Prawo kontroli przysługuje wielu instytucjom

System kontroli środków pochodzących z funduszy strukturalnych Unii Europejskiej został opisany w rozporządzeniu Komisji (WE) nr 438/2001 z 2 marca 2001 r. ustanawiającym szczegółowe zasady wykonywania rozporządzenia Rady (WE) nr 1260/1999 dotyczącego zarządzania i systemu kontroli pomocy udzielonej w ramach strukturalnych. Określone są w nim poziomy kontroli oraz obowiązki, jakie w tym zakresie powinno realizować państwo członkowskie, które ponadto określa, jakie służby realizują poszczególne obowiązki. Ponadto zagadnienia związane z kontrolą zostały opisane w ustawie z 20 kwietnia 2004 r. o Narodowym Planie Rozwoju (Dz.U. nr 116, poz. 1260), jednak tylko w zakresie realizacji NPR, a nie kontroli wydawania poszczególnych płatności.