Jak ustalać w księgach rachunkowych rzeczywisty koszt wytworzenia wyrobów gotowych i wyliczyć zaliczkę na podatek dochodowy

Spółka z o.o., będącą podatnikiem VAT oraz podatnikiem CIT (spółka nie rozlicza się z podatku dochodowego na zasadzie ryczałtu, tj. CIT estoński), prowadzi działalność produkcyjną (produkcja artykułów z tworzyw sztucznych) i ewidencjonuje koszty w układzie rodzajowym i kalkulacyjnym. Proces produkcyjny dla uproszczenia składa się z dwóch etapów i wygląda następująco: 

• etap 1: produkcja półfabrykatów (elementy wyprodukowane przy pomocy wtryskarek przez dział produkcji), które podlegają następnie procesowi montażu z innymi półfabrykatami i są przechowywane zbiorczo w skrzynio-paletach w magazynie półfabrykatów (ewidencja ilościowo-wartościowa, jednostka podstawowa w magazynie do rozliczania ilości uzyskanej z działu produkcji to sztuki), 
• etap 2: produkcja wyrobów gotowych z półfabrykatów, które zostały spakowane w opakowania detaliczne (wiaderka, małe kartoniki, woreczki foliowe) i następnie w opakowania zbiorcze (kartony) zgodnie z zamówieniem klienta. Są przechowywane na paletach i przygotowane do sprzedaży (wysyłki) do klienta (ewidencja ilościowo-wartościowa, jednostka podstawowa do rozliczania ilości uzyskanej z działu produkcji to sztuki). 

Półfabrykaty i wyroby gotowe są ewidencjonowane w magazynie po cenach ewidencyjnych (stałych). Rachunek zysków i strat jest sporządzany w wariancie kalkulacyjnym. 

W jaki sposób ustalać rzeczywisty koszt wytworzenia produktów i zaliczkę na podatek dochodowy? Proszę o przykład liczbowy. W jaki sposób prowadzić ewidencję kosztów niebędących kosztami uzyskania przychodów w celu prawidłowego ustalenia zaliczki na podatek dochodowy?