Czy stwierdzenie niedoboru towarów podlega opodatkowaniu VAT

Prowadzę działalność w postaci spółki z o.o., m.in. sklep motoryzacyjny. Pewne towary w tym sklepie są nieprzydatne do sprzedaży (np. uszkodzone), dlatego sporządziliśmy protokół kasacji i części te zostały zlikwidowane. Czy takie działanie niesie ze sobą obowiązek zapłacenia VAT od wartości skasowanych towarów? Czy koszty te mogę zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów? Jeżeli w sklepie podczas inwentaryzacji stwierdzę niedobór towarów, to czy muszę od tego niedoboru odprowadzić VAT?