Czy otrzymanie odszkodowania z Urzędu Miasta należy opodatkować VAT

Spółka z o.o. otrzymała z Urzędu Miasta zwrot kosztów za uszkodzony na dziurawej drodze samochód. Podstawą zwrotu kosztów była faktura za naprawę tego samochodu. Z tej faktury odliczyliśmy VAT. Zwrot kosztów z Urzędu obejmuje podatek VAT. Czy należy wystawić fakturę wewnętrzną i odprowadzić VAT do US, czy raczej zwrócić wartość podatku VAT do Urzędu Miasta, jako nienależny zwrot kosztów?