Jak rozliczyć usługę transportu międzynarodowego

Jesteśmy firmą transportową. W styczniu wykonywaliśmy usługę transportową ze Szwajcarii do Polski na zlecenie kontrahenta unijnego - niemieckiej firmy transportowo-spedycyjnej. Jak należy wystawić fakturę? Czy odcinek polski opodatkować stawką 22%, a pozostałą część transportu wykazać jako niepodlegającą opodatkowaniu? Kontrahent z Niemiec odmawia zapłaty VAT, twierdząc, że obciążamy go tym podatkiem bezpodstawnie.