Kiedy sprzedaż zabudowanej nieruchomości z rozpoczętą inwestycją jest zwolniona z VAT

W 2009 r. spółka z o.o. kupiła zabudowaną nieruchomość od osoby fizycznej (nie było VAT). Odliczyła jedynie VAT od kosztów notarialnych i zaliczyła nieruchomość z budynkiem do środków trwałych. Spółka postanowiła, że na tej działce rozbuduje istniejący budynek. Poniosła koszty m.in. projektów, od których odliczyła VAT. Wszystko było księgowane na koncie "Środki trwałe w budowie". W październiku 2012 r. spółka podjęła decyzję o likwidacji inwestycji, ponieważ nie otrzymała dotacji, a jej sytuacja finansowa uległa znacznemu pogorszeniu. W tym też miesiącu sprzedała nieruchomość zabudowaną w celu zwolnienia z długu i wystawiła fakturę ze stawką zwolnioną (bo nie odliczyła VAT od nabycia nieruchomości, natomiast od nakładów na inwestycje odliczyła, ale nakłady były mniejsze niż 30% wartości nieruchomości). Czy spółka prawidłowo postąpiła, sprzedając działkę ze stawką zwolnioną? Czy należy skorygować VAT od nakładów?