Jaką stawką opodatkować sprzedaż nieruchomości wraz z gruntem

Spółka z o.o. zakupiła działkę wraz z zabudowaniami: jeden budynek mieszkalny i dwa gospodarcze. W akcie notarialnym nie uwzględniono oddzielnie ceny gruntu i ceny zabudowań. Budynek mieszkalny był przeznaczony do remontu. W księgach spółki nieruchomość ta została ujęta jako środki trwałe w budowie. W tym też czasie poniesiono nakłady na remont (faktury VAT). Remontu nie zakończono, a spółka postanowiła sprzedać całą nieruchomość innej spółce (podatnik VAT). Jak należy opodatkować tę sprzedaż? Czy oddzielnie należy wycenić i opodatkować grunt, a oddzielnie budynki? Z jakimi stawkami VAT? Czy należy wystawić fakturę VAT, czy sporządzić akt notarialny?