Jak udokumentować odszkodowanie w zamian za odstąpienie od wszelkich ewentualnych roszczeń

Jesteśmy firmą budowlaną prowadzoną przez osobę fizyczną, zarejestrowanym czynnym podatnikiem VAT. W latach 2009-2011 realizowaliśmy kontrakt budowlany na budowę dużego obiektu użyteczności publicznej. W ramach umowy została udzielona gwarancja na wykonane prace na okres 36 miesięcy, zabezpieczona gwarancją ubezpieczeniową. W trakcie obowiązywania gwarancji inwestor wystąpił do firmy ubezpieczeniowej o wypłatę sumy gwarancyjnej. Ponieważ gwarancja miała charakter bezwarunkowy, pomimo naszych protestów odnoszących się do wysokości i zasadności żądania suma gwarancyjna została wypłacona przez ubezpieczyciela. Po tym zdarzeniu w wyniku prowadzonych rozmów z inwestorem została zawarta z nim ugoda. W jej myśl kwota, którą pobrał inwestor z tytułu gwarancji, jest jego odszkodowaniem w zamian za odstąpienie od wszelkich ewentualnych roszczeń z tytułu udzielonej przez nas gwarancji, w tym występujących lub mogących pojawić się w przyszłości usterek. W treści ugody ustalono, że inwestor wystawi na tę wypłaconą kwotę notę obciążeniową. Czy faktycznie wypłacona kwota powinna być udokumentowana notą obciążeniową, a nie fakturą VAT?