Interpretacja indywidualna z dnia 21 lipca 2026 r., Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej, sygn. 0111-KDIB3-1.4012.554.2022.8.KO

Interpretacja indywidualna po wyroku sądu – stanowisko prawidłowe

Szanowni Państwo,

1) ponownie rozpatruję sprawę Państwa wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej – uwzględniam przy tym wyrok Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu z 8 lutego 2023 r. sygn. akt I SA/Po 923/22 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego w Warszawie z 3 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 876/23,

2) stwierdzam, że Państwa stanowisko w sprawie oceny skutków podatkowych opisanego zaistniałego stanu faktycznego w podatku od towarów i usług w zakresie pytań nr 1 i nr 2 jest prawidłowe.

Zakres wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej

W dniu 8 lipca 2022 r. został złożony ww. wniosek o wydanie interpretacji przepisów prawa podatkowego w indywidualnej sprawie dotyczącej podatku od towarów i usług w zakresie ustalenia:

- czy Wnioskodawca powinien rozpoznawać moment powstania obowiązku podatkowego na gruncie VAT dla części wykonanej usługi w dniu przyjęcia przez Sponsora częściowego wykonania usługi, tj. przeprowadzonych w danym okresie rozliczeniowym badań/wizyt oraz procesów screeningu w oparciu o art. 19a ust. 2 VATU, (pytanie nr 1)

- czy w przypadkach, w których część wynagrodzenia skalkulowana w zestawieniach okresowych jest zatrzymywana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych (odbioru końcowego) i wypłacana dopiero po spełnieniu przez Ośrodek i Badacza wszystkich warunków określonych w umowie, moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie tej części wynagrodzenia na gruncie ustawy o VAT wystąpi najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru końcowego) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych, (pytanie nr 2)

- jeżeli stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1 będzie w ocenie Dyrektora KIS nieprawidłowe, to czy usługi badań klinicznych należy uznać za usługi świadczone w sposób ciągły rozliczane w okresach rozliczeniowych, a w konsekwencji tego Wnioskodawca powinien rozpoznawać obowiązek podatkowy na gruncie VAT z upływem każdego okresu, do którego odnoszą się następujące po sobie płatności lub rozliczenia w oparciu o art. 19a ust. 3 VATU, (pytanie nr 3).

Treść wniosku jest następująca:

Opis zaistniałego stanu faktycznego

Wnioskodawca jest spółką z ograniczoną odpowiedzialnością (dalej także jako „Spółka” albo „Ośrodek”) z siedzibą oraz zarządem na terytorium Polski i zarejestrowanym czynnym podatnikiem VAT. Spółka świadczy usługi w ramach umów na badania kliniczne (dalej: „Umowy”). Dotychczas zawarte umowy są umowami trójstronnymi, a ich stronami są:

-Ośrodek (Wnioskodawca) - placówka medyczna, udostępniająca powierzchnię i zaplecze medyczne do badań,

-Sponsor – podmiot odpowiedzialny za podjęcie, prowadzenie i finansowanie badania klinicznego,

-Badacz – lekarz posiadający właściwe kwalifikacje, doświadczenie i wiedzę, niezbędne do przeprowadzenia badania klinicznego.

Spółka planuje zawieranie kolejnych umów na badania kliniczne o treści analogicznej do umów wyżej opisanych. Celem badań klinicznych jest dostarczenie Sponsorowi danych pozwalających na zarejestrowanie leku do powszechnego stosowania. W umowach Wnioskodawca zobowiązuje się do wygenerowania danych powstałych z przeprowadzonych procedur medycznych w odpowiednim harmonogramie czasowym uwzględnionym w protokole badania klinicznego. W wyniku przeprowadzonych badań gromadzone są dane o charakterze medycznym. Celem Sponsora jest pozyskanie i analiza finalnych wyników przeprowadzonych badań (testów) tj. po przeprowadzeniu wszystkich objętych protokołem badania procedur medycznych, na zaplanowanej liczbie osób, w określonym porządku i w ustalony sposób. Tylko końcowy rezultat, czyli raport z przeprowadzonych badań wraz z kompletną dokumentacją medyczną dostarczy zlecającemu – Sponsorowi – pełny i oczekiwany rezultat – wykonania całości zleconej usługi. Pojedyncze badania poszczególnych pacjentów nie mają dla Sponsora żadnej wartości, bowiem mogą zniekształcić ostateczną ocenę. Bezwartościowe dla Sponsora są również wyniki badań, które wykonane zostały w sposób niezgodny z protokołem badania. Przy czym wysokości wynagrodzenia należnego Ośrodkowi za wykonane badania kliniczne uzależniona jest m.in. od liczby pacjentów i odbytych przez nich wizyt. Zgodnie z zapisami umów Badacz na bieżąco, po każdej wizycie pacjenta, przesyła Sponsorowi wyniki badania, uzupełniając formularz CRF. Następnie Sponsor przeprowadza szczegółową weryfikację przesłanej przez badacza dokumentacji. Następnie sponsor kieruje do Ośrodka tzw. Monitora badań klinicznych, którego zadaniem jest stwierdzenie, czy wszystkie procedury medyczne, opisany stan i warunki ich przeprowadzenia są zgodne z wymogami opisanymi w protokole badania. Jeżeli podczas wizyty monitorującej Monitor dostrzeże nieprawidłowości w sposobie wykonania określonej w protokole badania procedury lub we wprowadzonych do danych do CRF, to wówczas konieczne będzie usunięcie tych nieprawidłowości. Dane dotknięte jakimkolwiek błędem będą dla sponsora bezwartościowe, a co za tym idzie Sponsor za wadliwe czynności nie wypłaci wynagrodzenia ani Badaczowi ani Ośrodkowi. Tylko prawidłowe zweryfikowane i zatwierdzone przez monitora badań klinicznych procedury stanowią podstawę do ustalenia wynagrodzenia dla Ośrodka i Badacza. Wynagrodzenie należne Ośrodkowi z tytułu świadczonej usługi kalkulowane jest za każdego pacjenta, który bierze udział w badaniach klinicznych zgodnie z protokołem badania. W związku z przyjmowaniem częściowo wykonanej usługi, Ośrodkowi należne jest wynagrodzenie kalkulowane proporcjonalnie do liczby wizyt odbytych przez pacjentów, zgodnie ze schematem wynagrodzenia, który odzwierciedla schemat wizyt i procedur wymaganych protokołem badania. Dopiero w dniu zatwierdzenia zestawienia przeprowadzonych wizyt w danym okresie (zestawienie okresowe) znany jest zakres wykonanych częściowo usług i wynagrodzenie należne Ośrodkowi (za dany okres rozliczeniowy). Na podstawie zatwierdzonego przez Sponsora zestawienia Ośrodek wystawia fakturę z tytułu świadczenia usług (częściowego wykonania usług objętych umową). Płatność na rzecz Ośrodka za wykonanie poszczególnych etapów uzależniona jest od ich zaakceptowania przez Sponsora. Jakość i poprawność danych przeniesionych do systemów, weryfikowana jest przez Sponsora - podczas wizyt monitorujących, które odbywają się w różnych interwałach czasowych od 1 do 3 miesięcy. Zaakceptowanie przeprowadzonych wizyt pod względem kompletności i jakości danych są warunkiem dokonania zapłaty za wizytę (daną, kompleksową usługę). Zgodnie z Umowami, zaakceptowanie zestawienia jest równoznaczne z wykonaniem usługi. Wykaz zaakceptowanych usług przekazywany jest do Wnioskodawcy w odpowiednich, określonych w umowie interwałach czasu, najczęściej w okresach kwartalnych. Wygenerowanie zestawienia zaakceptowanych wizyt odbywa się najczęściej w terminach do 30 dni po zakończeniu okresu rozliczeniowego. Z uwagi na specyfikę przedmiotu Umów, dopiero po otrzymaniu zestawienia możliwe jest ustalenie kwoty należności do wystawienia faktury. Wnioskodawca zaznacza, że pomiędzy wizytą pacjenta/wykonaniem procedury, której dotyczy Umowa, a akceptacją przez Sponsora zestawienia przeprowadzonych wizyt w danym okresie rozliczeniowym, co będzie przez strony traktowane jako częściowe wykonanie usługi, może upłynąć okres nawet do kilku lat. Wynika to z różnych cykli prowadzonych badań i nie jest możliwe inne uregulowanie tej kwestii w Umowach z uwagi na specyfikę badań klinicznych. Co istotne:

-Ośrodek nie wystawia faktur przed dniem przyjęcia przez Sponsora częściowo wykonanej usługi,

-Sponsor dokonuje płatności z dołu, po otrzymaniu faktury od Ośrodka w ustalonym terminie,

-Ośrodek nie otrzymuje od Sponsora żadnej formy przedpłaty, zaliczki, zadatku, raty, itp.

Badanie kliniczne jest usługą długotrwałą, jego czas trwania nie jest precyzyjnie określony, przy czym badanie kliniczne może trwać nawet kilka lat. Stąd w Umowach zawarto postanowienia, zgodnie z którymi usługa będzie przyjmowana częściowo aż do całkowitego zakończenia badań klinicznych objętych daną Umową. Dla ustrukturyzowania terminów częściowego przyjmowania usług i rozliczenia finansowego, strony ustaliły, że co określony czas (na ogół trzy miesiące) będą przystępowały do procedury odbioru części usługi i kalkulacji wynagrodzenia należnego Ośrodkowi i Badaczowi za dany okres rozliczeniowy. Należy także wskazać, że w celu dokonania analizy danych, na etapie badania klinicznego, dokonuje się założeń dotyczących ilości osób uczestniczących w badaniu klinicznym. Proces gromadzenia odpowiedniej ilości pacjentów jest rozłożony w czasie i może trwać od kilku miesięcy do kilku lat. W celu ustalenia jednolitej grupy wyjściowej dla protokołu określa się kryteria, które uczestnik musi spełnić, żeby rozpocząć terapię w badaniu klinicznym. Proces ten nazywa się screeningiem. Proces screeningu finansowany jest również w całości przez Sponsora badania klinicznego. Płatność za etap screeningu następuje na podstawie proporcji ilości pacjentów włączonych do badania, do ilości pacjentów, którzy nie weszli do badania z powodu nie spełnienia kryteriów włączenia do badania. W części Umów przewidziano, że rozliczenie procesu screeningu pomiędzy Sponsorem a Ośrodkiem następuje łącznie z rozliczeniem za badania kliniczne, a w pozostałej części Umów przewidziano, że rozliczenie screeningu następuje osobno - na podstawie odrębnego zestawienia. Niezależnie od formalności związanych z rozliczaniem procesu screeningu, dopiero akceptacja przez Sponsora przeprowadzonych w danym okresie badań (ujętych w formie zestawienia) uznawane jest za zaakceptowaną, wykonaną usługę i stanowi podstawę do wystawienia faktury przez Ośrodek. Należy zwrócić uwagę, że powyższa akceptacja może nastąpić w ciągu miesiąca lub nawet kilku lat, w zależności od spełnienia warunków określonych w Umowie. Dodatkowo w części Umów zawarto postanowienia, zgodnie z którymi część wynagrodzenia skalkulowanego w zestawieniach okresowych dotycząca zarówno badań klinicznych jak i tzw. screeningu zostaje zatrzymana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych (zazwyczaj w wysokości 15% wynagrodzenia). Powyższa zatrzymana część wynagrodzenia doliczana jest do faktury końcowej wystawianej po całkowitym zakończeniu badań klinicznych pod warunkiem spełnienia przez Ośrodek i Badacza wszystkich obowiązków wskazanych w Umowie, w tym w szczególności udzielenie odpowiedzi na wszystkie pytania Sponsora zgłoszone do Ośrodka.

Pytania

1.Czy Wnioskodawca powinien rozpoznawać moment powstania obowiązku podatkowego na gruncie VAT dla części wykonanej usługi w dniu przyjęcia przez Sponsora częściowego wykonania usługi, tj. przeprowadzonych w danym okresie rozliczeniowym badań/wizyt oraz procesów screeningu w oparciu o art. 19a ust. 2 VATU?

2.Czy w przypadkach, w których część wynagrodzenia skalkulowana w zestawieniach okresowych jest zatrzymywana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych (odbioru końcowego) i wypłacana dopiero po spełnieniu przez Ośrodek i Badacza wszystkich warunków określonych w umowie, moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie tej części wynagrodzenia na gruncie ustawy o VAT wystąpi najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru końcowego) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych?

3.Jeżeli stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1 będzie w ocenie Dyrektora KIS nieprawidłowe, to czy usługi badań klinicznych należy uznać za usługi świadczone w sposób ciągły rozliczane w okresach rozliczeniowych, a w konsekwencji tego Wnioskodawca powinien rozpoznawać obowiązek podatkowy na gruncie VAT z upływem każdego okresu, do którego odnoszą się następujące po sobie płatności lub rozliczenia w oparciu o art. 19a ust. 3 VATU?

Państwa stanowisko w sprawie w zakresie podatku od towarów i usług:

w zakresie pytania nr 1 Ad 1

W ocenie Wnioskodawcy, Spółka powinna rozpoznawać moment powstania obowiązku podatkowego w VAT dla części wykonanej usługi dopiero w dniu przyjęcia częściowego wykonania usługi, czyli w dniu zaakceptowania przez Sponsora okresowego zestawienia przeprowadzonych wizyt/badań. Kwestie powstania obowiązku podatkowego reguluje w szczególności art. 19a ust. 1 VATU, zgodnie z którym obowiązek podatkowy powstaje z chwilą wykonania usługi. Natomiast w oparciu o art. 19a ust. 2 VATU w odniesieniu do przyjmowanych częściowo usług, usługę uznaje się również za wykonaną, w przypadku wykonania części usługi, dla której to części określono zapłatę. Zatem przywołana norma prawna głosi, że obowiązek podatkowy powstaje w dniu częściowego wykonania usługi pod warunkiem, że: 1. była ona częściowo przyjęta oraz 2. określono dla tej części zapłatę. Obowiązek podatkowy w takim przypadku powstaje najwcześniej w dniu, w którym oba te warunki będą spełnione łącznie. Wystarczy więc, aby częściowe wykonanie usługi nie zostało przyjęte lub zapłata nie była określona w danym okresie, aby nie powstał w nim obowiązek podatkowy na gruncie VAT z tytułu częściowego wykonania usługi. W odniesieniu do tych zasad, Wnioskodawca podkreślił w opisie stanu faktycznego, że zawiera umowy o przeprowadzenie badań klinicznych ze Sponsorami, a badanie kliniczne może trwać nawet kilka lat. W umowach jest ustalone, że co określony czas strony przystępują do procedury odbioru części usługi i kalkulacji wynagrodzenia należnego Wnioskodawcy. Przystąpienie do takiego rozliczenia następuje co z góry ustalony czas, przykładowo co trzy miesiące. Proces ten kończy się akceptacją przez Sponsora zestawienia odbytych wizyt i wykonanych procedur w danym okresie rozliczeniowym. Zestawienie zawiera wykaz czynności wykonanych w danym przedziale czasowym, ustalone w porozumieniu ze Sponsorem, podlegających rozliczeniu w częściowym rozliczeniu usług badań klinicznych. Z uwagi na specyfikę przedmiotu Umów, dopiero po akceptacji przez Sponsora powyższego zestawienia możliwe jest ostateczne ustalenie zakresu wykonanej usługi oraz kwoty należności do wystawienia faktury. Jak zaznaczono w opisie stanu faktycznego pomiędzy wizytą pacjenta/wykonaniem procedury, której dotyczy Umowa, a akceptacją przez Sponsora zestawienia przeprowadzonych wizyt, co będzie przez strony traktowane jako wykonanie (zakończenie) usługi, może upłynąć okres nawet do kilku lat. Wynika to z różnych cykli prowadzonych badań i nie jest możliwe inne uregulowanie tej kwestii w Umowach z uwagi na specyfikę badań klinicznych. W Umowach zawierane są postanowienia, zgodnie z którymi usługa świadczona przez Wnioskodawcę jest przyjmowana przez Sponsora częściowo aż do całkowitego zakończenia badań klinicznych. Dla ustrukturyzowania terminów częściowego przyjmowania usług i rozliczenia finansowego, strony ustalają, że co określony czas (na ogół co 3 miesiące) będą przystępowały do procedury odbioru części usługi i kalkulacji wynagrodzenia należnego Wnioskodawcy za dany okres świadczenia usługi. W ocenie Wnioskodawcy dopiero po akceptacji powyższego zestawienia przez Sponsora, zgodnie z wolą Sponsora i Wnioskodawcy wynikającą z Umów, dochodzi do: 1. przyjęcia części wykonanej usługi oraz 2. określenia zapłaty za tę część. W przedstawionym stanie faktycznym moment częściowego przyjęcia usługi i określenia dla tej części zapłaty jest więc tożsamy i występuje w momencie zatwierdzenia przez Sponsora zestawienia wykonanych czynności do rozliczenia w danym okresie rozliczeniowym. W ocenie Wnioskodawcy, w związku z treścią art. 19a ust. 2 VATU należy więc uznać, że w oparciu o tę regulację obowiązek podatkowy na gruncie VAT powstanie w przedmiotowej sprawie dopiero wtedy, gdy usługa badania klinicznego będzie częściowo przyjęta i dla tej części zostanie określona zapłata, tj. w momencie zatwierdzenia zestawienia wykonanych czynności (wizyt) przez Sponsora. Należy zwrócić uwagę, że TSUE w wyroku C-224/18 stwierdził, iż dyrektywa 2006/112/WE nie sprzeciwiła się temu, aby formalny odbiór usługi był uważany za moment, w którym usługa ta została wykonana, jeżeli po pierwsze, formalność odbioru została uzgodniona przez strony w umowie wiążącej je postanowieniami umownymi odzwierciedlającymi rzeczywistość gospodarczą i handlową w dziedzinie, w której usługa jest wykonywana i po drugie, formalność ta stanowi materialne zakończenie usługi i ustala ostatecznie wysokość należnego świadczenia wzajemnego. Tezy tego orzeczenia uwzględnił NSA w wyroku z 18 lipca 2019 r. sygn. I FSK 65/16. Sąd uznał w niniejszej sprawie, iż „uzgodniony w umowie o świadczenie usług budowlanych i budowlano-montażowych odbiór robót, w sytuacji, gdy tego rodzaju warunek odzwierciedla normy i standardy istniejące w dziedzinie, w której taka usługa jest wykonywana, jest decydujący dla uznania, że usługa została wykonana dla potrzeb określenia chwili powstania obowiązku podatkowego w rozumieniu art. 19a ust. 5 pkt 3 lit. a) w związku z art. 19a ust. 1 i 2 ustawy o podatku od towarów i usług”. Analogiczne podejście zaprezentował WSA w Warszawie w wyroku z 15 stycznia 2020 r., sygn. III SA/Wa 2687/19. W uzasadnieniu tego orzeczenia Sąd stwierdził, że: „Organy podatkowe niezasadnie prezentowały pogląd, zgodnie z którym o wykonaniu usług budowlanych lub budowlano-montażowych będzie decydować faktyczne wykonanie tych usług. Tymczasem na termin powstania obowiązku podatkowego wpływ mogą mieć postanowienia umowne pomiędzy stronami umowy o roboty budowlane. Uzgodniony w umowie o świadczenie usług budowlanych i budowlano-montażowych odbiór robót, w sytuacji, gdy tego rodzaju warunek odzwierciedla normy i standardy istniejące w dziedzinie, w której taka usługa jest wykonywana, jest decydujący dla uznania, że usługa została wykonana dla potrzeb określenia chwili powstania obowiązku podatkowego”. W ocenie Wnioskodawcy, orzeczenie TSUE wydane w sprawie C-224/18 i wydane po nim wyroki polskich sądów administracyjnych mają uniwersalny charakter, nie dotyczą wyłącznie usług budowlanych, a tezy tych orzeczeń dotyczą w zasadzie wszystkich usług, które mogą być przyjmowane w częściach odbieranych w formalny sposób, zgodnie z warunkami umowy. Mając to na względzie, w ocenie Wnioskodawcy, obowiązek podatkowy na gruncie VAT z tytułu usługi o przeprowadzenie badania klinicznego powinien być rozpoznawany w dniu zatwierdzenia przez Sponsora poszczególnych zestawień, zgodnych z protokołem badania, co będzie równoznaczne z częściowym wykonaniem usługi. Organy podatkowe odnosiły się już do podobnych stanów faktycznych i analogicznego stanu prawnego w wydanych interpretacjach indywidualnych. Przykładowo Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej w interpretacji indywidualnej z 22.11.2017 r., sygn. IPPP1/443-55/14-3/EK stwierdził, że: „w niniejszej sprawie, Wnioskodawca z uwagi na brak możliwości obliczenia podstawy opodatkowania (zależnej od wysokości należnej zapłaty), nie będzie mógł stwierdzić, w jakiej wysokości zobowiązanie podatkowe go obciąża, a tym samym jaki podatek należny powinien uwzględnić w składanej przez siebie deklaracji i jakiej wpłaty na rzecz organu podatkowego powinien dokonać. W okolicznościach niniejszej sprawy bowiem Wnioskodawca (...) nie ma możliwości samodzielnego ustalenia wysokości należnego mu wynagrodzenia za dany okres. (...) W konsekwencji powyższego, należy stwierdzić, że obowiązek podatkowy w tak przedstawionych okolicznościach, nie może powstawać na podstawie art. 19a ust. 3 ustawy, tj. po ustalonym terminie rozliczeń, gdyż Wnioskodawca nie ma możliwości ustalenia wynagrodzenia jakie mu przysługuje. Należy przyjąć, że Usługa za dany okres jest zakończona, w momencie zapłaty, bądź w momencie, kiedy Wnioskodawca otrzyma raport o wysokości wynagrodzenia, gdyż dopiero wówczas Wnioskodawca będzie mógł w myśl art. 29a ust. 1 ustawy określić podstawę opodatkowania Usługi. Tym samym stanowisko Wnioskodawcy, że z tytułu świadczenia Usług obowiązek podatkowy, pomimo upływu umownego okresu rozliczeniowego, powinien zostać rozpoznany dopiero, gdy znana będzie kwota należna Wnioskodawcy z tytułu świadczonych Usług należało uznać za prawidłowe”. Analogiczne stanowisko, zgodnie z którym to właśnie moment zatwierdzenia wykonania usługi przez usługobiorcę powoduje powstanie obowiązku podatkowego, zostało zaprezentowanie także w wielu innych orzeczeniach i interpretacjach indywidualnych, w tym m.in. w: interpretacji indywidualnej z dnia 24 stycznia 2022 r. wydanej przez: Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, 0113-KDIPT1-3.4012.835.2021.1.JM; interpretacji indywidualnej z dnia 4 marca 2022 r. wydanej przez: Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej, IPPP1/443-633/14-3/S/MPE; wyroku NSA z dnia 10 września 2021 r., I FSK 1038/16, LEX nr 3264791; wyroku TSUE z dnia 2 maja 2019 r., C-224/18, BUDIMEX S.A. v. MINISTER FINANSÓW., LEX nr 2651207; wyroku NSA z dnia 18 lipca 2019 r., I FSK 65/16, LEX nr 2740766; wyroku NSA z dnia 26 maja 2021 r., I FSK 745/16, LEX nr 3192415. Reasumując, obowiązek podatkowy na gruncie VAT z tytułu częściowego wykonania usługi badania klinicznego powstaje w dniu przyjęcia częściowego wykonania usługi, tj. w dniu zatwierdzenia zestawienia przez Sponsora.

w zakresie pytania nr 2 Ad 2

W ocenie Wnioskodawcy, w przypadkach, w których część wynagrodzenia skalkulowana w zestawieniach okresowych jest zatrzymywana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych, moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie tej części wynagrodzenia na gruncie ustawy o VAT wystąpi najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru końcowego) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych, w tym w szczególności udzielenie odpowiedzi na wszystkie pytania Sponsora zgłoszone do Ośrodka. Jak wskazano w opisie stanu faktycznego w części Umów zawarto postanowienia, zgodnie z którymi część wynagrodzenia należnego Ośrodkowi dotycząca zarówno badań klinicznych jak i tzw. screeningu zostanie zatrzymana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych oraz zaakceptowania (odbioru) wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków wskazanych w danej umowie na badania kliniczne. Jak już sygnalizowano, wyłącznie końcowy rezultat dostarczy zlecającemu - Sponsorowi - pełny i oczekiwany rezultat - wykonanie całości zleconej usługi. Z powyższego powodu oprócz rozliczeń okresowych (zazwyczaj kwartalnych) strony zastrzegły w niektórych Umowach, że po całkowitym zakończeniu badań klinicznych objętych daną Umową Sponsor po stwierdzeniu spełnienia wszystkich obowiązków umownych przez Ośrodek i Badacza wypłaci na podstawie faktury końcowej pozostałą, zatrzymaną wcześniej część wynagrodzenia. Zatrzymana część wynagrodzenia zostanie wypłacona Ośrodkowi i Badaczowi po prawidłowym wykonaniu wszystkich obowiązków umownych, w tym w szczególności udzielenie odpowiedzi na wszystkie pytania Sponsora zgłoszone do Ośrodka. W ocenie Wnioskodawcy, w powyższych przypadkach moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie zatrzymanej części wynagrodzenia wystąpi na gruncie ustawy o VAT najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych (odbiór końcowy). Rozliczenie zatrzymanego wynagrodzenia nastąpi na podstawie faktury końcowej wystawionej po całkowitym zakończeniu badań klinicznych objętych daną Umową.

w zakresie pytania nr 3 Ad 3

W przypadku, gdyby Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej uznał stanowisko Wnioskodawcy w zakresie pytania nr 1 za nieprawidłowe, to w realiach opisanego zdarzenia przyszłego, w ocenie Wnioskodawcy, należy uznać usługi badań klinicznych za usługi świadczone w sposób ciągły, rozliczane w okresach rozliczeniowych, zgodnie z art. 19a ust. 3 VATU. Badania kliniczne mogą trwać nawet kilka lat, dlatego będą rozliczane przez Sponsora, Badacza i Ośrodek (Wnioskodawcę) w następujących po sobie przedziałach czasu, do których odnoszą się płatności lub rozliczenia (zasadniczo kwartalnie). Kwestia powstania obowiązku podatkowego w takim przypadku jest uregulowana w art. 19a ust. 1 w powiązaniu z art. 19a ust. 3 VATU. Przepisy te wprowadzają zasadę, że obowiązek podatkowy powstaje w dniu wykonania usługi, dla której w związku z jej świadczeniem ustalane są następujące po sobie terminy płatności lub rozliczeń, kiedy to uznaje się usługę za wykonaną z upływem każdego okresu, do którego odnoszą się te płatności lub rozliczenia, do momentu zakończenia świadczenia tej usługi. Przepisy VATU nie wskazują natomiast na to, w jaki sposób ustalać długość okresów rozliczeniowych. Przepis art. 19a ust. 3 VATU nie zakłada również, aby okresy rozliczeniowe były regularne, to znaczy trwały taką samą ilość czasu (na przykład miesiąc, trzy miesiące, sześć miesięcy). Oznacza to więc, że pierwszy okres rozliczeniowy może przykładowo obejmować usługi wykonane w czasie trzech miesięcy, podczas gdy drugi okres rozliczeniowy może wynosić na przykład pięć miesięcy, itd. W przedstawionym stanie faktycznym badania kliniczne będące przedmiotem Umów mogą trwać nawet kilka lat, a Sponsor, Badacz i Ośrodek (Wnioskodawca) porozumieją się co do okresu, po którym inicjowane będzie rozliczanie usług (zasadniczo co kwartał). Natomiast długość okresu rozliczeniowego wyznaczana będzie przez dzień, w którym Sponsor zatwierdzi zestawienie wykonanych czynności - równoznaczny z ostatnim dniem zakończonego okresu rozliczeniowego, po którym rozpoczyna się kolejny okres rozliczeniowy. W opisie zdarzenia przyszłego Wnioskodawca wyczerpująco opisał czynności wykonywane w ramach świadczonej usługi, to, że wynikają one z protokołu badania oraz że w ramach prowadzenia badania gromadzone są dane o charakterze medycznym. Te wszystkie dane są istotne z perspektywy podmiotu zlecającego Wnioskodawcy wykonanie usługi, ponieważ celem Sponsora jest pozyskanie i analiza finalnych wyników przeprowadzonych badań (testów) po przeprowadzeniu wszystkich objętych protokołem badania procedur medycznych, na zaplanowanej liczbie osób, w określonym porządku i w ustalony sposób. Pojedyncze badania poszczególnych pacjentów nie mają dla Sponsora żadnej wartości, bowiem mogą zniekształcić ostateczną ocenę. W tym względzie wizyta Monitora badania mająca na celu stwierdzenie zakresu wykonanych prac i ich zgodności z protokołem ma istotne znaczenie w świadczeniu usługi. Uwzględniając charakter prowadzenia badań klinicznych taka akceptacja usługi zgodnie z protokołem nie jest wyłącznie czynnością administracyjną, lecz ma istotny wpływ na treść usługi. Należy zwrócić uwagę, że do częściowego przyjęcia usługi i określenia dla tej części zapłaty dochodzi w momencie zatwierdzenia przez Sponsora zestawienia wykonanych przez Ośrodek czynności do rozliczenia. Przed zatwierdzeniem nie będzie można mówić o przyjęciu części wykonanej usługi, ponieważ będą się temu sprzeciwiać ustalenia umowne. Data akceptacji przez Sponsora ww. zestawienia stanowić będzie datę częściowego wykonania usługi przez Ośrodek. Podsumowując, uwzględniając przywołane przepisy oraz stanowisko organów podatkowych, jeżeli stanowisko przedstawione do pytania nr 1 będzie nieprawidłowe, to usługi badań klinicznych należy uznać za usługi świadczone w sposób ciągły rozliczane w okresach rozliczeniowych, a w konsekwencji tego Ośrodek powinien rozpoznać obowiązek podatkowy na gruncie VAT z upływem każdego okresu, do którego odnoszą się następujące po sobie płatności lub rozliczenia, tj. w oparciu o art. 19a ust. 3 VATU.

Interpretacja indywidualna

Rozpatrzyłem Państwa wniosek – 10 października 2022 r. wydałem interpretację indywidualną znak: 0111-KDIB3-1.4012.554.2021.1.KO, w której uznałem Państwa stanowisko za nieprawidłowe.

Interpretację doręczono Państwu 10 października 2022 r.

Skarga na interpretację indywidualną

8 listopada 2022 r. wnieśli Państwo skargę na interpretację do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu, w której wnieśli Państwo o:

1. uchylenie zaskarżonej interpretacji indywidualnej,

2. zasądzenie od organu podatkowego na rzecz skarżącego zwrotu kosztów postępowania, w tym kosztów zastępstwa procesowego według norm prawem przepisanych.

Postępowanie przed sądem administracyjnym

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu uchylił skarżoną interpretację – wyrokiem z 8 lutego 2023 r., sygn. akt I SA/Po 923/22.

Wniosłem skargę kasacyjną od tego wyroku do Naczelnego Sądu Administracyjnego.

Naczelny Sąd Administracyjny – wyrokiem z 3 lutego 2026 r., sygn. akt I FSK 876/23 oddalił skargę kasacyjną.

Wyrok WSA w Poznaniu, który uchylił interpretację indywidualną stał się prawomocny od 3 lutego 2026 r. (data wpływu do tut. Organu 18 maja 2026 r.).

Ponowne rozpatrzenie wniosku – wykonanie wyroku

Zgodnie z art. 153 ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.):

Ocena prawna i wskazania co do dalszego postępowania wyrażone w orzeczeniu sądu wiążą w sprawie organy, których działanie, bezczynność lub przewlekłe prowadzenie postępowania było przedmiotem zaskarżenia, a także sądy, chyba że przepisy prawa uległy zmianie.

Wykonuję obowiązek, który wynika z tego przepisu, tj.:

• uwzględniam ocenę prawną i wskazania dotyczące postępowania, które wyraził Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu oraz Naczelny Sąd Administracyjny w ww. wyrokach;

• ponownie rozpatruję Państwa wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej – stwierdzam, że stanowisko w zakresie nr 1 i nr 2, które przedstawili Państwo we wniosku jest prawidłowe.

Uzasadnienie interpretacji indywidualnej

Zgodnie z art. 5 ust. 1 pkt 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (t.j. Dz.U. z 2022 r., poz. 931 ze zm.), zwanej dalej ustawą lub ustawą o VAT:

Opodatkowaniu ww. podatkiem podlegają odpłatna dostawa towarów i odpłatne świadczenie usług na terytorium kraju.

W myśl art. 7 ust. 1 ustawy:

Przez dostawę towarów, o której mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się przeniesienie prawa do rozporządzania towarami jak właściciel (...).

Stosownie do art. 8 ust. 1 ustawy:

Przez świadczenie usług, o którym mowa w art. 5 ust. 1 pkt 1, rozumie się każde świadczenie na rzecz osoby fizycznej, osoby prawnej lub jednostki organizacyjnej niemającej osobowości prawnej, które nie stanowi dostawy towarów w rozumieniu art. 7 (…).

Wskazać także należy, że strony mogą dowolnie kształtować treść umowy jednakże musi się to odbywać w granicach wyznaczonych przez obowiązujące przepisy prawa, w tym także przepisy prawa podatkowego. Umowa nie może wpływać na rozliczenia podatkowe, które bezpośrednio wynikają z przepisów. Oznacza to, że postanowienia umowne w tej kwestii są istotne, niemniej jednak należy zwrócić uwagę, na specyfikę danej dostawy, aby zapobiec możliwości dowolnego ustalania przez strony umowy momentu dokonania danej dostawy a w konsekwencji nieuzasadnionego przesuwania momentu powstania obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług.

Zgodnie z zasadą ogólną, zawartą w art. 19a ust. 1 ustawy:

Obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy towarów lub wykonania usługi, z zastrzeżeniem ust. 1a, 1b, 5 i 7-11, art. 14 ust. 6, art. 20, art. 21 ust. 1 i art. 138f.

Na podstawie art. 19a ust. 2 ustawy:

W odniesieniu do przyjmowanych częściowo usług, usługę uznaje się również za wykonaną, w przypadku wykonania części usługi, dla której to części określono zapłatę.

W świetle art. 19a ust. 3 ustawy:

Usługę, dla której w związku z jej świadczeniem ustalane są następujące po sobie terminy płatności lub rozliczeń, uznaje się za wykonaną z upływem każdego okresu, do którego odnoszą się te płatności lub rozliczenia, do momentu zakończenia świadczenia tej usługi. Usługę świadczoną w sposób ciągły przez okres dłuższy niż rok, dla której w związku z jej świadczeniem w danym roku nie upływają terminy płatności lub rozliczeń, uznaje się za wykonaną z upływem każdego roku podatkowego, do momentu zakończenia świadczenia tej usługi.

Stosownie do art. 19a ust. 8 ustawy:

Jeżeli przed dokonaniem dostawy towaru lub wykonaniem usługi otrzymano całość lub część zapłaty, w szczególności przedpłatę, zaliczkę, zadatek, ratę, wkład budowlany lub mieszkaniowy przed ustanowieniem spółdzielczego prawa do lokalu mieszkalnego lub lokalu o innym przeznaczeniu, obowiązek podatkowy powstaje z chwilą jej otrzymania w odniesieniu do otrzymanej kwoty, z wyjątkiem:

1) dostaw towarów, w stosunku do których obowiązek podatkowy powstaje w sposób, o którym mowa w ust. 1b;

2) dostaw towarów i świadczenia usług, w stosunku do których obowiązek podatkowy powstaje w sposób, o którym mowa w ust. 5 pkt 4.

Analiza przywołanych wyżej przepisów wskazuje, że przepis art. 19a ust. 1 ustawy, formułuje zasadę ogólną, zgodnie z którą obowiązek podatkowy powstaje z chwilą dokonania dostawy towaru bądź wykonania usługi co oznacza, że podatek staje się wymagalny w rozliczeniu za okres, w którym dokonana została dostawa towarów bądź świadczenie usług i powinien być rozliczony za ten okres.

Wykonanie usługi (w całości lub części) oznacza faktyczne jej zrealizowanie. Ustawa nie definiuje tego momentu, ani w żaden sposób nie precyzuje, jakimi kryteriami należy posługiwać się dla jego określenia. O faktycznym wykonaniu usługi decyduje jej charakter.

W art. 19a ust. 3 ustawy ustawodawca wprowadził unormowanie w zakresie uznania za wykonaną „usługę, dla której w związku z jej świadczeniem ustalane są następujące po sobie terminy płatności lub rozliczeń”, czyli taką usługę, która jest zwykle wykonywana w sposób ciągły przez pewien czas, natomiast rozliczenie należności za nią następuje w ramach okresu.

Obecnie przepisy regulujące podatek od towarów i usług nie definiują pojęcia „sprzedaży o charakterze ciągłym”. Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z dnia 17 kwietnia 2012 r., sygn. akt I FSK 935/11 odniósł się do tego pojęcia następująco: „(...) sprzedaż o charakterze ciągłym (...) polega na świadczeniach ciągłych podatnika, obejmujących pewne stałe zachowania w czasie trwania stosunku obligacyjnego, zaspokajające interes odbiorcy tych świadczeń, poprzez ich trwały – pod względem czasowym i funkcjonalnym – charakter oraz cechujące się niemożliwością wyodrębnienia powtarzających się czynności podatnika, co jest charakterystyczne dla świadczeń ciągłych (okresowych)”.

Wykładnia językowa pojęcia „sprzedaż o charakterze ciągłym” sprowadza się do ustalenia znaczenia przymiotnika „ciągły”. W Słowniku Języka Polskiego pod red. J. Szymczaka (PWN, Warszawa 1989) słowo to zdefiniowane zostało jako „dziejący się, odbywający nieustannie, trwający stale, nieustannie; bezustanny, ustawiczny, stale się powtarzający, stały” oraz „ciągnący się nieprzerwanie w przestrzeni, nie mający luk, odstępów”.

Z powyższego wynika, że za sprzedaż o charakterze ciągłym należy uznać sprzedaż odbywającą się bezustannie, stale, bez przerwy itd. Pojęcie ciągłości rozumiane zgodnie z zasadami prawa cywilnego, należy odnieść do pojęcia zobowiązania o charakterze ciągłym. Zobowiązanie takie wytwarza stosunek prawny oznaczony terminem lub nim nieoznaczony. Charakter tego zobowiązania jest trwały i mogą z niego wypływać obowiązki ciągłe lub okresowe. W zobowiązaniu ciągłym nie da się wyróżnić powtarzających się odrębnych czynności, które można byłoby zakwalifikować jako świadczenia samodzielne w określonym momencie (czasie). Innymi słowy, w przypadku świadczenia ciągłego nie sposób stwierdzić, że zostało ono zrealizowane w konkretnej dacie, ponieważ jest ono realizowane stale – stan realizacji świadczenia trwa – przez określony okres (np. w przypadku najmu, usług telekomunikacyjnych czy dostawy energii elektrycznej). Pod pojęciem sprzedaży „ciągłej” należy więc rozumieć wynikające ze zobowiązania o charakterze ciągłym, świadczenie polegające na stałym i powtarzalnym (trwałym) zachowaniu się strony zobowiązanej do świadczenia.

Niemożność jednorazowego wykonania czynności o charakterze ciągłym powinna wynikać z rodzaju czynności (istoty świadczenia), a nie z okoliczności, że na mocy jednej umowy zawartej na określony czas dokonanych zostanie wiele świadczeń, które co do zasady mogą być wykonane jednorazowo. Samo zawarcie więc pomiędzy kontrahentami umowy, z której wynika zobowiązanie do dokonywania stałego świadczenia usług nie przesądza o uznaniu danej sprzedaży za sprzedaż o charakterze ciągłym.

Jednocześnie należy podkreślić, że dla celów powstania obowiązku podatkowego dokonanie czynności następuje z chwilą jej faktycznego dokonania, za wyjątkiem przypadków, w których przepisy ustawy określają wprost ten moment. W przypadku świadczenia usług ustawa nie definiuje momentu jej wykonania, ani w żaden sposób nie precyzuje, jakimi kryteriami należy posługiwać się dla jego określenia. Należy jednak wskazać, że o faktycznym wykonaniu usługi decyduje jej charakter.

Podkreślić jednakże należy, że ustalenie zakresu świadczonej usługi i w konsekwencji momentu jej wykonania powinno następować w sposób obiektywny. Oznacza to, że postanowienia umowne w tej kwestii niewątpliwie są istotne, niemniej jednak należy zwrócić uwagę na charakter i specyfikę danego świadczenia, aby zapobiec możliwości manipulowania przez strony umowy momentem wykonania danej usługi, a w konsekwencji nieuzasadnionego przesuwania momentu powstania obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług. Zatem ewentualne postanowienia umowne o uznaniu usługi za wykonaną pozostają bez znaczenia dla określenia momentu powstania obowiązku w podatku od towarów i usług.

Z opisu sprawy wynika, że Spółka świadczy usługi w ramach umów na badania kliniczne. Zawarte umowy są umowami (...), a ich stronami są: Ośrodek (Wnioskodawca) - placówka medyczna, Sponsor i Badacz. Celem badań klinicznych jest dostarczenie Sponsorowi danych pozwalających na zarejestrowanie leku do powszechnego stosowania. W umowach Spółka zobowiązuje się do wygenerowania danych powstałych z przeprowadzonych procedur medycznych w odpowiednim harmonogramie czasowym uwzględnionym w protokole badania klinicznego. Celem Sponsora jest pozyskanie i analiza finalnych wyników przeprowadzonych badań (testów) tj. po przeprowadzeniu wszystkich objętych protokołem badania procedur medycznych, na zaplanowanej liczbie osób, w określonym porządku i w ustalony sposób. Tylko końcowy rezultat, czyli raport z przeprowadzonych badań wraz z kompletną dokumentacją medyczną dostarczy zlecającemu – Sponsorowi – pełny i oczekiwany rezultat – wykonania całości zleconej usługi. Wysokości wynagrodzenia należnego Ośrodkowi za wykonane badania kliniczne uzależniona jest m.in. od liczby pacjentów i odbytych przez nich wizyt. Zgodnie z zapisami umów Badacz na bieżąco, po każdej wizycie pacjenta, przesyła Sponsorowi wyniki badania, uzupełniając formularz CRF. Następnie Sponsor przeprowadza szczegółową weryfikację przesłanej przez badacza dokumentacji. Następnie Sponsor kieruje do Ośrodka tzw. Monitora badań klinicznych, którego zadaniem jest stwierdzenie, czy wszystkie procedury medyczne, opisany stan i warunki ich przeprowadzenia są zgodne z wymogami opisanymi w protokole badania. Jeżeli podczas wizyty monitorującej Monitor dostrzeże nieprawidłowości w sposobie wykonania określonej w protokole badania procedury lub we wprowadzonych do danych do CRF, to wówczas konieczne będzie usunięcie tych nieprawidłowości. Sponsor za wadliwe czynności nie wypłaci wynagrodzenia ani Badaczowi ani Ośrodkowi. Tylko prawidłowe zweryfikowane i zatwierdzone przez monitora badań klinicznych procedury stanowią podstawę do ustalenia wynagrodzenia dla Ośrodka i Badacza. Wynagrodzenie należne Ośrodkowi z tytułu świadczonej usługi kalkulowane jest za każdego pacjenta, który bierze udział w badaniach klinicznych zgodnie z protokołem badania. W związku z przyjmowaniem częściowo wykonanej usługi, Ośrodkowi należne jest wynagrodzenie kalkulowane proporcjonalnie do liczby wizyt odbytych przez pacjentów, zgodnie ze schematem wynagrodzenia, który odzwierciedla schemat wizyt i procedur wymaganych protokołem badania. Dopiero w dniu zatwierdzenia zestawienia przeprowadzonych wizyt w danym okresie (zestawienie okresowe) znany jest zakres wykonanych częściowo usług i wynagrodzenie należne Ośrodkowi (za dany okres rozliczeniowy). Na podstawie zatwierdzonego przez Sponsora zestawienia Ośrodek wystawia fakturę z tytułu świadczenia usług (częściowego wykonania usług objętych umową). Płatność na rzecz Ośrodka za wykonanie poszczególnych etapów uzależniona jest od ich zaakceptowania przez Sponsora. Jakość i poprawność danych przeniesionych do systemów, weryfikowana jest przez Sponsora - podczas wizyt monitorujących, które odbywają się w różnych interwałach czasowych od 1 do 3 miesięcy. Zaakceptowanie przeprowadzonych wizyt pod względem kompletności i jakości danych są warunkiem dokonania zapłaty za wizytę (daną, kompleksową usługę). Zgodnie z Umowami, zaakceptowanie zestawienia jest równoznaczne z wykonaniem usługi. Wykaz zaakceptowanych usług przekazywany jest do Spółki w odpowiednich, określonych w umowie interwałach czasu, najczęściej w okresach kwartalnych. Wygenerowanie zestawienia zaakceptowanych wizyt odbywa się najczęściej w terminach do 30 dni po zakończeniu okresu rozliczeniowego. Z uwagi na specyfikę przedmiotu Umów, dopiero po otrzymaniu zestawienia możliwe jest ustalenie kwoty należności do wystawienia faktury. Co istotne:

-Ośrodek nie wystawia faktur przed dniem przyjęcia przez Sponsora częściowo wykonanej usługi,

-Sponsor dokonuje płatności z dołu, po otrzymaniu faktury od Ośrodka w ustalonym terminie,

-Ośrodek nie otrzymuje od Sponsora żadnej formy przedpłaty, zaliczki, zadatku, raty, itp.

W Umowach zawarto postanowienia, zgodnie z którymi usługa będzie przyjmowana częściowo aż do całkowitego zakończenia badań klinicznych objętych daną Umową. Dla ustrukturyzowania terminów częściowego przyjmowania usług i rozliczenia finansowego, strony ustaliły, że co określony czas (na ogół trzy miesiące) będą przystępowały do procedury odbioru części usługi i kalkulacji wynagrodzenia należnego Ośrodkowi i Badaczowi za dany okres rozliczeniowy. W celu dokonania analizy danych, na etapie badania klinicznego, dokonuje się założeń dotyczących ilości osób uczestniczących w badaniu klinicznym. Proces gromadzenia odpowiedniej ilości pacjentów jest rozłożony w czasie i może trwać od kilku miesięcy do kilku lat. W celu ustalenia jednolitej grupy wyjściowej dla protokołu określa się kryteria, które uczestnik musi spełnić, żeby rozpocząć terapię w badaniu klinicznym. Proces ten nazywa się screeningiem. Proces screeningu finansowany jest również w całości przez Sponsora badania klinicznego. Płatność za etap screeningu następuje na podstawie proporcji ilości pacjentów włączonych do badania, do ilości pacjentów, którzy nie weszli do badania z powodu nie spełnienia kryteriów włączenia do badania. W części Umów przewidziano, że rozliczenie procesu screeningu pomiędzy Sponsorem a Ośrodkiem następuje łącznie z rozliczeniem za badania kliniczne, a w pozostałej części Umów przewidziano, że rozliczenie screeningu następuje osobno - na podstawie odrębnego zestawienia. Niezależnie od formalności związanych z rozliczaniem procesu screeningu, dopiero akceptacja przez Sponsora przeprowadzonych w danym okresie badań (ujętych w formie zestawienia) uznawane jest za zaakceptowaną, wykonaną usługę i stanowi podstawę do wystawienia faktury przez Ośrodek. Powyższa akceptacja może nastąpić w ciągu miesiąca lub nawet kilku lat, w zależności od spełnienia warunków określonych w Umowie. Dodatkowo w części Umów zawarto postanowienia, zgodnie z którymi część wynagrodzenia skalkulowanego w zestawieniach okresowych dotycząca zarówno badań klinicznych jak i tzw. screeningu zostaje zatrzymana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych (zazwyczaj w wysokości 15% wynagrodzenia). Powyższa zatrzymana część wynagrodzenia doliczana jest do faktury końcowej wystawianej po całkowitym zakończeniu badań klinicznych pod warunkiem spełnienia przez Ośrodek i Badacza wszystkich obowiązków wskazanych w Umowie, w tym w szczególności udzielenie odpowiedzi na wszystkie pytania Sponsora zgłoszone do Ośrodka.

Wątpliwości Państwa dotyczą kwestii:

- czy powinni Państwo rozpoznawać moment powstania obowiązku podatkowego dla części wykonanej usługi w dniu przyjęcia przez Sponsora częściowego wykonania usługi, tj. przeprowadzonych w danym okresie rozliczeniowym badań/wizyt oraz procesów screeningu w oparciu o art. 19a ust. 2 ustawy,

- czy w przypadkach, w których część wynagrodzenia skalkulowana w zestawieniach okresowych jest zatrzymywana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych (odbioru końcowego) i wypłacana dopiero po spełnieniu przez Ośrodek i Badacza wszystkich warunków określonych w umowie, moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie tej części wynagrodzenia wystąpi najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru końcowego) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych.

Dokonując rozstrzygnięcia kwestii będącej przedmiotem Państwa wątpliwości, trzeba mieć na uwadze stanowisko Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w Poznaniu przedstawione w wyroku z 8 lutego 2023 r. sygn. akt I SA/Po 923/22 oraz Naczelnego Sądu Administracyjnego zawarte w wyroku z 3 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 876/23, które jako zapadłe w tej sprawie, wiążą Organ z mocy art. 153 ww. ustawy z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi.

Wojewódzki Sąd Administracyjny w Poznaniu w wyroku z 8 lutego 2023 r. sygn. akt I SA/Po 923/22 stwierdził, że:

(…) Organ wprawdzie zacytował opis stanu faktycznego z wniosku o interpretację, podkreślił, iż o faktycznym wykonaniu usługi decyduje jej charakter, ale w praktyce nie uwzględnił w procesie wydania interpretacji charakterystyki usług o przeprowadzenie badania klinicznego, postanowień umownych między Ośrodkiem, Badaczem a Sponsorem co do sposobu rozliczenia świadczenia. Przyjął błędnie, że wysokość wynagrodzenia nie jest zależna od pozytywnej weryfikacji badań. Słusznie skarżąca zarzuciła, że kwestia akceptacji zakresu wykonanych prac przez Sponsora, faktycznie wpływa na treść usługi i nie jest jedynie czynnością z zakresu wzajemnych rozliczeń między Skarżącą a Sponsorem.

W ocenie Sądu, organ niewłaściwie przeanalizował zakres usługi opisany we wniosku. Doprowadziło to do błędnego uznania, że akceptacja usługi przez usługobiorcę (Sponsora) są czynnościami w zakresie wzajemnych rozliczeń pomiędzy Ośrodkiem a usługobiorcą (Sponsorem) i nie wpływają one na kształt usługi ani na fakt jej rzeczywistego zrealizowania. Organ nie uwzględnił specyfiki świadczonych usług, że w nich nie chodzi wyłącznie o przeprowadzenie badania pacjenta, ale o pozyskanie określonych danych, zgodnie z określonymi w umowie warunkami i procedurami, które z punktu widzenia Monitora są istotne i zostaną zaakceptowane przez Monitora. Wykonanie badania, które nie zostanie zaakceptowane przez Monitora, nie jest, jak wskazała to Spółka, wykonaniem usługi, za takie badanie Sponsor nie wypłaci wynagrodzenia. Pojedyncze badanie pacjentów nie mają dla Sponsora żadnej wartości, ponieważ mogą zniekształcić ostateczną ocenę. Działania Monitora mają zasadnicze znaczenie, akceptacja usługi zgodnie z protokołem nie jest czynnością wyłącznie administracyjną.

W związku z powyższym należy wskazać, że w interpretacji pominięto elementy stanu faktycznego dotyczące umownych ustaleń pomiędzy Ośrodkiem, Badaczem i Sponsorem.

W ocenie Sądu nie można w toku wydawania interpretacji pominąć tych istotnych elementów stanu faktycznego, ponieważ są one kluczowe dla właściwej wykładni przepisów prawa materialnego. Organ powinien uwzględnić również podnoszony przez Skarżącą argument, że obowiązki podatnika w zakresie ustalenia podstawy opodatkowania muszą być możliwe do wykonania, podatnik musi mieć wiedzę, które z przeprowadzonych badań zostały uznane za faktycznie wykonaną usługę zgodnie z wymaganymi procedurami przez zlecającego.

Naczelny Sąd Administracyjny w wyroku z 3 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 876/23 wskazał, że:

4.6. Istotne jest, że w wyroku w sprawie C-224/18 Trybunał, nawiązując do wcześniejszego orzecznictwa, podkreślił, że dla zakwalifikowania transakcji jako „transakcji podlegającej opodatkowaniu” w rozumieniu dyrektywy VAT, rzeczywistość gospodarcza i handlowa stanowi podstawowe kryterium dla stosowania wspólnego systemu VAT, które należy uwzględnić (wyrok z 22 listopada 2018 r. w sprawie C-295/17, EU:C:2018:942, pkt 43).

Zaznaczył także, wskazując na wyrok z 20 czerwca 2013 r. w sprawie C-653/11, EU:C:2013:409, pkt 43, że właściwe postanowienia umowne stanowią czynnik, który należy wziąć pod uwagę przy określaniu usługodawcy i usługobiorcy w ramach transakcji „świadczenia usług” w rozumieniu dyrektywy VAT.

Trybunał podkreślił, że „Nie można wykluczyć, że biorąc pod uwagę postanowienia umowne odzwierciedlające rzeczywistość gospodarczą i handlową w dziedzinie, w której usługa jest wykonywana, usługa ta może zostać uznana za wykonaną dopiero po dacie materialnego zakończenia usługi, w następstwie spełnienia pewnych warunków nierozerwalnie związanych z usługą i mających decydujące znaczenie dla zapewnienia jej kompletności” (pkt 29 uzasadnienia wyroku).

Wyjaśnił także że „W tych okolicznościach i w zakresie, w jakim odbiór robót został uzgodniony w umowie o świadczenie usług - w sytuacji gdy tego rodzaju warunek odzwierciedla normy i standardy istniejące w dziedzinie, w której jest dokonywana usługa, co podlega zweryfikowaniu przez sąd odsyłający - należy uznać, że formalność ta jest jako taka objęta usługą i że w związku z tym jest ona decydująca dla uznania, że owa usługa została rzeczywiście wykonana” (pkt 35 uzasadnienia wyroku).

W świetle całości rozważań Trybunał przyjął, że art. 66 akapit pierwszy lit. c dyrektywy VAT należy interpretować w ten sposób, że nie sprzeciwia się on temu, by w wypadku braku wystawienia faktury dotyczącej świadczonych usług lub wystawienia jej z opóźnieniem formalny odbiór tej usługi był uważany za moment, w którym usługa ta została wykonana, gdy - tak jak w sprawie rozpatrywanej w postępowaniu głównym - państwo członkowskie przewiduje, że podatek staje się wymagalny z upływem terminu rozpoczynającego bieg w dniu, w którym została wykonana usługa, jeżeli, po pierwsze, formalność odbioru została uzgodniona przez strony w umowie wiążącej je postanowieniami umownymi odzwierciedlającymi rzeczywistość gospodarczą i handlową w dziedzinie, w której usługa jest wykonywana i, po drugie, formalność ta stanowi materialne zakończenie usługi i ustala ostatecznie wysokość należnego świadczenia wzajemnego, co podlega zweryfikowaniu przez sąd odsyłający (pkt 37 uzasadnienia wyroku).

4.7. Z powyższego wyroku Trybunału wynika, że w zakresie, w jakim odbiór robót został uzgodniony w umowie o świadczeniu usług, w sytuacji, gdy tego rodzaju warunek odzwierciedla normy i standardy istniejące w dziedzinie, w której jest dokonywana usługa, należy uznać, że może być decydującą dla uznania, że owa usługa została rzeczywiście wykonana.

Powyższe stanowisko zostało przyjęte w orzecznictwie Naczelnego Sądu Administracyjnego na tle zbliżonej jak w rozpoznawanej sprawie problematyki „wykonania usługi” w kontekście daty powstania obowiązku podatkowego w oparciu o postanowienia umowne, w wyrokach z 18 lipca 2019 r. sygn. akt I FSK 65/16, z 10 października 2019 r., sygn. akt I FSK 1455/17, z 25 sierpnia 2020 r., sygn. akt I FSK 1266/16, z 21 grudnia 2021 r., sygn akt I FSK 1164/21 oraz z 15 czerwca 2023 r. sygn akt I FSK 1636/20 (dostępne w CBOSA) i podziela je także skład rozpoznający skargę kasacyjną w obecnie rozpoznawanej sprawie.

4.8. W rozpatrywanej obecnie sprawie charakterystyka ocenianych usług znajduje wyraz m.in. w opisanych we wniosku o wydanie interpretacji indywidualnej okolicznościach, z których jasno wynika, że badanie kliniczne jest usługą długotrwałą, jej czas trwania nie jest precyzyjnie określony i może trwać od roku do nawet kilkunastu lat.

W rezultacie - jak zasadnie przyjęła skarżąca spółka w stanowisku własnym - obowiązek podatkowy na gruncie VAT z tytułu usługi o przeprowadzenie badania klinicznego powinien być rozpoznawany dla części wykonanej usługi w dniu zaakceptowania przez Sponsora okresowego zestawienia przeprowadzonych wizyt/badań. Natomiast w przypadkach, w których część wynagrodzenia skalkulowana w zestawieniach okresowych jest zatrzymywana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych, moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie tej części wynagrodzenia wystąpi najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru końcowego) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych, w tym w szczególności udzielenie odpowiedzi na wszystkie pytania Sponsora zgłoszone do Ośrodka. Prezentowana przez nią wykładnia art. 19a ust. 1 i 2 ustawy o VAT odzwierciedla bowiem specyfikę tej usługi oraz normy i standardy istniejące w dziedzinie, w której jest dokonywana.

Mając na uwadze przedstawiony opis sprawy i przywołane przepisy oraz wyrok WSA w Poznaniu z 8 lutego 2023 r. sygn. akt I SA/Po 923/22 a także wyrok NSA w Warszawie z 3 lutego 2026 r. sygn. akt I FSK 876/23 odpowiadając na pytanie nr 1 należy stwierdzić, że obowiązek podatkowy z tytułu usługi o przeprowadzenie badania klinicznego powinien być rozpoznawany dla części wykonanej usługi w dniu przyjęcia częściowego wykonania usługi tj. w dniu zaakceptowania przez Sponsora okresowego zestawienia przeprowadzonych wizyt/badań. Natomiast odpowiadając na pytanie nr 2, w przypadkach, w których część wynagrodzenia skalkulowana w zestawieniach okresowych jest zatrzymywana przez Sponsora do czasu całkowitego zakończenia procedury badań klinicznych, moment powstania obowiązku podatkowego odnośnie tej części wynagrodzenia wystąpi najwcześniej w chwili zaakceptowania (odbioru końcowego) przez Sponsora wszystkich wykonanych przez Ośrodek i Badacza obowiązków umownych, w tym w szczególności udzielenie odpowiedzi na wszystkie pytania Sponsora zgłoszone do Ośrodka.

W związku z powyższym stanowisko Państwa w zakresie pytań nr 1 i nr 2 jest prawidłowe.

Jednocześnie wyjaśniam, że nie udzielam odpowiedzi na pytanie nr 3, gdyż odpowiedź na to pytanie, uzależnili Państwo od udzielenia negatywnej odpowiedzi na pytanie nr 1. W odpowiedzi na pytanie nr 1 uznałem Państwa stanowisko za prawidłowe.

Dodatkowe informacje

Informacja o zakresie rozstrzygnięcia

Interpretacja dotyczy stanu faktycznego, który Państwo przedstawili i stanu prawnego, który obowiązywał w dacie zaistnienia zdarzenia.

Zgodnie z art. 14b § 3 ustawy Ordynacja podatkowa, składający wniosek o wydanie interpretacji indywidualnej obowiązany jest do wyczerpującego przedstawienia zaistniałego stanu faktycznego albo zdarzenia przyszłego. Organ jest ściśle związany przedstawionym we wniosku stanem faktycznym/zdarzeniem przyszłym. Zainteresowany ponosi ryzyko związane z ewentualnym błędnym lub nieprecyzyjnym przedstawieniem we wniosku opisu stanu faktycznego/zdarzenia przyszłego. Interpretacja indywidualna wywołuje skutki prawnopodatkowe tylko wtedy, gdy rzeczywisty stan faktyczny sprawy będącej przedmiotem interpretacji pokrywał się będzie z opisem stanu faktycznego podanym przez Państwa w złożonym wniosku. W związku z powyższym, w przypadku zmiany któregokolwiek elementu przedstawionego we wniosku opisu sprawy, udzielona odpowiedź traci swą aktualność.

Jednocześnie należy podkreślić, że niniejsza interpretacja została wydana na podstawie przedstawionego we wniosku opisu sprawy co oznacza, że w przypadku gdy w toku postępowania podatkowego, kontroli podatkowej, kontroli celno-skarbowej zostanie określony odmienny stan sprawy, interpretacja nie wywoła w tym zakresie skutków prawnych.

Pouczenie o funkcji ochronnej interpretacji

- Funkcję ochronną interpretacji indywidualnych określają przepisy art. 14k-14nb ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa (t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 622 ze zm.). Interpretacja będzie mogła pełnić funkcję ochronną, jeśli: Państwa sytuacja będzie zgodna (tożsama) z opisem stanu faktycznego i zastosują się Państwo do interpretacji.

- Zgodnie z art. 14na § 1 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli stan faktyczny lub zdarzenie przyszłe będące przedmiotem interpretacji indywidualnej stanowi element czynności będących przedmiotem decyzji wydanej:

1) z zastosowaniem art. 119a;

2) w związku z wystąpieniem nadużycia prawa, o którym mowa w art. 5 ust. 5 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług;

3) z zastosowaniem środków ograniczających umowne korzyści.

- Zgodnie z art. 14na § 2 Ordynacji podatkowej:

Przepisów art. 14k-14n nie stosuje się, jeżeli korzyść podatkowa, stwierdzona w decyzjach wymienionych w § 1, jest skutkiem zastosowania się do utrwalonej praktyki interpretacyjnej, interpretacji ogólnej lub objaśnień podatkowych.

Pouczenie o prawie do wniesienia skargi na interpretację

Mają Państwo prawo do zaskarżenia tej interpretacji indywidualnej do Wojewódzkiego Sądu Administracyjnego w (...). Zasady zaskarżania interpretacji indywidualnych reguluje ustawa z dnia 30 sierpnia 2002 r. Prawo o postępowaniu przed sądami administracyjnymi – t. j. Dz. U. z 2026 r. poz. 143 ze zm.; dalej jako „PPSA”.

Skargę do Sądu wnosi się za pośrednictwem Dyrektora KIS (art. 54 § 1 PPSA). Skargę należy wnieść w terminie trzydziestu dni od dnia doręczenia interpretacji indywidualnej (art. 53 § 1 PPSA):

- w formie papierowej, w dwóch egzemplarzach (oryginał i odpis) na adres: Krajowa Informacja Skarbowa, ul. Warszawska 5, 43-300 Bielsko-Biała (art. 47 § 1 PPSA), albo

- w formie dokumentu elektronicznego, w jednym egzemplarzu (bez odpisu), na adres Krajowej Informacji Skarbowej na platformie ePUAP: /KIS/wnioski albo /KIS/SkrytkaESP (art. 47 § 3 i art. 54 § 1a PPSA).

Skarga na interpretację indywidualną może opierać się wyłącznie na zarzucie naruszenia przepisów postępowania, dopuszczeniu się błędu wykładni lub niewłaściwej oceny co do zastosowania przepisu prawa materialnego. Sąd jest związany zarzutami skargi oraz powołaną podstawą prawną (art. 57a PPSA).

Podstawa prawna dla wydania interpretacji

Podstawą prawną dla wydania tej interpretacji jest art. 13 § 2a oraz art. 14b § 1 ustawy z dnia 29 sierpnia 1997 r. – Ordynacja podatkowa.