiektywnych kryteriów (pomiar realnego wykorzystania w godzinach) i w pełni realizuje przesłanki wskazane w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
W szczególności Wnioskodawca wskazuje, iż w przypadku zastosowania klucza godzinowego, niezależnie od faktu, która jednostka (zewnętrzna czy wewnętrzna) będzie użytkowała Infrastrukturę, wartość prewspółczynnika godzinowego nie będzie ulegała zmianie. Natomiast w przypadku zastosowania sposobu określenia proporcji zgodnie z Rozporządzeniem, jego wartość będzie ulegała zmianom w zależności od okoliczności, która z jednostek będzie wykorzystywała Infrastrukturę.
W konsekwencji, zestawiając te dwa sposoby określenia proporcji, należy stwierdzić, iż w porównaniu do prewspółczynnika godzinowego, sposób określenia proporcji ustalony na podstawie Rozporządzenia istotnie zniekształca kwotę VAT naliczonego podlegającego odliczeniu, która w takim wypadku jest nieadekwatna do stopnia wykorzystania Infrastruktury do działalności gospodarczej. Metoda obliczania sposobu określenia proporcji proponowana przez Wnioskodawcę eliminuje wskazane wady.
Podsumowując, zdaniem Wnioskodawcy, w odniesieniu do ponoszonych Wydatków inwestycyjnych przysługuje mu/będzie mu przysługiwało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego w zakresie, w jakim są/będą one wykorzystywane do czynności opodatkowanych VAT przy zastosowaniu prewspółczynnika godzinowego.
Końcowo, ... jeszcze raz podkreśla, iż przedstawiona wyżej metodologia (prewspółczynnik godzinowy)) spełnia przesłanki określone w art. 86 ust. 2a i 2b w związku z art. 86 ust. 2h ustawy o VAT, w szczególności najbardziej oddaje specyfikę prowadzonej działalności i obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą na działalność opodatkowaną oraz niepodlegającą VAT. Ustawodawca w art. 86 ust. 2h ustawy o VAT posługuje się bardzo szerokim sfomułowaniem o charakterze uznaniowym -" (...) podatnik (...) uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji".
Taka treść przepisu sugeruje, że to w gestii podatnika leży decyzja czy wybrana przez niego metodologia jest "lepsza" niż sposób określenia proporcji wskazany w Rozporządzeniu, a ... wskazała, że uznaje, iż prewspółczynnik godzinowy jest bardziej reprezentatywny z punktu prowadzonej przez nią działalności i dokonywanych nabyć niż metodologia przewidziana w Rozporządzeniu.
Ocena stanowiska
Stanowisko, które przedstawili Państwo we wniosku jest:
- prawidłowe w zakresie uznania czynności udostępniania Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych za działalność gospodarczą instytutu i uznanie ww. czynności za czynności podlegające opodatkowaniu VAT, niekorzystające ze zwolnienia z VAT,
- nieprawidłowe w zakresie w zakresie prawa do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą w związku z wykorzystaniem przez ... Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury/w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana będzie do wykonywania działalności gospodarczej i zastosowania klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem (na rzecz odbiorców zewnętrznych oraz odbiorców wewnętrznych).
Uzasadnienie interpretacji indywidualnej
Zgodnie z treścią art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t. j. Dz. U. z 2025 r. poz. 775 ze zm.), zwanej dalej „ustawą”:
Opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.
Jak stanowi art. 7 ust. 1 ustawy:
Przez dostawę towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel (…).
Natomiast zgodnie z art. 8 ust. 1 ustawy:
Przez świadczenie usług, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7, w tym również:
1)przeniesienie praw do wartości niematerialnych i prawnych, bez względu na formę, w jakiej dokonano czynności prawnej;
2)zobowiązanie do powstrzymania się od dokonania czynności lub do tolerowania czynności lub sytuacji;
3)świadczenie usług zgodnie z nakazem organu władzy publicznej lub podmiotu działającego w jego imieniu lub nakazem wynikającym z mocy prawa.
Z tak szeroko sformułowanej definicji wynika, że przez świadczenie usług należy przede wszystkim rozumieć określone zachowanie podatnika na rzecz odrębnego podmiotu, które zasadniczo wynika z dwustronnego stosunku zobowiązaniowego, zakładającego istnienie podmiotu będącego odbiorcą (nabywcą usługi), jak również podmiotu świadczącego usługę.
Aby uznać dane świadczenie za odpłatne, musi istnieć stosunek prawny pomiędzy świadczącym usługę a odbiorcą, a w zamian za wykonanie usługi powinno zostać wypłacone wynagrodzenie. Musi istnieć bezpośredni związek pomiędzy świadczoną usługą i przekazanym za nią wynagrodzeniem. Oznacza to, że z danego stosunku prawnego, na podstawie którego wykonywana jest usługa, musi wynikać wyraźna, bezpośrednia korzyść na rzecz świadczącego usługę.
W przytoczonych przepisach została zrealizowana zasada powszechności opodatkowania wyrażona w art. 1 Dyrektywy 2006/112/WE Rady z dnia 28 listopada 2006 r. w sprawie wspólnego systemu podatku od wartości dodanej (Dz. Urz. UE L Nr 347 str. 1 ze zm.). Definicja świadczenia usług stanowi dopełnienie definicji dostawy towarów. To pozwala stwierdzić, że opodatkowaniu podatkiem VAT podlegają wszystkie czynności odpłatnego obrotu profesjonalnego.
Nie każda jednak czynność stanowiąca dostawę towarów lub świadczenie usługi w rozumieniu art. 7 ust. 1 oraz art. 8 ust. 1 ustawy podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. Aby dana czynność podlegała opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług, musi być wykonana przez podatnika.
Stosownie do art. 15 ust. 1 ustawy:
Podatnikami są osoby prawne, jednostki organizacyjne niemające osobowości prawnej oraz osoby fizyczne, wykonujące samodzielnie działalność gospodarczą bez względu na cel lub rezultat takiej działalności.
Na podstawie art. 15 ust. 2 ustawy:
Działalność gospodarcza obejmuje wszelką działalność producentów, handlowców lub usługodawców, w tym podmiotów pozyskujących zasoby naturalne oraz rolników, a także działalność osób wykonujących wolne zawody. Działalność gospodarcza obejmuje w szczególności czynności polegające na wykorzystywaniu towarów lub wartości niematerialnych i prawnych w sposób ciągły dla celów zarobkowych.
Państwa wątpliwości, w pierwszej kolejności dotyczą uznania czynności udostępniania Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych za działalność gospodarczą Państwa Instytutu i uznania tych czynności za czynności podlegające opodatkowaniu VAT, niekorzystające ze zwolnienia z VAT.
W opisie sprawy wskazali Państwo, że Państwa Instytut jest zarejestrowanym czynnym podatnikiem podatku VAT. Przedmiotem działalności Państwa Instytutu jest prowadzenie badań naukowych w zakresie nauk biomedycznych skupionych na wyjaśnieniu podstawowych mechanizmów molekularnych procesów fizjologicznych i patofizjologicznych oraz biotechnologii medycznej. Instytut w dniu 24 stycznia 2025 r. zawarł umowę z Ośrodkiem Pr…. w ramach 2 Priorytetu Programu Fundusze Europejskie dla Nowoczesnej Gospodarki 2021-2027, na mocy której Państwa Instytut ma stworzyć i uruchomić m.in. 3 jednostki organizacyjne, tj. laboratoria identyfikacji i skriningu białek bioaktywnych, tj.:
1)Laboratorium … (IBM-1);
2)Laboratorium … (IBM-2);
3)Laboratorium …j (IBM-3); (dalej jako Projekt).
Przy pomocy infrastruktury poszczególnych laboratoriów Państwa Instytut po ich realizacji będzie świadczył głównie odpłatne (choć nie zawsze z marżą i nie zawsze po cenie rynkowej) usługi dostępu do szkoleń lub infrastruktury laboratorium albo też będzie świadczył w ramach danego laboratorium odpłatnie na zasadzie podwykonawstwa albo wspólnej kolaboracji usługi badawcze na rzecz odbiorców zewnętrznych (podmiotów gospodarczych, ale również jednostek o charakterze zbliżonym do charakteru i statusu ...).
Mając na uwadze przedstawione powyżej okoliczności sprawy, wskazania wymaga, że w przypadku świadczenia usług na rzecz odbiorców zewnętrznych, będą występowały skonkretyzowane świadczenia, które są wykonane między dwiema stronami umowy, tj. między Państwa Instytutem, który zobowiąże się do świadczenia przy pomocy infrastruktury poszczególnych laboratoriów odpłatnych usług dostępu do szkoleń lub infrastruktury laboratorium albo też do świadczenia w ramach danego laboratorium odpłatnie na zasadzie podwykonawstwa albo wspólnej kolaboracji usług badawczych na rzecz odbiorców zewnętrznych (podmiotów gospodarczych, ale również jednostek o charakterze zbliżonym do charakteru i statusu Państwa Instytutu).
Wobec powyższego wystąpi bezpośredni związek pomiędzy Państwa świadczeniem a zapłatą wnoszoną przez korzystających z ww. infrastruktury lub z usług badawczych wyświadczonych z wykorzystaniem Infrastruktury. Z uwagi na zaistnienie bezpośredniego związku pomiędzy otrzymanymi płatnościami, a zindywidualizowanymi świadczeniami na rzecz podmiotów zewnętrznych, czynności, które będą Państwo wykonywać w zamian za otrzymane płatności od odbiorców zewnętrznych będą stanowiły usługi podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług na podstawie art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy, a Państwo będą wykonywali ww. czynności w ramach działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy.
Wykonywana czynność, która podlega opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług może albo być opodatkowana właściwą stawką podatku VAT, albo może korzystać ze zwolnienia od tego podatku. Zaznaczenia przy tym wymaga, że zastosowanie zwolnienia od podatku możliwe jest tylko wówczas, gdy wynika to wprost z ustawy lub przepisów wykonawczych do ustawy.
Ani przepisy ustawy, ani też rozporządzeń wykonawczych do ustawy nie przewidują zwolnienia od podatku dla odpłatnego dostępu do szkoleń lub infrastruktury badawczej poszczególnych laboratoriów oraz świadczenia odpłatnie na zasadzie podwykonawstwa albo wspólnej kolaboracji usług badawczych na rzecz odbiorców zewnętrznych, w związku z czym czynności te nie będą korzystały ze zwolnienia od podatku VAT.
Zatem analiza okoliczności sprawy oraz obowiązujących przepisów prawa prowadzi do wniosku, że świadczenie usług odpłatnego dostępu do szkoleń lub infrastruktury badawczej poszczególnych laboratoriów oraz świadczenia odpłatnie na zasadzie podwykonawstwa albo wspólnej kolaboracji usług badawczych na rzecz odbiorców zewnętrznych, będzie stanowiło odpłatne świadczenie usług w rozumieniu art. 8 ust. 1 ustawy, podlegające opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług na mocy przepisu art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy, niekorzystające ze zwolnienia z opodatkowania podatkiem od towarów i usług.
Wobec powyższego Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 1 uznałem za prawidłowe.
Przechodząc natomiast do kwestii prawa do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą w związku z wykorzystaniem przez Państwa Instytut Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury/w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury, obliczonej według udziału procentowego, w jakim Infrastruktura wykorzystywana będzie do wykonywania działalności gospodarczej i zastosowania klucza odliczenia wyliczonego według udziału liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem (na rzecz odbiorców zewnętrznych oraz odbiorców wewnętrznych) wskazania wymaga, iż podstawowe zasady dotyczące odliczania podatku naliczonego zostały sformułowane w art. 86 ust. 1 ustawy.
W myśl tego przepisu:
W zakresie, w jakim towary i usługi są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, podatnikowi, o którym mowa w art. 15, przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, z zastrzeżeniem art. 114, art. 119 ust. 4, art. 120 ust. 17 i 19 oraz art. 124.
Jak stanowi art. 86 ust. 2 pkt 1 ustawy:
Kwotę podatku naliczonego stanowi suma kwot podatku wynikających z faktur otrzymanych przez podatnika z tytułu:
a)nabycia towarów i usług,
b)dokonania całości lub części zapłaty przed nabyciem towaru lub wykonaniem usługi.
Z przywołanych wyżej przepisów wynika, że prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego przysługuje wówczas, gdy zostaną spełnione określone warunki, tzn. odliczenia tego dokonuje podatnik podatku od towarów i usług oraz gdy towary i usługi, z których nabyciem podatek został naliczony, są wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, tzn. takich, których następstwem jest określenie podatku należnego (powstanie zobowiązania podatkowego).
Przedstawiona wyżej zasada wyklucza możliwość dokonania odliczenia podatku naliczonego związanego z towarami i usługami, które nie są wykorzystywane do czynności opodatkowanych, czyli w przypadku ich wykorzystania do czynności zwolnionych od podatku VAT oraz niepodlegających temu podatkowi. Jednocześnie z zasady tej wynika, że odliczenie podatku naliczonego może być częściowe, tzn. w tej części, w jakiej dane towary lub usługi, z którymi związany jest podatek naliczony są wykorzystywane do realizacji czynności opodatkowanych, z pominięciem tej części podatku od tych towarów i usług, w jakiej towary te (usługi) są wykorzystywane do wykonywania czynności nieopodatkowanych podatkiem VAT.
Ustawodawca zapewnił podatnikowi prawo do odliczenia podatku naliczonego w całości lub w części pod warunkiem spełnienia przez niego zarówno tzw. przesłanek pozytywnych oraz niezaistnienia przesłanek negatywnych, określonych w art. 88 ustawy o VAT. Ten ostatni przepis określa listę wyjątków, które pozbawiają podatnika prawa do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego.
Wyrażoną w cytowanym art. 86 ust. 1 ustawy generalną zasadę uprawniającą do odliczenia podatku naliczonego, uzupełniają regulacje zawarte w art. 86 ust. 2a-2h ustawy.
Na mocy art. 86 ust. 2a ustawy:
W przypadku nabycia towarów i usług wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej podatnika nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego, o której mowa w ust. 2, oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej, zwanym dalej "sposobem określenia proporcji". Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.
Stosownie do treści art. 86 ust. 2b ustawy:
Sposób określenia proporcji najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, jeżeli:
1)zapewnia dokonanie obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane oraz
2)obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadającą odpowiednio na działalność gospodarczą oraz na cele inne niż działalność gospodarcza, z wyjątkiem celów osobistych, do których ma zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2, oraz celów, o których mowa w art. 8 ust. 5 - w przypadku, o którym mowa w tym przepisie, gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.
Zgodnie z art. 86 ust. 2c ustawy:
Przy wyborze sposobu określenia proporcji można wykorzystać w szczególności następujące dane:
1)średnioroczną liczbę osób wykonujących wyłącznie prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie osób wykonujących prace w ramach działalności gospodarczej i poza tą działalnością;
2)średnioroczną liczbę godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą w ogólnej średniorocznej liczbie godzin roboczych przeznaczonych na prace związane z działalnością gospodarczą i poza tą działalnością;
3)roczny obrót z działalności gospodarczej w rocznym obrocie podatnika z działalności gospodarczej powiększonym o otrzymane przychody z innej działalności, w tym wartość dotacji, subwencji i innych dopłat o podobnym charakterze, otrzymanych na sfinansowanie wykonywanej przez tego podatnika działalności innej niż gospodarcza;
4)średnioroczną powierzchnię wykorzystywaną do działalności gospodarczej w ogólnej średniorocznej powierzchni wykorzystywanej do działalności gospodarczej i poza tą działalnością.
Z art. 86 ust. 2d ustawy wynika, że:
W celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadku, o którym mowa w ust. 2a, przyjmuje się dane za poprzedni rok podatkowy.
Na mocy art. 86 ust. 2e ustawy:
Podatnik rozpoczynający w danym roku podatkowym wykonywanie działalności gospodarczej i działalności innej niż działalność gospodarcza w celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadku, o którym mowa w ust. 2a, przyjmuje dane wyliczone szacunkowo. Podatnik jest obowiązany zawiadomić naczelnika urzędu skarbowego o przyjętych danych wyliczonych szacunkowo w terminie do 25. dnia miesiąca następującego po miesiącu, w którym ten sposób określenia proporcji został zastosowany po raz pierwszy, nie później jednak niż w dniu przesłania ewidencji, o której mowa w art. 109 ust. 3.
Na podstawie art. 86 ust. 2f ustawy:
Przepis ust. 2e stosuje się również, gdy podatnik uzna, że w odniesieniu do wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć dane za poprzedni rok podatkowy byłyby niereprezentatywne.
Jak stanowi art. 86 ust. 2g ustawy:
Proporcję określa się procentowo w stosunku rocznym. Proporcję tę zaokrągla się w górę do najbliższej liczby całkowitej. Przepisy art. 90 ust. 5, 6, 9a, 10 i 10c-10g stosuje się odpowiednio.
Zgodnie z art. 86 ust. 2h ustawy:
W przypadku gdy podatnik, dla którego sposób określenia proporcji wskazują przepisy wydane na podstawie ust. 22, uzna, że wskazany zgodnie z przepisami wydanymi na podstawie ust. 22 sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć, może zastosować inny bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji.
W myśl art. 86 ust. 22 ustawy:
Minister właściwy do spraw finansów publicznych może, w drodze rozporządzenia, określić w przypadku niektórych podatników sposób określenia proporcji uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez tych podatników działalności i dokonywanych przez nich nabyć oraz wskazać dane, na podstawie których jest obliczana kwota podatku naliczonego z wykorzystaniem tego sposobu określenia proporcji, uwzględniając specyfikę prowadzenia działalności przez niektórych podatników i uwarunkowania obrotu gospodarczego.
Na podstawie ww. delegacji ustawowej Minister Finansów wydał rozporządzenie z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników (t. j. Dz. U. z 2021 r. poz. 999), zwane dalej „Rozporządzeniem”. Należy zauważyć, że wśród wymienionych w tym rozporządzeniu podmiotów Minister Finansów wskazał również uczelnie publiczne i instytuty badawcze.
Zgodnie z § 7 ww. rozporządzenia:
W przypadku instytutu badawczego, jako sposób określenia proporcji uznaje się sposób ustalony według wzoru:
X = A x 100 / A + B
gdzie poszczególne symbole oznaczają:
X - proporcję określoną procentowo, zaokrągloną w górę do najbliższej liczby całkowitej,
A - roczny obrót z działalności gospodarczej instytutu badawczego,
B - sumę wykorzystanych przez instytut badawczy środków obejmującą:
1) subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku przez ten instytut na zadania związane z działalnością naukową lub kształceniem w szkole doktorskiej, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej,
2) dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone na realizację przez ten instytut w danym roku badań naukowych, prac rozwojowych lub innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej
- z wyłączeniem środków finansowych przeznaczonych na stypendia dla doktorantów.
Zgodnie z § 8 ww. rozporządzenia:
W celu obliczenia kwoty podatku naliczonego w przypadkach, o których mowa w § 3-7, mogą być przyjęte dane za rok podatkowy poprzedzający poprzedni rok podatkowy.
Powołany wyżej art. 86 ust. 2a ustawy będzie mieć zastosowanie wyłącznie do sytuacji, w której nabywane towary i usługi, wykorzystywane są zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, w sytuacji gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.
Przepis ten wprost określa, co stanowi kwotę podatku naliczonego w przypadku nabycia towarów i usług, wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych.
Zgodnie z tą normą w przypadku nabycia towarów i usług, wykorzystywanych zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza (z wyjątkiem wykorzystania na cele osobiste, do których może mieć zastosowanie art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy), w sytuacji gdy przypisanie tych towarów i usług w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe, kwotę podatku naliczonego oblicza się zgodnie ze sposobem określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej.
Dla stwierdzenia, czy działalność lub transakcje stanowią „cele inne niż związane z działalnością gospodarczą” znaczenie ma, czy mieszczą się one w przedmiocie działalności danej jednostki.
Cele prowadzonej działalności gospodarczej należy rozpatrywać w kontekście definicji działalności gospodarczej, określonej w art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy. W związku z prowadzeniem działalności gospodarczej u podatnika mogą wystąpić działania czy sytuacje, które nie generują opodatkowania podatkiem VAT. „Towarzyszą” one działalności gospodarczej i nie stanowią obok niej odrębnego przedmiotu działalności podatnika. Nie podlegają one opodatkowaniu podatkiem VAT, jednakże ich występowanie nie oznacza, że u podatnika występują czynności wykonywane poza działalnością gospodarczą. Za czynności zrównane z czynnościami wykonywanymi w ramach działalności gospodarczej uznaje się także nieodpłatną dostawę towarów lub nieodpłatne świadczenie usług na cele osobiste, w przypadkach, o których mowa w art. 7 ust. 2 i art. 8 ust. 2 ustawy. Uzasadnia to fakt, że chociaż czynności te z definicji nie mają związku z działalnością gospodarczą, w przypadkach określonych w tych przepisach następuje obowiązek naliczenia VAT. Natomiast przez cele inne rozumie się sferę działalności danego podmiotu niebędącą działalnością gospodarczą w rozumieniu art. 15 ust. 2 i ust. 3 ustawy (przykładowo działalność podmiotu w charakterze organu władzy czy nieodpłatną działalność statutową).
W świetle powyższego, w celu odliczenia podatku naliczonego, w pierwszej kolejności podatnik winien przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej i niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem). W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy.
We wniosku wskazali Państwo, że na potrzeby realizacji Projektu Państwa Instytut będzie ponosił wydatki na realizację infrastruktury 3 wyodrębnionych w ramach FENG laboratoriów i w ramach tych Wydatków inwestycyjnych Państwa Instytut będzie posiadał obiektywną możliwość bezpośredniego i wyłącznego przyporządkowania poniesionych wydatków pomiędzy zrealizowane w ramach FENG poszczególne jednostki laboratoriów, tj. jest i będzie w stanie wydzielić wydatki przypadające na infrastrukturę danego laboratorium, będące przedmiotem niniejszego wniosku. Przy pomocy infrastruktury poszczególnych laboratoriów Państwa Instytut po ich realizacji będzie świadczył głównie odpłatne usługi dostępu do szkoleń lub infrastruktury laboratorium albo też będzie świadczył w ramach danego laboratorium odpłatnie na zasadzie podwykonawstwa albo wspólnej kolaboracji usługi badawcze na rzecz odbiorców zewnętrznych (podmiotów gospodarczych, ale również jednostek o charakterze zbliżonym do charakteru i statusu Państwa Instytutu). Przedmiotowa infrastruktura jest/będzie również w niewielkim zakresie wykorzystywana przez Państwa Instytut na własne potrzeby, tj. do realizacji zadań własnych - prowadzenia prac badawczo-rozwojowych przez pracowników Państwa Instytutu (odbiorcy wewnętrzni). W ramach projektu infrastruktura ta będzie wykorzystywana do działalności gospodarczej w rozumieniu art. 15 ust. 2 ustawy – w zakresie odpłatnego udostępniania infrastruktury badawczej oraz świadczenia odpłatnych usług badawczo-analitycznych i skriningowych, zgodnie z zasadami określonymi w Umowie oraz do działalności innej niż gospodarcza - wyłącznie w zakresie nieodpłatnego wykorzystania infrastruktury na własne potrzeby badawcze Państwa Instytutu, związane z realizacją statutowej, niekomercyjnej działalności naukowej finansowanej ze środków publicznych. Po realizacji Infrastruktury Państwa Instytut będzie ją wykorzystywał wyłącznie na potrzeby szkoleń i prowadzenia prac bladawych/laboratoryjnych czy to na potrzeby własne, czy na potrzeby podmiotów zewnętrznych w ramach udostępnienia albo podwykonawstwa, względnie wspólnego przedsięwzięcia. Zważywszy na charakter wykorzystania, jest ono w pełni mierzalne, tj. Państwa Instytut będzie rozliczać je wyłącznie według liczby czasu wykorzystania danego laboratorium lub jego zasobów. Dotyczy to zarówno świadczeń na rzecz Odbiorców zewnętrznych, jak i Odbiorców wewnętrznych. W obu tych przypadkach Państwa Instytut jest w stanie precyzyjnie wskazać, ile czasu wykorzystywano jednostkowo dane laboratorium lub jego cześć na potrzeby odbiorców zewnętrznych, a ile na potrzeby odbiorców wewnętrznych. Stosowny pomiar opierać się będzie na jednoznacznych i obiektywnych wskazaniach wynikających z zastosowania dokładnej aparatury pomiarowej, tj. czytników czasu podczas wejścia do danego laboratorium oraz pomiaru czasu pracy przy realizacji danego zadania przez odbiorcę zewnętrznego lub odbiorcę wewnętrznego spełniających wszelkie wymagania prawne dla tego typu urządzeń. W ocenie Państwa Instytutu sposób określenia proporcji wskazany w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określenia zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, uwzględniający wszystkie wskazane powyżej segmenty działalności Państwa Instytutu, w przypadku wydatków w obszarze działalności związanych z realizacją i następnie wykorzystaniem Infrastruktury (tutaj: Wydatków inwestycyjnych) będzie istotnie zniekształcał (tutaj: zaniżał) wartość wydatków przypadającą na działalność gospodarczą, a tym samym uniemożliwiał całkowicie realizację wymogów stawianych przez art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Uważają Państwo, iż zastosowanie proporcji z Rozporządzenia może być uzasadnione w stosunku do wydatków ogólnych, takich jak oświetlenie, ogrzewanie, zakup środków czystości, które zwykle służą całokształtowi działalności ... (wszystkim realizowanym przez ... czynnościom). Zupełnie inaczej jest w przypadku wydatków związanych z realizacją Infrastruktury, gdzie uwzględniając specyfikę tej działalności i nabyć z nią związanych (vide art. 86 ustawy o VAT) należy oprzeć się na realnym wykorzystaniu Infrastruktury, które jest w pełni mierzalne i pozwala na obiektywne ustalenie wartości wydatków przypadających wyłącznie na czynności odpłatne świadczone na rzecz odbiorców zewnętrznych.
W Państwa ocenie proporcja z Rozporządzenia takich możliwości nie daje, gdyż opiera się na niewłaściwych danych, tj. takich, które nie uwzględniają specyfiki realizacji Projektu FENG i w ramach niej wykorzystania komercyjnego Infrastruktury i specyfiki związanych z nią nabyć. Tym samym, sposób obliczenia proporcji zostanie skalkulowany jako udział (stosunek) liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby Odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystania Infrastruktury ogółem (tj. sumy godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych i odbiorców wewnętrznych).
Z powołanych powyżej przepisów wynika, że w celu odliczenia podatku naliczonego podatnik powinien w pierwszej kolejności przyporządkować ponoszone wydatki do poszczególnych rodzajów działalności (opodatkowanej podatkiem VAT, zwolnionej od podatku i niepodlegającej opodatkowaniu tym podatkiem). W przypadku zakupów bezpośrednio związanych z działalnością opodatkowaną, podatnik, na podstawie art. 86 ust. 1 ustawy, odlicza podatek naliczony w całości. Natomiast w sytuacji, gdy takie przyporządkowanie nie jest możliwe, a wydatki służą zarówno do celów wykonywanej przez podatnika działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, podatnik winien ustalić proporcję, o której mowa w art. 86 ust. 2a ustawy oraz (w przypadku wystąpienia także czynności zwolnionych od podatku) w art. 90 ust. 2 i 3 ustawy.
Zatem w przedmiotowej sprawie, przy odliczaniu podatku naliczonego dotyczącego Wydatków inwestycyjnych poniesionych na Inwestycje związane z Infrastrukturą, powinny znaleźć odpowiednie zastosowanie regulacje art. 86 ust. 2a-2h ustawy.
W przypadku bowiem, gdy nabywane towary i usługi, wykorzystywane są zarówno do celów wykonywanej działalności gospodarczej, jak i do celów innych niż działalność gospodarcza, w sytuacji gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe (a z taką sytuacją mamy do czynienia w sprawie będącej przedmiotem złożonego wniosku), podatnik zobowiązany jest do wydzielenia podatku naliczonego przy zastosowaniu współczynnika (proporcji) umożliwiającego odliczenie podatku naliczonego w prawidłowej wysokości, zgodnie z zasadami określonymi w art. 86 ust. 2a-2h ustawy. Jak wynika z wyżej cytowanego przepisu art. 86 ust. 2a ustawy, sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć.
Z uwagi na różnorodność i bogactwo życia gospodarczego wybór sposobu, według którego dokonuje się tego proporcjonalnego przypisania, należy do podatnika. Przepisy ustawowe wymagają jedynie, aby odpowiadał on najbardziej specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Będzie to spełnione, jeśli sposób ten:
- zapewni dokonanie odliczenia podatku naliczonego wyłącznie w części przypadającej na działalność gospodarczą (co do zasady dotyczącej czynności opodatkowanych VAT) oraz
- obiektywnie odzwierciedla część wydatków przypadających na działalność gospodarczą oraz na cele inne (z wyjątkiem celów prywatnych) – gdy przypisanie tych wydatków w całości do działalności gospodarczej nie jest możliwe.
Sposób określenia proporcji powinien najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć. Oznacza to, że są Państwo zobowiązani do wyodrębnienia takiej części podatku naliczonego, którą można przypisać prowadzonej działalności gospodarczej. Warto nadmienić, że zastosowane przez Państwa metody, czy też sposoby, na podstawie których dokonają Państwo wydzielenia odpowiedniej kwoty podatku naliczonego, muszą odpowiadać wartościom faktycznym i rzeczywistym. Ciężar rzetelnego ustalenia, jaka część podatku naliczonego związana jest z prowadzoną działalnością gospodarczą, a jaka część wykorzystywana jest dla potrzeb innych niż prowadzona działalność gospodarcza, spoczywa zawsze na Państwu.
Przy czym, korzystając z delegacji ustawowej zawartej w art. 86 ust. 22 ustawy, Minister Finansów, w cyt. wyżej rozporządzeniu z 17 grudnia 2015 r., określił dla instytutów badawczych, sposób określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanych przez te instytuty działalności i dokonywanych przez nie nabyć.
W tym miejscu warto wskazać wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 19 grudnia 2018 r., sygn. akt I FSK 1448/18, w którym NSA wskazał, że:
Skoro sposób określenia proporcji powinien odpowiadać specyfice wykonywanej przez podatnika działalności i dokonywanych przez niego nabyć, to oczywistym jest, że wobec różnorodności zdarzeń gospodarczych nie jest możliwe wskazanie jednego sposobu do zastosowania przez wszystkich podatników. Z tego względu ustawodawca określił w ustawie o VAT jedynie wymagania, którym powinien on czynić zadość, nakreślił cele, jakie za jego pomocą należy osiągnąć. Są one następujące: obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane, obiektywne odzwierciedlenie części wydatków przypadających odpowiednio na działalność gospodarczą oraz inne cele niż działalność gospodarcza (art. 86 ust. 2b pkt 1 i 2 ustawy o VAT). Konsekwentnie ustawodawca „podpowiedział” jedynie dane, które można wykorzystać, żeby ten cel osiągnąć (art. 86a ust. 2c ustawy o VAT).
Ustawodawca, na mocy art. 86 ust. 2h ustawy, daje podatnikom możliwość zastosowania innego sposobu określenia proporcji niż wskazują przepisy art. 86 ust. 22 ustawy, jednak tylko w sytuacji, gdy wybrany sposób jest bardziej reprezentatywny. Zatem podatnik może zastosować inną metodę tylko i wyłącznie, gdy wybrana przez niego metoda jest bardziej reprezentatywna i tym samym najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności.
Jak wskazali Państwo we wniosku, w ramach projektu każde wykorzystanie infrastruktury można przypisać albo do odpłatnego użytkownika zewnętrznego albo do nieodpłatnych badań własnych Państwa Instytutu. Przypisanie to następuje na podstawie harmonogramów, rezerwacji i ewidencji czasu pracy aparatury. Nie występują więc sytuacje „wspólnego" lub nieokreślonego wykorzystania. Dzięki temu odliczenie VAT odpowiada rzeczywistemu zużyciu infrastruktury, a nie strukturze finansowania Instytutu.
Proponowany przez Państwa sposób obliczenia proporcji zostanie skalkulowany jako udział (stosunek) liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby Odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystania Infrastruktury ogółem (tj. sumy godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych i odbiorców wewnętrznych).
Jednocześnie wskazali Państwo, że:
- do pozycji "potrzeby odbiorców zewnętrznych" Państwa Instytut zalicza ilość godzin wykorzystywania Infrastruktury na rzecz instytutów, jednostek badawczych lub przedsiębiorców na zasadach odpłatności (rynkowej lub przychodowej, bez marży w celu pokrycia kosztów uruchomienia i wykorzystywania Infrastruktury, przy uwzględnieniu jej amortyzacji), bez względu na to czy Infrastruktura jest najmowana/udostępniania/ czy też wykorzystywana przez pracowników Państwa Instytutu jako kontraktora/podwykonawcy, tudzież w ramach odpłatnej wspólnej kolaboracji, w tym szkolenia w tym zakresie;
- do pozycji "potrzeby odbiorców wewnętrznych" Państwa Instytut zalicza ilość godzin wykorzystywania Infrastruktury na własne cele badawcze i rozwojowe oraz naukowe, w tym szkolenia własne.
Państwa zdaniem, wskazany we wniosku prewspółczynnik godzinowy oparty na kryterium liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem, będzie zapewniał obniżenie kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane na podstawie umów cywilnoprawnych odpłatne czynności realizowane przez Państwa Instytut na rzecz odbiorców zewnętrznych, które stanowią według Państwa czynności opodatkowane VAT, wykonywane w ramach działalności gospodarczej.
W konsekwencji, uznają Państwo, że obrót nie jest miarą nakładów infrastrukturalnych ani stopnia zużycia aparatury, a tym samym nie odzwierciedla rzeczywistego zakresu wykorzystania zakupionych towarów i usług. Co więcej, prewspółczynnik obrotowy przewidziany w Rozporządzeniu odnosi się do całokształtu działalności Państwa Instytutu i uwzględnia przychody z: dotacji i subwencji statutowych, grantów badawczych niezwiązanych z projektem … oraz działalności niemającej żadnego związku funkcjonalnego z Infrastrukturą. Tymczasem wydatki objęte wnioskiem dotyczą konkretnej, wyodrębnionej infrastruktury badawczej i nie są wykorzystywane w innych segmentach działalności Instytutu.
W Państwa ocenie, zastosowanie prewspółczynnika obrotowego prowadziłoby więc do sztucznego i systemowego zaniżenia części wydatków przypadających na działalność gospodarczą, co pozostawałoby w sprzeczności z art. 86 ust. 2b ustawy.
W Państwa opinii, wybór prewspółczynnika czasowego wynika nie z preferencji Wnioskodawcy, lecz z obiektywnych cech projektu …, w szczególności:
- braku związku obrotów z wykorzystaniem infrastruktury,
- braku możliwości przypisania obrotów do aparatury,
- wyłącznego związku wydatków inwestycyjnych z czasem pracy infrastruktury.
Dlatego, Państwa zdaniem prewspółczynnik oparty na czasie wykorzystania infrastruktury jest jedynym miernikiem spełniającym przesłanki art. 86 ust. 2b ustawy. I z tego względu prewspółczynnik czasowy spełnia kryterium „najbardziej odpowiadającego specyfice działalności i nabyć", o którym mowa w art. 86 ust. 2b ustawy o VAT.
Dodatkowo zastosowanie prewspółczynnika opartego na czasie wykorzystania jest spójne z mechanizmem monitorowania wykorzystania infrastruktury badawczej wynikającym z umowy o dofinansowanie i jest zgodne z założeniem, że monitorowanie infrastruktury nie może być oparte na przychodach, lecz na wskaźnikach fizycznych (takich jak czas, roboczogodziny, dostępność).
Według Państwa opinii, zastosowanie obrotów jako miernika dla celów VAT byłoby zatem nie tylko niereprezentatywne, lecz także niespójne z konstrukcją projektu.
Państwa zdaniem, wartość prewspółczynnika wyliczona zgodnie z wzorem z Rozporządzenia jest w przeważającym stopniu rezultatem struktury finansowania Państwa Instytutu jako instytutu badawczego, w której zasadniczą część stanowią środki publiczne przeznaczone na działalność statutową oraz badania niekomercyjne, a nie efektem faktycznego sposobu wykorzystania infrastruktury badawczej utworzonej w ramach projektu …. Prewspółczynnik ten uwzględnia bowiem w mianowniku całość finansowania działalności niegospodarczej Państwa Instytutu, niezależnie od tego, że infrastruktura laboratoriów IBM-1, IBM-2 i IBM-3 nie jest wykorzystywana w tej działalności poza projektowym zakresem badań własnych, ani nie służy realizacji innych zadań statutowych Państwa Instytutu niezwiązanych z projektem. W realiach projektu, Państwa zdaniem … prowadzi to do sytuacji, w której przy założeniu przykładowo, że infrastruktura laboratoryjna jest wykorzystywana w 71,49% czasu do świadczenia odpłatnych usług badawczych, a w 28,51% do badań własnych Państwa Instytutu, prewspółczynnik z rozporządzenia – na poziomie 3% - skutkowałby odliczeniem podatku naliczonego wyłącznie w tej zaniżonej części, mimo że ponad połowa faktycznego czasu pracy aparatury przypadałaby na działalność gospodarczą. Różnica ta nie wynikałaby z rzeczywistej struktury wykorzystania infrastruktury, lecz wyłącznie z uwzględnienia w kalkulacji finansowania działalności niezwiązanej z projektem ani z eksploatacją infrastruktury.
Tymczasem, w Państwa opinii prewspółczynnik oparty na czasie faktycznego wykorzystania infrastruktury pozostaje w bezpośrednim i przyczynowym związku z ponoszonymi wydatkami inwestycyjnymi, gdyż to czas pracy aparatury i laboratoriów determinuje ich zużycie techniczne, konieczność ponoszenia kosztów utrzymania oraz faktyczne wykorzystanie nabytych towarów i usług. W przeciwieństwie do obrotu, czas wykorzystania nie jest zależny od polityki cenowej, sposobu finansowania użytkownika ani charakteru badań, lecz od faktycznej eksploatacji infrastruktury, która stanowi jedyny wspólny mianownik zarówno dla działalności gospodarczej, jak i niegospodarczej realizowanej w ramach projektu.
Przyjęli Państwo, że zastosowanie prewspółczynnika czasowego prowadzi do sytuacji, w której część podatku naliczonego przypadająca na działalność gospodarczą odpowiada rzeczywistemu zakresowi wykorzystania infrastruktury do czynności opodatkowanych, podczas gdy prewspółczynnik z rozporządzenia prowadziłby do systemowego i trwałego zaniżenia tego prawa, nieproporcjonalnego do faktycznego udziału działalności gospodarczej w użytkowaniu infrastruktury …
W konsekwencji, w Państwa opinii to właśnie prewspółczynnik czasowy, a nie prewspółczynnik oparty na obrotach i dotacjach, spełnia przesłankę „najbardziej odpowiadającego specyfice wykonywanej działalności i dokonywanych nabyć", o której mowa w art. 86 ust. 2b ustawy, oraz zapewnia realizację zasady neutralności podatku od towarów i usług.
Mając powyższe na uwadze wskazania wymaga, że zaproponowany przez Państwa sposób określenia proporcji nie może zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez Państwa Instytut działalności i dokonywanych nabyć, bowiem Państwa założenia przyjęte przy obliczaniu proporcji budzą wątpliwości.
W okolicznościach sprawy przedstawionych we wniosku, Państwa argumenty, nie są wystarczające do uznania tego sposobu określenia proporcji za bardziej reprezentatywny niż ten wskazany w rozporządzeniu w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników.
Nie sposób zgodzić się z zaprezentowanym przez Państwa sposobem ustalenia części podatku naliczonego podlegającego odliczeniu z faktur dokumentujących zakupy towarów i usług przeznaczonych na infrastrukturę 3 wyodrębnionych w ramach FENG laboratoriów, gdyż Państwa argumentacja jest nieprecyzyjna, a przedstawiona metoda nie zawiera obiektywnych powodów, dla których przedstawiony przez Państwa sposób obliczania proporcji w formie wskaźnika ustalonego na podstawie kryterium liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem najbardziej odpowiada specyfice wykonywanej działalności Państwa Instytutu.
Przedstawiony przez Państwa sposób określenia proporcji nie może zostać uznany za najbardziej odpowiadający specyfice wykonywanej przez Państwa Instytut działalności, bowiem założenia przyjęte przy ustalaniu wysokości współczynnika przez Państwa Instytut nie potwierdzają takiego stanowiska.
Dokonując wyboru sposobu określenia proporcji należy mieć na uwadze przede wszystkim charakter działalności prowadzonej przez Państwa Instytut, a także sposób finansowania Państwa Instytutu.
Z przepisów dotyczących podmiotów, do których ww. rozporządzenie jest adresowane wynika, że jest ono dedykowane takim podatnikom, których cechą wspólną jest to, że prowadzą działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy obok innych rodzajów działalności oraz że z reguły nie działają one w warunkach rynkowych, gdyż finansują swoją działalność wprost z budżetu jednostki nadrzędnej albo otrzymują dotacje z tego budżetu oraz uzyskują wpływy ze źródeł zewnętrznych. Element ten zasadniczo odróżnia je od podatników działających w warunkach w pełni rynkowych i finansujących swą działalność z osiąganych przychodów. Specyfika w zakresie rodzajów prowadzonej działalności i sposobów jej finansowania także dotacjami powinna znaleźć odzwierciedlenie w przepisach dotyczących ustalania proporcji.
Z tego powodu wskazano w ww. rozporządzeniu odrębny sposób określenia proporcji dla instytutów badawczych uwzględniający specyfikę ich działalności, jak i sposób finansowania tych podmiotów.
Na potrzeby określania proporcji w mianowniku wzoru wskazanego w rozporządzeniu ujęto sumę wykorzystanych przez instytut badawczy środków obejmującą subwencje, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone w danym roku przez ten instytut na zadania związane z działalnością naukową lub kształceniem w szkole doktorskiej, w rozumieniu przepisów ustawy z dnia 20 lipca 2018 r. - Prawo o szkolnictwie wyższym i nauce, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, dotacje i inne środki o podobnym charakterze przeznaczone na realizację przez ten instytut w danym roku badań naukowych, prac rozwojowych lub innych zleconych zadań, których realizacja nie mieści się w działalności gospodarczej, z wyłączeniem środków finansowych przeznaczonych na stypendia dla doktorantów.
Zaproponowana przez Państwa metoda ustalona na podstawie czasu pracy laboratoriów nie uwzględnia tych elementów działalności, które mają wpływ na prowadzenie i funkcjonowanie Instytutu. Należy także zwrócić uwagę, że zakładany czas pracy nie odzwierciedli w pełni wielkości działalności gospodarczej i czynności wykonywanych poza działalnością gospodarczą.
Wskazali Państwo, że na potrzeby ubiegania się o dofinansowanie dla projektu konieczne było przyjęcie podziału infrastruktury badawczej na część gospodarczą i niegospodarczą. Przy czym na potrzeby realizacji Projektu części gospodarcza i niegospodarcza Projektu określone zostały w następujący sposób:
- część gospodarcza - to część Projektu, w ramach której infrastruktura jest wykorzystywana na rzecz użytkowników do ich działalności gospodarczej (np. do wynajmu, świadczenia usług oraz realizacji badań kontraktowych, które odbywają się na zasadach rynkowych) i sfinansowana zgodnie z przepisami o pomocy publicznej, a także część Projektu dotycząca szkoleń związanych z utworzeniem lub unowocześnieniem infrastruktury badawczej wykorzystywanej do prowadzenia działalności gospodarczej i sfinansowana zgodnie z przepisami o pomocy publicznej, oraz część Projektu służąca wspieraniu działań związanych z realizacją przedsięwzięcia i sfinansowana zgodnie z przepisami o pomocy de minimis;
- część niegospodarcza - to zaś część Projektu sfinansowana w 100% ze środków publicznych, w ramach której infrastruktura jest wykorzystywana przez użytkowników do ich działalności niegospodarczej, do której zaliczają Państwo zasadniczą działalność:
Wybrana przez Państwa metoda odzwierciedla jedynie liczbę godzin, w jakich infrastruktura 3 wyodrębnionych laboratoriów będzie wykorzystywana do działalności gospodarczej i działalności niegospodarczej, a nie specyfikę prowadzonej działalności, o której mowa w art. 86 ust. 2b ustawy oraz nie zapewni obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wyłącznie w odniesieniu do części kwoty podatku naliczonego proporcjonalnie przypadającej na wykonywane w ramach działalności gospodarczej czynności opodatkowane. Zatem uznać należy, że zastosowanie proponowanej przez Państwa metody mogłoby prowadzić do nieadekwatnego odliczenia podatku naliczonego – niezgodnego z rzeczywistością.
W przeciwieństwie do metody zaproponowanej przez Państwa, opartej o liczbę godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem przeznaczonych na realizację usług badawczych w części gospodarczej i niegospodarczej, metoda obrotowa, wskazana w rozporządzeniu Ministra Finansów obejmuje całokształt działalności Instytutu, obejmuje szereg zmiennych odnoszących się do całokształtu działalności tej jednostki, co czyni zadość wymogowi odpowiadania specyfice wykonywanej działalności oraz specyfice dokonywanych nabyć. Metoda godzinowa zaproponowana przez Państwa uwzględnia jedynie jedną zmienną w postaci liczby godzin przeznaczonych na działalność gospodarczą i działalność niegospodarczą prowadzoną w 3 wyodrębnionych laboratoriach, w mniejszym stopniu odzwierciedla specyfikę działalności Instytutu.
Zatem rezygnacja z metody obrotowej wynikającej z § 7 rozporządzenia Ministra Finansów na rzecz metody z uwzględnieniem godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem byłaby dopuszczalna jedynie wówczas, gdyby metoda ta była dokładniejsza od metody opartej na wielkości obrotu.
W ocenie Organu, przedstawiony przez Państwa sposób ustalenia proporcji nie jest w pełni obiektywny i nie jest bardziej reprezentatywny dla Państwa niż metoda obrotowa, przewidziana w § 7 rozporządzenia Ministra Finansów. I nie uwzględnia charakteru działalności publicznej prowadzonej przez instytut badawczy, oraz sposobu finansowania tego rodzaju działalności.
Zatem, metoda oparta o liczbę godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem oddaje jedynie czas wykorzystania Infrastruktury w ramach działalności gospodarczej, a nie specyfikę prowadzonej działalności, o której mowa w art. 86 ust. 2b ustawy o podatku od towarów i usług.
Zatem uznać należy, że zastosowanie metody opartej o liczbę godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem mogłoby w analizowanej sprawie prowadzić do nieadekwatnego odliczenia podatku naliczonego – niezgodnego z rzeczywistością. Przedstawiona przez Państw proporcja, określająca udział procentowy liczby godzin wykorzystywania Infrastruktury na potrzeby odbiorców zewnętrznych w liczbie godzin wykorzystywania Infrastruktury ogółem, zdaniem tut. Organu jest bardzo nieprecyzyjna.
Wskazać należy, że przedstawiony przez Instytut podział wykorzystywania Infrastruktury do działalności gospodarczej i działalności niegospodarczej nie może zostać uznany za reprezentatywny oraz za obiektywny.
Wskazać również należy, że zgodnie z powołanym wyżej art. 86 ust. 2h ustawy, Wnioskodawca może zastosować inny sposób określania proporcji. Należy jednak zauważyć, że zapis ten umożliwia poszukiwanie innej metody określania proporcji, jednakże tylko w przypadku gdy „sposób określenia proporcji nie będzie najbardziej odpowiadać specyfice wykonywanej przez niego działalności i dokonywanych przez niego nabyć”. W zapisie tym nie odniesiono się do poszczególnych działań, projektów czy wręcz nabyć dotyczących poszczególnych nieruchomości podatnika, ale do specyfiki działalności Podatnika.
W istocie więc nie wyjaśnili Państwo dlaczego przyjęta przez Państwa proporcja jest bardziej adekwatna do obliczenia podatku naliczonego od Wydatków inwestycyjnych ponoszonych na Infrastrukturę w związku z wykorzystaniem przez Państwa Instytut Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych oraz w związku z wykorzystaniem Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych, niż proporcja wynikająca z cyt. § 7 rozporządzenia Ministra Finansów. W związku z tym nie jest zasadne poszukiwanie innej metody obliczania proporcji niż zaproponowana w rozporządzeniu Ministra Finansów dla instytutów badawczych, opartej na wzorze, w którym zasadniczą rolę odgrywają kwoty subwencji, dotacji i inne środków o podobnym charakterze.
Dodatkowo należy zaznaczyć, że sposób określenia proporcji wprowadzony przepisami art. 86 ust. 2a ustawy, nie przewiduje możliwości odrębnego liczenia sposobu określania proporcji dla każdej działalności prowadzonej przez dany instytut badawczy. Postępowanie takie mogłoby doprowadzić do sytuacji, w której w ramach instytutu - oprócz proporcji określonej dla tej jednostki – funkcjonowałyby inne sposoby określenia proporcji.
W konsekwencji powyższego, przedstawiona przez Państwa metoda nie jest w pełni obiektywna i nie jest w stanie precyzyjnie odzwierciedlić stopnia wykorzystania zakupów związanych ze realizowaną przez Państwa inwestycją.
Tym samym, nie wykazali Państwo, iż przedstawiona przez Państwa metoda stanowi bardziej reprezentatywny sposób określenia proporcji, niż wskazany w rozporządzeniu z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników.
Sam fakt, że prewspółczynnik obliczony dla Państwa w sposób przewidziany w rozporządzeniu różni się od prewspółczynnika zaproponowanego przez Państwa, nie wskazuje, że zapewni dokonanie odliczenia podatku naliczonego wyłącznie w części przypadającej na działalność gospodarczą oraz obiektywnie odzwierciedli część wydatków przypadających na działalność gospodarczą oraz na cele inne.
W konsekwencji, w związku z wykorzystaniem przez Państwa Instytut Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych oraz w związku z wykorzystaniem Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych, w celu obliczenia podatku naliczonego z tytułu poniesionych przez Państwa Wydatków inwestycyjnych będą zobowiązani Państwo stosować sposób określenia proporcji, określony w art. 86 ust. 2a-2h ustawy oraz w § 7 rozporządzenia z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników.
Jednocześnie z okoliczności sprawy wynika, że towary i usługi związane z realizacją Inwestycji objętej zakresem wniosku, nie będą wykorzystywane do czynności zwolnionych z opodatkowania, wobec tego wyliczony na podstawie przepisów art. 86 ust. 2a i następne ustawy oraz przepisów § 7 rozporządzenia z 17 grudnia 2015 r. w sprawie sposobu określania zakresu wykorzystywania nabywanych towarów i usług do celów działalności gospodarczej w przypadku niektórych podatników, podatek naliczony przypisany do działalności gospodarczej opodatkowanej podatkiem VAT będzie podlegał odliczeniu w całości.
Reasumując, w związku z wykorzystaniem przez Państwa Instytut Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług w ramach Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych oraz w związku z wykorzystaniem Infrastruktury w celu odpłatnego świadczenia usług przy wykorzystaniu Infrastruktury na rzecz odbiorców zewnętrznych, jak i na rzecz odbiorców wewnętrznych będzie przysługiwało Państwu prawo do odliczenia części podatku naliczonego z faktur VAT dokumentujących Wydatki inwestycyjne poniesione/ponoszone na Inwestycje związane z Infrastrukturą na podstawie art. 86 ust. 1 w zw. z art. 86 ust. 2a i następne ustawy oraz przepisów § 7 ww. rozporządzenia. Prawo to będzie przysługiwało Państwu pod warunkiem niewystąpienia przesłanek negatywnych wymienionych w art. 88 ustawy.
W konsekwencji powyższego, Państwa stanowisko w zakresie pytania nr 2 i pytania nr 3 uznałem za nieprawidłowe.
Dodatkowe informacje
Informacja o zakresie rozstrzygnięcia
Interpretacja dotyczy zdarzenia przyszłego, które Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązuje w dniu wydania interpretacji.
Tut. Organ informuje, iż wydana interpretacja dotyczy tylko sprawy będącej przedmiotem wniosku (pytań). Inne kwestie przedstawione we wniosku, które nie zostały objęte pytaniami, nie mogą być – zgodnie z art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej – rozpatrzone.
Odnosząc się do powołanej przez Państwa interpretacji indywidualnej wskazuję, że interpretacje przepisów prawa podatkowego wydawane są w indywidualnych sprawach podatników i niewątpliwie kształtują sytuację prawną tych podatników w sprawach będących przedmiotem rozstrzygnięcia, lecz dotyczą konkretnych stanów faktycznych i należy je traktować indywidualnie.
Odnosząc się do powołanych przez Państwa we wniosku wyroków sądów wyjaśniam, że wskazane wyroki zostały potraktowane jako element Państwa argumentacji, są to jednak rozstrzygnięcia odnoszące się do indywidualnych spraw i co do zasady, wiążą one strony postępowania w konkretnej, indywidualnej sprawie, nie rozciągając swojego oddziaływania na inne, choćby podobne lub zbieżne sprawy. Zatem wskazane we wniosku wyroki nie mają wpływu na podjęte w niniejszej interpretacji rozstrzygnięcie.
Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji
- Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem sprawy i zastosują się Państwo do interpretacji.
- Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:
Przepisów art. 14k-14n Ordynacji podatkowej nie stosuje się, jeśli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej jest elementem czynności, które są przedmiotem decyzji wydanej:
1)z zastosowaniem art. 119a;
2)w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;
3)z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.
- Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:
Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.
Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację
Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego. Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”).
Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):
- w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA),
albo
- w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP:/KIS/wnioski albo/KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).
Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).
Podstawa prawna dla wydania interpretacji
Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 Ordynacji podatkowej.


