Czy ryczałt za kilometry jest pomniejszany, gdy pracownik korzysta z opieki na dziecko w wymiarze godzinowym

STAN FAKTYCZNY: Pracownik pracujący na cały etat ma przyznany limit kilometrów na jazdy lokalne, na podstawie oświadczenia składanego przez pracownika jest potrącana kwota za nieobecności w pracy (zgodnie z rozporządzeniem Ministra Infrastruktury). Od tego roku pracownik ma prawo do skorzystania z wolnego na podstawie art. 188 Kodeksu pracy w godzinach. Jak rozliczyć ryczałt w tej sytuacji (do końca 2015 r. pomniejszaliśmy ryczałt za te dni)? Czy można wprowadzić aneks do umowy, w którym zostałoby zapisane, że godziny wybierane sumuje się i odejmuje np. na koniec danego roku?